Table 1.
Global evolution of WNV Lineage 1a: conserved amino acid substitutions 1.
| Lineage/Clade | Cluster | Genotype | E | NS1 | NS2A | NS3 | 4A | 4B | NS5 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 126 | 159 | 291 | 70 | 99 | 206 | 103 | 224 | 175 | 249 | 85 | 11 | 274 | 314 | 898 | |||||||
| T | I | K | A | S | L | A | A | I | P | V | S | S | K | T | |||||||
| 1a | 1 | - | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | N | · | · | · | ||||
| 2 | Eastern European | · | M | · | S | · | F | V | · | · | · | · | · | · | · | I | |||||
| Mediterranean | · | M | · | S | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | ||||||
| 3 | - | · | · | · | · | P | · | · | T | · | · | T | · | · | · | · | |||||
| 4 | - | I | V | · | * | · | · | V | · | · | · | A | · | · | · | · | |||||
| NY99 | I | V | · | * | · | · | V | · | · | · | A | · | · | · | * | ||||||
| SE Coastal Texas | I | V | · | * | · | · | V | · | · | · | A | · | · | · | · | ||||||
| NA/WN02 | I | A | R | * | · | · | V | · | · | · | A | · | · | * | · | ||||||
| SW/WN03 | I | A | R | * | · | · | V | · | · | · | T | · | · | R | · | ||||||
| MW/WN06 | I | A | R | * | · | · | V | · | · | · | A/I | · | · | * | · | ||||||
| 5 | - | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | T | · | · | |||||
| 6 | - | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 1b | - | - | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | · | ||||
| 2 | - | - | · | · | * | · | A | · | · | · | · | H | · | N | · | · | · | ||||
1 E, envelope; NS, nonstructural; 4A, NS4A; 4B, NS4B; Summary of amino acid changes in the WNV genome (shaded text) relative to the consensus sequence which define specific clusters or genotypes in Lineage 1, Clades a and b, or Lineage 2; Dots indicate no difference from consensus (top); Asterisks (*) indicate the presence of the indicated amino acid change in some but not all isolates.