Table A3.
Primer hits for 517F/1055R, F1aCu/R3Cu, nirK1F/nirK5R with 0 mismatches to the nirK dataset.
| 517F | 1055R | F1aCu | R3Cu | nirK1F | nirK5R | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ALPHA-PROTEOBACTERIA | |||||||||
| Afipia sp. | x | ||||||||
| Agrobacterium tumefaciens | x | x | |||||||
| Azospirillum brasilense | |||||||||
| Azospirillum lipoferum | |||||||||
| Azospirillum sp. | |||||||||
| Bradyrhizobium japonicum | x | ||||||||
| Bradyrhizobium sp. | x | x | |||||||
| Brucella abortus | x | x | |||||||
| Brucella canis | x | x | |||||||
| Brucella ceti | x | x | |||||||
| Brucella melitensis | x | x | |||||||
| Brucella microti | x | x | |||||||
| Brucella ovis | x | x | |||||||
| Brucella pinnipedialis | x | x | |||||||
| Brucella sp. | x | x | x | ||||||
| Brucella suis | x | x | |||||||
| Caulobacter segnis | |||||||||
| Chelativorans sp. | x | x | |||||||
| Hyphomicrobium denitrificans | |||||||||
| Maritimibacter alkaliphilus | x | x | x | ||||||
| Mesorhizobium alhagi | x | ||||||||
| Mesorhizobium amorphae | x | ||||||||
| Mesorhizobium australicum | |||||||||
| Mesorhizobium ciceri | x | ||||||||
| Mesorhizobium opportunistum | x | ||||||||
| Methylocella silvestris | |||||||||
| Methylocystis sp. | x | ||||||||
| Nitratireductor aquibiodomus | x | x | |||||||
| Nitrobacter hamburgensis | |||||||||
| Nitrobacter sp. | |||||||||
| Nitrobacter winogradskyi | |||||||||
| Ochrobactrum anthropi | x | x | x | x | x | x | |||
| Ochrobactrum intermedium | x | x | x | x | x | x | |||
| Oligotropha carboxidovorans | |||||||||
| Parvibaculum lavamentivorans | |||||||||
| Phaeobacter gallaeciensis | x | ||||||||
| Phenylobacterium zucineum | |||||||||
| Rhizobium etli | x | x | x | ||||||
| Rhizobium sullae | x | x | x | x | |||||
| Rhodobacter sphaeroides | x | x | x | x | x | ||||
| Rhodopseudomonas palustris | x | x | x | ||||||
| Rhodopseudomonas sp. | x | x | |||||||
| Roseobacter sp. | x | ||||||||
| Roseovarius sp. | |||||||||
| Sinorhizobium fredii | x | x | x | x | |||||
| Sinorhizobium medicae | x | x | x | ||||||
| Sinorhizobium meliloti | x | x | x | x | |||||
| Sinorhizobium sp. | x | x | |||||||
| Sphingomonas wittichii | |||||||||
| Starkeya novella | x | x | x | ||||||
| BETA-PROTEOBACTERIA | |||||||||
| Achromobacter cycloclastes | x | x | |||||||
| Achromobacter sp. | x | x | |||||||
| Achromobacter xylosoxidans | x | x | x | x | |||||
| Alcaligenes faecalis | x | x | x | x | x | x | |||
| Alcaligenes sp. | x | x | x | ||||||
| Azoarcus sp. | |||||||||
| Burkholderia mallei | |||||||||
| Burkholderia pseudomallei | |||||||||
| Burkholderia thailandensis | |||||||||
| Chromobacterium violaceum | |||||||||
| Herminiimonas arsenicoxydans | |||||||||
| Kingella denitrificans | |||||||||
| Kingella kingae | |||||||||
| Kingella oralis | x | ||||||||
| Lautropia mirabilis | |||||||||
| Methylotenera mobilis | |||||||||
| Neisseria bacilliformis | |||||||||
| Neisseria cinerea | |||||||||
| Neisseria elongata | |||||||||
| Neisseria flavescens | |||||||||
| Neisseria gonorrhoeae | |||||||||
| Neisseria lactamica | |||||||||
| Neisseria macacae | |||||||||
| Neisseria meningitides | |||||||||
| Neisseria mucosa | |||||||||
| Neisseria polysaccharea | |||||||||
| Neisseria sicca | |||||||||
| Neisseria sp. | |||||||||
| Neisseria subflava | |||||||||
| Neisseria weaveri | |||||||||
| Nitrosomonas europaea | |||||||||
| Nitrosomonas eutropha | |||||||||
| Nitrosomonas sp. | |||||||||
| Nitrosospira briensis | |||||||||
| Nitrosospira multiformis | |||||||||
| Nitrosospira sp. | |||||||||
| Polaromonas naphthalenivorans | |||||||||
| Pusillimonas sp. | x | ||||||||
| Ralstonia pickettii | |||||||||
| Ralstonia solanacearum | |||||||||
| Ralstonia sp. | |||||||||
| Taylorella asinigenitalis | |||||||||
| Taylorella equigenitalis | |||||||||
| Bdellovibrio bacteriovorus | |||||||||
| GAMMA-PROTEOBACTERIA | |||||||||
| Cardiobacterium hominis | |||||||||
| Cardiobacterium valvarum | |||||||||
| Gallibacterium anatis | |||||||||
| Haemophilus parahaemolyticus | |||||||||
| Haemophilus parainfluenzae | |||||||||
| Haemophilus paraphrohaemolyticus | |||||||||
| Haemophilus pittmaniae | |||||||||
| Idiomarina loihiensis | |||||||||
| Kangiella koreensis | |||||||||
| Mannheimia succiniciproducens | |||||||||
| Marinobacter sp. | |||||||||
| Methylomonas sp. | |||||||||
| Moraxella catarrhalis | |||||||||
| Nitrococcus mobilis | |||||||||
| Nitrosococcus halophilus | |||||||||
| Nitrosococcus oceani | |||||||||
| Oceanimonas sp. | |||||||||
| Pasteurella bettyae | |||||||||
| Pseudoalteromonas haloplanktis | |||||||||
| Pseudomonas aeruginosa | x | ||||||||
| Pseudomonas chlororaphis | x | x | |||||||
| Pseudomonas entomophila | x | x | |||||||
| Pseudomonas fluorescens | x | x | x | ||||||
| Pseudomonas mendocina | x | x | x | ||||||
| Pseudomonas sp. | x | x | x | ||||||
| Pseudomonas stutzeri | |||||||||
| Pseudoxanthomonas suwonensis | |||||||||
| Psychrobacter sp. | |||||||||
| Rhodanobacter fulvus | |||||||||
| Rhodanobacter sp. | |||||||||
| Rhodanobacter spathiphylli | |||||||||
| Rhodanobacter thiooxydans | |||||||||
| Salinisphaera shabanensis | |||||||||
| Shewanella amazonensis | |||||||||
| Shewanella denitrificans | x | x | |||||||
| Shewanella loihica | |||||||||
| Shewanella woodyi | |||||||||
| Thioalkalivibrio sp. | |||||||||
| BACTEROIDETES | |||||||||
| Flavobacteriaceae bacterium | |||||||||
| Flavobacterium columnare | |||||||||
| Flavobacterium johnsoniae | |||||||||
| Maribacter sp. | |||||||||
| Marivirga tractuosa | |||||||||
| Rhodothermus marinus | |||||||||
| Belliella baltica | |||||||||
| Muricauda ruestringensis | |||||||||
| Aequorivita sublithincola | |||||||||
| Solitalea Canadensis | |||||||||
| Bizionia argentinensis | |||||||||
| Capnocytophaga gingivalis | |||||||||
| Capnocytophaga sp. | |||||||||
| Capnocytophaga sputigena | |||||||||
| Chryseobacterium gleum | |||||||||
| Imtechella halotolerans | |||||||||
| Myroides odoratimimus | |||||||||
| ARCHAEA | |||||||||
| Candidatus caldiarchaeum | |||||||||
| Candidatus nitrosoarchaeum | |||||||||
| Candidatus nitrosopumilus | |||||||||
| Haloarcula hispanica | |||||||||
| Haloarcula marismortui | |||||||||
| Haloferax denitrificans | |||||||||
| Haloferax lucentense | |||||||||
| Haloferax mediterranei | |||||||||
| Haloferax volcanii | |||||||||
| Halogeometricum borinquense | |||||||||
| Halomicrobium mukohataei | |||||||||
| Halopiger xanaduensis | |||||||||
| Halorhabdus utahensis | |||||||||
| Haloterrigena turkmenica | |||||||||
| Natrinema pellirubrum | |||||||||
| Natronomonas pharaonis | |||||||||
| Nitrosopumilus maritimus | |||||||||
| CHLOROFLEXI— FIRMICUTES | |||||||||
| Chloroflexus aggregans | |||||||||
| Chloroflexus aurantiacus | |||||||||
| Chloroflexus sp. | |||||||||
| Herpetosiphon aurantiacus | |||||||||
| Sphaerobacter thermophilus | |||||||||
| Bacillus methanolicus | |||||||||
| Bacillus smithii | |||||||||
| Bacillus sp. | |||||||||
| Caldalkalibacillus thermarum | |||||||||
| Geobacillus kaustophilus | |||||||||
| Geobacillus sp. | |||||||||
| Geobacillus thermodenitrificans | |||||||||
| Geobacillus thermoglucosidans | |||||||||
| Geobacillus thermoglucosidasius | |||||||||
| Sulfobacillus acidophilus | |||||||||
| Symbiobacterium thermophilum | |||||||||
| Thermaerobacter marianensis | |||||||||
| Thermaerobacter subterraneus | |||||||||
| Thermus scotoductus | |||||||||
| ACTINOBACTERIA | |||||||||
| Acidothermus cellulolyticus | |||||||||
| Actinobacillus minor | |||||||||
| Actinobacillus pleuropneumoniae | |||||||||
| Actinobacillus succinogenes | |||||||||
| Actinobacillus ureae | |||||||||
| Actinomyces coleocanis | |||||||||
| Actinomyces odontolyticus | |||||||||
| Actinomyces sp. | |||||||||
| Actinomyces urogenitalis | |||||||||
| Actinoplanes missouriensis | |||||||||
| Actinosynnema mirum | |||||||||
| Corynebacterium accolens | |||||||||
| Corynebacterium aurimucosum | |||||||||
| Corynebacterium diphtheriae | |||||||||
| Corynebacterium efficiens | |||||||||
| Corynebacterium pseudogenitalium | |||||||||
| Corynebacterium striatum | |||||||||
| Corynebacterium tuberculostearicum | |||||||||
| Micromonospora aurantiaca | |||||||||
| Micromonospora sp. | |||||||||
| Rubrobacter xylanophilus | |||||||||
| Thermobifida fusca | |||||||||
| OTHER | |||||||||
| Gemmatimonas aurantiaca | |||||||||
| Candidatus nitrospira | |||||||||
| Leptospira biflexa | |||||||||
| Turneriella parva | |||||||||
| Chthoniobacter flavus | |||||||||
| Methylacidiphilum fumariolicum | |||||||||
| Methylacidiphilum infernorum | |||||||||