1.
Sample | NimbleGen ID No.a | Chromosome affected | Position start of gain or loss (kb) | Position end of gain or loss (kb) | Fragment size (kb) | log2 ratiob | No. genes | |||||||||||||||||||||||||
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Polyclonal cultures | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Pc1, P5 | 86298 | 7 | 57990 | 62010 | 4020 | 0.362 | 1c | |||||||||||||||||||||||||
19 | 24210 | 32790 | 8580 | 0.367 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
Pc1, P15 | 94336 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Pc2, P5 | 94334 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Pc2, P20 | 94138 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Pc3, P5 | 94179 | 7 | 61110 | 62070 | 960 | 0.787 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
8 | 43590 | 47010 | 3420 | 0.699 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
10 | 38790 | 41850 | 9060 | 0.652 | 5d | |||||||||||||||||||||||||||
11 | 50310 | 54750 | 4440 | 0.556 | 4e | |||||||||||||||||||||||||||
12 | 36330 | 36750 | 420 | 0.534 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
19 | 24210 | 32790 | 8580 | 0.595 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
X | 58350 | 61950 | 3600 | 0.633 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
Pc3, P23 | 94884 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Clonal cultures | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Clone B1, P4 | 94131 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Clone B1, P18 | 100285 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Clone B2, P5 | 94578 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||
Clone B2, P16 | 104792 | 5 | 45990 | 49530 | 3540 | 0.467 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
7 | 61290 | 62010 | 720 | 0.623 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
8 | 43590 | 43890 | 300 | 0.405 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
10 | 38850 | 42150 | 3300 | 0.351 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
11 | 50310 | 54750 | 4440 | 0.450 | 4e | |||||||||||||||||||||||||||
12 | 36330 | 36690 | 360 | 0.559 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
19 | 24210 | 32790 | 8580 | 0.552 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
X | 58410 | 62070 | 3600 | 0.464 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
Clone B3, P7 | 94181 | 1p36.33–36.32 | 660 | 3900 | 3240 | −0.325 | 95f | |||||||||||||||||||||||||
14q32.33 | 103620 | 105420 | 1800 | −0.291 | 41f | |||||||||||||||||||||||||||
20q13.33 | 59580 | 62333 | 2753 | −0.278 | 87f | |||||||||||||||||||||||||||
Clone B3, P17 | 94576 | - | - | - | - | - | - |
ID No.may be used to locate the data for all chromosomes in Supplementary Table S1.
A positive log2 value indicates a DNA gain, a negative log2 value indicates a loss.
One novel predicted gene.
Five novel predicted genes.
OR4A5, OR4A4, OR4C46 and one novel predicted gene.
Annotated genes (89 on 1p36.33–36.32, 35 14q32.33 on and 84 20q13.33) are listed in Table 2. Novel predicted genes are not included in the list.