Table 2.
Genomes used for the core genome computation
| M. gallisepticum R High | M. gallisepticum R Low | M. gallisepticum F |
|---|---|---|
| M. genitalium G37 | M. pneumoniae M129 | M. penetrans HF-2 |
| U. parvum 21815 | U. urealyticum 33699 | U. parvum 700970 |
| M. agalactiae 5632 | M. agalactiae PG2 | M. bovis PG45 |
| M. bovis Hubei | M. fermentans JER | M. synoviae 53 |
| M. pulmonis UABCTIP | M. hyopneumoniae 232 | M. hyopneumoniae J |
| M. hyopneumoniae 7448 | M. hyorhinis HUB-1 | M. mobile 163K |
| M. mycoides subsp. capri GM12 | M. arthitidis 158L3-1 | Mesoplasma florum L1 |
| M. mycoides subsp. capri 95010 | M. hominis PG21 | M. leachii 99 |
| M. mycoides subsp. mycoides PG1 | M. mycoides subsp. mycoides Gladysdale | M. leachii PG50 |
| M. capricolum subsp. capricolum 27343 | ||
The core genome is defined as the set of orthologous genes present in all strains.