4.

Positions and number of mismatches between MY09/11 primers and different oncogenic HPV types

HPV type	Primer mismatch
MY09 Forward primer		MY11 Reversed primer			n
5′-CGT CCM ARR GGA WAC TGA TC-3′		5′-GCM CAG GGW CAT AAY AAT GG-3′			mismatches
16	… ..T ………… ..	…… ..C ..C …… ..	3
18	………… ..T … ..	……………… ..	1
31	..A … ..T ……… ..	..T …… ..C …… ..	4
33	……………… ..	… ..A ………… ..	1
35	..G … ..C ……… ..	… ..A ..C ……… ..	4
39	……… ..G ..T … ..	…… ..C ..C …… ..	4
45	..A ……… ..T … ..	..C ……… ..	3
51	..A … ..T .C…T ..G ..	..G …… ..C …… ..	7
52	.TA ..T ………… ..	..G … ..C ..C …… ..	6
53	.TG …………… ..	……………… ..	2
56	.TA … ..T … ..T … ..	… ..A ..C ……… ..	6
58	……………… ..	… ..A ..C ……… ..	2
59	……………… ..	..T …… TTA …… ..	4
66	.TA …………… ..	…… ..C ……… ..	3
67	.TA ..T …… ..T … ..	… ..A ………… ..	5
68	… ..T ..T ..G ..T ..G ..	……… ..C …… ..	6

Nucleotide homology is indicated with a period and mismatches are indicated with the nucleotide change in the corresponding sequence. The degenerate base code is as follows: M = A or C, W = A or T, Y = C or T, and R = A or G.