Table 2. Relative proportions of predominant metabolically active bacteria showing significant (P<0.05) differences between fecal samples of Pervasive Developmental Disorder Not Otherwise Specified (PDD-NOS), autistic (AD), and healthy (HC) children.

Phylum/Family	Genus	Speciea	Avg (%) PDD-NOS	Avg (%) AD	Avg (%) HC	p-Val PDD-NOS vs HC	p-Val AD vs HC	p-Val PDD-NOS vs AD
Firmicutes/Ruminococcaceae	Faecalibacterium	Faecalibacterium prausnitzii	17.82	11.37	12.59	0.002	0.04	0.008
		Faecalibacterium sp.	21.94	15.19	17.38	0.06	0.03	0.02
	Ruminococcus	Ruminococcus sp.	15.59	8.47	8.79	0.007	0.07	0.006
		Ruminococcus obeum	0.18	0.12	0.19	0.08	0.04	0.02
		Ruminococcus gnavus	0.03	0.13	0.11	0.009	0.08	0.007
	Anaerofilum	Anaerofilum sp.	0.46	0.24	0.07	0.001	0.003	0.008
	Oscillospira	Oscillospira sp.	0.91	0.77	1.06	0.004	0.002	0.04
	Sporobacter	Sporobacter sp.	0.18	0.11	0.17	0.07	0.05	0.04
		Sporobacter termitidis	0.18	0.22	0.39	0.02	0.04	0.06
	Subdoligranulum	Subdoligranulum sp.	0.63	0.79	1.78	0.009	0.006	0.05
Firmicutes/Clostridiaceae	Caloramator	Caloramator sp.	0.10	0.39	0.09	0.09	0.005	0.006
	Sarcina	Sarcina ventriculi	0.00	0.16	0.00	0.09	0.01	0.09
		Sarcina sp.	0.00	0.28	0.00	0.10	0.02	0.09
	Clostridium	Clostridium sp.	5.83	7.97	7.38	0.02	0.04	0.03
		Clostridium orbiscindens	0.04	0.11	0.05	0.09	0.03	0.02
		Clostridium aminophilum	0.07	0.34	0.08	0.09	0.03	0.02
		Clostridium asparagiforme	0.07	0.31	0.08	0.08	0.009	0.009
		Clostridium bolteae	0.32	1.16	1.06	0.008	0.06	0.009
		Clostridium nexile	0.13	0.15	0.21	0.04	0.04	0.07
		Clostridium symbiosum	0.05	0.18	0.05	0.09	0.03	0.04
		Clostridium methylpentosum	0.02	0.01	0.15	0.03	0.02	0.09
		Clostridium bartlettii	1.64	1.15	2.30	0.02	0.04	0.03
Firmicutes/Lachnospiraceae	Roseburia	Roseburia sp.	1.77	6.09	1.33	0.04	0.003	0.004
		Roseburia faecis	0.27	0.45	0.94	0.009	0.02	0.04
		Roseburia inulinivorans	0.39	2.66	0.14	0.04	0.008	0.009
		Roseburia hominis	0.02	0.09	0.11	0.04	0.06	0.05
		Roseburia intestinalis	0.18	0.31	0.50	0.03	0.04	0.04
	Dorea	Dorea sp.	0.52	0.63	0.35	0.04	0.03	0.06
	Coprococcus	Coprococcus sp.	0.04	0.12	0.17	0.04	0.05	0.04
		Coprococcus eutactus	0.04	0.22	0.25	0.02	0.07	0.03
	Lachnospira	Lachnospira pectinoschiza	0.09	0.14	0.20	0.02	0.05	0.05
Firmicutes/Eubacteriaceae	Eubacterium	Eubacterium coprostanoligenes	0.80	0.51	0.84	0.08	0.04	0.04
		Eubacterium ventriosum	0.20	0.08	0.25	0.07	0.01	0.02
		Eubacterium sp.	4.89	2.19	6.18	0.007	0.001	0.008
		Eubacterium siraeum	0.08	1.66	0.08	0.08	0.009	0.007
		Eubacterium eligens	0.08	0.07	0.66	0.02	0.03	0.07
	Enterococcus	Enterococcus casseliflavus	0.17	0.00	0.01	0.03	0.09	0.02
Firmicutes/Streptococcaceae	Streptococcus	Streptococcus salivarius	0.11	0.17	0.35	0.02	0.03	0.06
		Streptococcus thermophilus	0.24	0.38	0.12	0.02	0.009	0.04
		Streptococcus sp.	0.16	0.16	0.20	0.04	0.04	0.09
Firmicutes/Erysipelotrichaceae	Turicibacter	Turicibacter sp.	0.06	0.07	0.53	0.007	0.006	0.08
		Turicibacter sanguinis	0.33	0.18	0.13	0.03	0.07	0.03
Bacteroidetes/Bacteroidaceae	Bacteroides	Bacteroides sp.	9.67	14.56	12.66	0.03	0.04	0.02
		Bacteroides uniformis	0.70	1.35	3.12	0.01	0.02	0.03
		Bacteroides fragilis	0.16	0.61	0.04	0.02	0.008	0.009
		Bacteroides massiliensis	0.50	0.07	0.18	0.02	0.03	0.009
		Bacteroides faecis	0.00	0.33	0.05	0.05	0.02	0.01
		Bacteroides ovatus	0.07	0.12	0.16	0.02	0.06	0.04
		Bacteroides vulgatus	0.53	1.17	0.80	0.03	0.007	0.005
		Bacteroides intestinalis	0.00	0.79	0.04	0.06	0.03	0.02
		Bacteroides coprocola	1.29	0.00	0.35	0.01	0.03	0.008
Bacteroidetes/Porphyromonadaceae	Barnesiella	Barnesiella intestinihominis	0.25	0.74	0.54	0.02	0.04	0.008
	Odoribacter	Odoribacter splanchnicus	0.11	0.21	0.17	0.06	0.05	0.04
	Parabacteroides	Parabacteroides sp.	0.03	0.12	0.11	0.03	0.08	0.04
Bacteroidetes/Prevotellaceae	Prevotella	Prevotella sp.	0.00	0.37	0.89	0.01	0.02	0.01
		Prevotella copri	0.00	0.54	0.37	0.009	0.04	0.006
Bacteroidetes/Rikenellaceae	Alistipes	Alistipes sp.	0.47	0.29	0.27	0.02	0.07	0.03
		Alistipes onderdonkii	0.48	0.01	0.19	0.03	0.04	0.01
		Alistipes shahii	0.42	0.25	0.17	0.03	0.04	0.04
		Alistipes indistinctus	0.02	0.14	0.02	0.09	0.03	0.02
		Alistipes putredinis	1.80	2.03	1.57	0.04	0.01	0.03
Proteobacteria/Sutterellaceae	Parasutterella	Parasutterella excrementihominis	0.09	0.15	0.10	0.09	0.04	0.04
Proteobacteria/Enterobacteriaceae	Enterobacter	Enterobacter hormaechei	0.04	0.18	0.06	0.06	0.03	0.03
	Escherichia	Escherichia coli	0.09	0.06	0.16	0.04	0.03	0.06
	Shigella	Shigella sp.	0.08	0.18	0.09	0.08	0.03	0.02
Actinobacteria/Bifidobacteriaceae	Bifidobacterium	Bifidobacterium sp.	0.31	0.10	0.31	0.10	0.03	0.03
		Bifidobacterium adolescentis	0.28	0.09	0.23	0.06	0.01	0.009
		Bifidobacterium catenulatum	0.21	0.08	0.11	0.04	0.06	0.03
Actinobacteria/Coriobacteriaceae	Collinsella	Collinsella sp.	0.15	0.01	0.06	0.03	0.06	0.02
Fusobacteria/Fusobacteriaceae	Fusobacterium	Fusobacterium sp.	0.45	0.29	0.79	0.03	0.009	0.03
Verrucomicrobia/Verrucomicrobiaceae	Akkermansia	Akkermansia muciniphila	0.08	0.27	0.10	0.06	0.03	0.02