Skip to main content
. 2013 Sep;51(9):2815–2821. doi: 10.1128/JCM.00586-13

Table 3.

BLAST and phylogenetic analyses

Sample Country Viral load (log IU/ml) Genotype found in indicated regiona
5′ UTR
 Core
 NS3
 NS5B HC
 NS5B NA
 Final
GB LA VBRC MEGA GB LA VBRC MEGA GB LA VBRC G2P MEGA GB LA VBRC G2P MEGA GB LA VBRC G2P MEGA
HC146 Burundi 6.1 1b 1b 1b 6 / / / / / / / 1a 1a 1a 1a 1 1
HC171 France 6.6 / / / / / / / / / / 1a 1a 1a 1a 1 1
HC383 Algeria U / / / / / / / / / / — — — 1b 1b 1b 1b 1b 1
HC231 Ivory Coast 5.5 1a 1b 1a 5 1a 1a 1a 1a 1a 1a 1a 1a 1c 1a 1a 1a 1a 1 1
HC190 France 6.1 1a 1g 1g 1 1c 1g 1g 1 / / / / 1a 1g 1g 1a 1g 1
HC209 France 6.8 1a 1a 1g 1 1c 1g 1g 1 / / / / 1a 1g 1g 1a 1g 1
HC337 France 3.9 1b 1b 1b 1 — — — — — — — 1b 1b 1b 1b 1 1
HC273 France U 1c 1b 1b ? 1a 1a 1a 1a 1a 1a 1a 1 1c 1a 1a 1a 1a 1 1
HC412 Gabon 5.2 1a 1g 1g 1 — — — / / / / 1a 1g 1g 1a 1g 1
HC247 Morocco U 1a 1a 1a 6 1b 1b 1b 1a 1b 1b 1b 1 1b 1b 1d 1b 1b 1 1
HC343 Algeria U 2a 2 2a 2 — — — / / / / — — — 2i 2i 2i 2c 2 2
HC393 Algeria U 2a 2 2a 2 — — — / / / / 2k 2k 2k 2k 2k 2
HC180 France 4.2 2a 2a 2a 2 2a 2a 2a 2 — — — — 2a 2a 2a 2a 2a 2
HC189 France U 2a 2a 2a 2 2i 2i 2i 2 2i 2i 2i 2 2 — — — 2i 2i 2i 2c 2 2
HC248 France 4.7 2a 2a 2a 2 2c 2c 2c 2 2c 2 2c 2 2c 2c 2c 2c 2c 2c 2
HC251 France 4.5 2a 2a 2a 2 2i 2i 2i 2 2i 2 2i 2 2 — — — — — — 2
HC302 France 6.3 2a 2l 2a 2 2i 2 2i 2 — — — — 2a 2l 2b 2k 2 2
HC365 France 3.6 2a 1b 1b 2 — — — — — — — 2a 2k 2a 2a 2 2
HC409 France 5.4 2a 2 2a 2 2k 1b/2kb 2k 2 2c 2 2c 2 2 2a 2k 2k 2k 2 2
HC272 Madagascar 4.6 2b 2l 2a ? — — — 5a 2 2a 2 2 — — — — — — 2
HC252 Morocco U 2a 2q 2a 2 2i 2c 5a/2ic 2 / / / / — — — — — — 2
HC418 Morocco 3.4 2a 2 2a 2 2i 2i/6pd 2i 2 2i 2 2i 2 2 — — — 2
HC192 France 7 1a 1b 1b ? 3k 3a 3k 3 3b 4f 3b 3 3 3k 3h 3a 3a 3 3
HC297 Oman 5.2 1a 1b 1b ? / / / / / / / — — — 3a 3f 3a 3k 3 3
HC396 Oman 4.6 1a 1b 1b ? 3k 3a 1a 3 6h 3 6n 6 3 3k 5 6j 3a 3 3
HC404 Oman 6.2 1b 1b 1a ? 3k 3a 1g 3 / / / / 5a 3h 3a 3a 3 3
HC419 Oman 4.9 1c 3 1b ? 3k 3a 3k 3 / / / / 3b 3 1a 3a 3 3
HC148 Cameroon U / / / / / / / / / / 4a 4h 4f 4a 4 4
HC387 Burkina Faso 5.1 4a 4a 4a 4 — — — 4a 4a 4a 4 4a 4a 4a 4a 4a 4 4
HC220 Burundi 6.3 3k 4k 3k 4 4a 4k 4k 4 / / / / 4a 4k 4k 4a 4k 4
HC193 Cameroon U 1c 4f 4f ? — — — 4a 4f 4f 4 4f — — — — — — 4
HC172 France 4.5 3k 4k 4k 4 — — — 4a 4k 4k 4 4k 4a 4k 4k 4a 4k 4
HC194 France 5.8 4a 4a 4d 4 — — — — — — — 4a 4c 4a 4a 4c 4
HC224 France U 4a 4a 4a 4 4a 4e 4f 4 4a 4a 4a 4 4a 4a 4a 4a 4a 4a 4
HC240 France U 1a 4g 4k 4 4a 4o 4d 4 4a 4o 4a 4 4o 4a 4o 4d 4a 4o 4
HC258 France U 3k 4k 4k 4 — — — 4a 4k 4k 4 4k 4a 4k 4k 4a 4k 4
HC269 France 6.1 1a 4p 4d 4 4a 4b 4b 4 1a 4b 4b 4 4 4a 4b 4b 4a 4 4
HC214 Gabon 6.5 4a 4a 4a 4 4a 4e 4f 4 4a 4 4a 4 4 4a 4a 4a 4a 4 4
HC286 Morocco 6.9 1c 1a 1g 1 — — — 4a 4 4k 4 4k 4a 4r 4k 4a 4r 4
HC181 France U 5a 5a 5a 5 5a 5a 5a 5a 5a 5a 5a 5 5a 5a 5a 5a 5a 5a 5
HC268 France 6.6 1a 5a 1a 5 5a 5a/2ae 2a 5a 5a 5a 5a 5 5a 5a 5a 5a 5a 5a 5
HC235 France 6.3 1b 6d 1b 6 6d 6e 6e 6e 6b 6d 6e 6 6e — — — — — — 6
HC292 France 7 1b 1a 1b 6 / / / / / / / — — — 6d 6e 6e 6d 6 6
HC426 French Guiana 5.7 1b 1a 1b ? / / / / / / / — — — 3k 6a 6a 6b 6 6
HC279 Cameroon 5.3 5a 4f 4f ? — — — / / / / — — — — — — ?
HC420 Cameroon U — — — — — — / / / / — — — / / / ?
HC327 France 6.2 1b 4f 4f ? — — — — — — — — — — — — — ?
HC277 Morocco 3.1 1b 3h 1a ? / / / / / / / — — — / / / ?
HC382 Oman 6.4 1a 1b 1b ? / / / / / / / — — — / / / 1?
HC306 France 4.2 2a 2l 2a 2 — — — / / / / — — — — — — 2?
HC389 Morocco U 2a 2q 2a 2 / / / / / / / — — — / / / 2?
a

–, amplification failure; /, insufficient quantity; ?, HCV genotype could not be determined with certainty; GB, GenBank HCV genotyping database; LA, Los Alamos HCV sequence database; VBRC, hepatitis C viral database of the Viral Bioinformatics Resource Center; G2P, Max Planck Institute Informatik Geno2Pheno database; MEGA, phylogenetic analysis using MEGA5 software; U, unknown viral load.

b

GenBank accession no. AY070214, hepatitis C virus strain 747 polyprotein gene, partial coding sequences.

c

GenBank accession no. EF026073, intergenotypic (genotypes 2 and 5) recombinant.

d

GenBank accession no. DQ155560, hepatitis C virus strain D3 polyprotein gene, partial coding sequences.

e

GenBank accession no. JF343786, recombinant hepatitis C virus SA13(5′UTR-NS2)/JFH1_A1022G,K1119R, complete genome.