Table 2.

Primers and probes used in the present study

E. coli pathotype	Genea	Primer or probe	Sequence (5′–3′)	Final concn (nmol/liter)	Amplicon size (kb)
STEC	stx1*	Forward primer	ACTTCTCGACTGCAAAGACGTATG	200	132
		Reverse primer	ACAAATTATCCCCTGAGCCACTATC	200
		TaqMan probe	VIC-CTCTGCAATAGGTACTCCA-MGB	100
	stx2*	Forward primer	CCACATCGGTGTCTGTTATTAACC	500	93
		Reverse primer	GGTCAAAACGCGCCTGATAG	500
		TaqMan probe	NED-TTGCTGTGGATATACGAGG-MGB	200
	rfbO157‡	Forward primer	ATG CTG CCC ACA AAA ATA ATG TAAA	600	89
		Reverse primer	TTC CAT AAT CGG TTG GTG TGC TAA	600
		TaqMan probe	NED-AAC TGC TTT TCC TCG GTT CGT CGT GTA T-MGB	200
EPEC	eae*	Forward primer	CCGATTCCTCTGGTGACGA	200	105
		Reverse primer	CCACGGTTTATCAAACTGATAACG	200
		TaqMan probe	FAM-CGTCATGGTACGGGTAA-MGB	100
	EAF‡	Forward primer	GTT CTT GGC GAA CAG GCT TGT C	600	107
		Reverse primer	TTA AGC CAG CTA CCA TCC ACC C	600
		TaqMan probe	TET-AGT ACT GAC GTG CAG GTC GCC TGT TCG-MGB	200
ETEC	STh†	Forward primer	CCTTTCGCTCAGGATGCTAAAC	500	128
		Reverse primer	CAGTAATTGCTACTATTCATGCTTTCAG	500
	LT†	Forward primer	TTCCCACCGGATCACCAA	100	62
		Reverse primer	CAACCTTGTGGTGCATGATGA	100
	STp†	Forward primer	CTTTCCCCTCTTTTAGTCAGTCAACT	300	137
		Reverse primer	GCAGTAAAATGTGTTGTTCATATTTTCTG	300
EIEC	ipaH†	Forward primer	GAA CTC AAA TCT TGC ACC ATT CA	600	107
		Reverse primer	CGT CCG TCC GAG AAC AAT TAA G	600

^a*, triplex reaction; †, duplex reaction; ‡, singleplex reaction.