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. 2013 Oct 1;14(Suppl 4):S3. doi: 10.1186/1471-2164-14-S4-S3

Table 3.

Predictive accuracy of REPTree, SVR, RF, and SVM using TSM, All, and IAS sets to construct mutant feature vectors

REPTree SVR RF SVM




Drug TSM All IAS TSM All IAS TSM All IAS TSM All IAS DrugMean
Protease Inhibitors
APV 0.79 0.80 0.78 0.77 0.78 0.76 0.78 0.79 0.78 0.77 0.77 0.75 0.78
ATV 0.69 0.69 0.71 0.69 0.67 0.67 0.74 0.74 0.74 0.67 0.65 0.65 0.69
IDV 0.77 0.78 0.76 0.78 0.78 0.76 0.77 0.78 0.78 0.76 0.76 0.76 0.77
LPV 0.78 0.78 0.79 0.72 0.72 0.72 0.80 0.82 0.80 0.72 0.72 0.72 0.76
NFV 0.80 0.81 0.78 0.78 0.78 0.78 0.80 0.82 0.79 0.78 0.78 0.78 0.79
RTV 0.86 0.87 0.83 0.80 0.82 0.76 0.86 0.86 0.86 0.80 0.79 0.81 0.83
SQV 0.80 0.80 0.79 0.82 0.82 0.80 0.81 0.82 0.82 0.81 0.82 0.81 0.81
TPV 0.83 0.81 0.79 0.79 0.87 0.85 0.79 0.79 0.79 0.81 0.81 0.91 0.82
AVG 0.79 0.79 0.78 0.77 0.78 0.76 0.79 0.80 0.80 0.77 0.76 0.77 0.78
Nucleoside/Nucleotide RT Inhibitors
3TC 0.89 0.89 0.89 0.68 0.86 0.69 0.90 0.89 0.89 0.86 0.87 0.86 0.85
ABC 0.71 0.68 0.71 0.70 0.71 0.68 0.71 0.73 0.72 0.68 0.65 0.67 0.70
AZT 0.69 0.73 0.73 0.78 0.76 0.73 0.74 0.75 0.74 0.72 0.78 0.72 0.74
d4T 0.72 0.75 0.73 0.77 0.77 0.76 0.79 0.76 0.74 0.79 0.76 0.78 0.76
ddC 0.77 0.79 0.78 0.79 0.76 0.78 0.80 0.77 0.83 0.78 0.78 0.79 0.79
ddI 0.78 0.76 0.75 0.74 0.77 0.73 0.75 0.76 0.74 0.77 0.75 0.76 0.76
FTC 0.92 0.94 0.92 0.81 0.81 0.94 0.94 0.94 1.00 0.83 0.83 0.85 0.89
TDF 0.73 0.72 0.69 0.69 0.69 0.65 0.73 0.76 0.68 0.67 0.67 0.67 0.70
AVG 0.78 0.78 0.78 0.75 0.77 0.75 0.80 0.80 0.79 0.76 0.76 0.76 0.77
Nonnucleoside RT Inhibitors
DLV 0.74 0.71 0.75 0.76 0.70 0.76 0.76 0.75 0.74 0.78 0.74 0.78 0.75
EFV 0.79 0.79 0.79 0.79 0.75 0.74 0.85 0.81 0.84 0.78 0.74 0.76 0.79
NVP 0.83 0.83 0.83 0.82 0.69 0.79 0.85 0.84 0.86 0.83 0.76 0.85 0.82
AVG 0.79 0.78 0.79 0.79 0.71 0.76 0.82 0.80 0.81 0.80 0.75 0.80 0.78