. 2013 Dec 5;7(12):e2573. doi: 10.1371/journal.pntd.0002573

Table 2. Similarity values of the 16S rRNA, secA1, hsp65 and gyrB gene sequences of Brazilian Nocardia isolates compared with Nocardia type strains and identification by conventional biochemical tests and using multilocus sequence analysis (MLSA).

Strain	16S rRNA similarity (%)/Type strain¹	bp	secA1 similarity (%)/Type strain²	bp	hsp65 similarity (%)/Type strain³	bp	gyrB similarity (%)/Type strain⁴	bp	Phenotypic identification	MLSA identification
1046BRRJ	99.52 N. nova	1487	99.36 N. nova	478	99.76 N. nova	418	99.14 N. nova	1050	N. nova	N. nova
	99.07 N. jiangxiensis		98.72 N. elegans				97.90 N. elegans
							89.59 N. jiangxiensis
1047BRRJ	99.52 N. nova	1487	99.36 N. nova	497	99.76 N. nova	420	98.80 N. nova	1001	N. asteroides	N. nova
	99.08 N. jiangxiensis		98.72 N. elegans				97.50 N. elegans
							89.39 N. jiangxiensis
1048BRRJ	99.53 N. nova	1500	99.36 N. nova	491	99.75 N. nova	418	99.10 N. nova	1004	N. asteroides	N. nova
	99.07 N. jiangxiensis		98.72 N. elegans				97.80 N. elegans
							89.72 N. jiangxiensis
1261BRRJ	100,0 N. cyriacigeorgica	1489	100,0 N. cyriacigeorgica	510	100,0 N. cyriacigeorgica	413	100,0 N. cyriacigeorgica	1052	N. cyriacigeorgica	N. cyriacigeorgica
	98.90 N. abscessus		93.33 N. abscessus		97.51 N. abscessus		97.51 N. abscessus
1694BRRJ	99.85 N. asiatica	1487	99.78 N. asiatica	500	100.00 N. asiatica	415	95.60 N. asiatica	1053	Nocardia sp.	N. asiatica
	99.04 N. abscessus		99.36 N. abscessus		98.78 N. abscessus		95.02 N. arthritidis
	98.99 N. arthritidis		95.11 N. arthritidis		96.76 N. arthritidis		92.74 N. abscessus
2042BRRJ	99.51 N. exalbida	1499	99.36 N. arthritidis	493	98.75 N. gankensis	420	96.38 N. exalbida	1000	Nocardia sp.	N. exalbida/gankensis
	99.23 N. bankensis		99.33 N. gankensis		98.50 N. arthritidis		96.17 N. gankensis
	99.00 N. arthritidis		99.15 N.exalbida		98.25 N. exalbida		94.63 N. arthritidis
78408BRRJ	99.93 N. cyriacigeorgica	1500	98.93 N. cyriacigeorgica	495	99.52 N. cyriacigeorgica	419	98.09 N. cyriacigeorgica	1102	N. pseudobrasiliensis	N. cyriacigeorgica
	98.90 N. abscessus		93.55 N. abscessus		97.01 N. abscessus		96.28 N. abscessus

Accession numbers of 16S rRNA gene of Nocardia type strains: N. abscessus/AF218292; N. arthritidis/AB108781; N. asiatica AB092566; N. cyriacigeorgica/AF430027; N. exalbida/AB187522; N. gankensis/DQ235272; N. jiangxiensis AY639902; N. nova/AF430028.

Accession numbers of secA1 gene of Nocardia type strains: N. abscessus/DQ360260; N. arthritidis/DQ360262; N. asiatica DQ360263; N. cyriacigeorgica/DQ360272; N. exalbida/GU584191; N. elegans/DQ360273; N. gankensis/JN041953; N. nova/GU179111.

Accession numbers of hsp65 gene of Nocardia type strains: N. abscessus/DQ351152; N. arthritidis/JN040709; N. asiatica AY903631; N. cyriacigeorgica/HQ202353; N. exalbida/JN041715; N. gankensis/JN041716;; N. nova/AY756527.

⁴

Accession numbers of gyrB gene of Nocardia type strains: N. abscessus/GQ496132; N. arthritidis/AB450769; N. asiatica GU952250; N. cyriacigeorgica/GQ496121; N. elegans/GQ496116; N. exalbida/AB447397; N. gankensis/HM856182; N. jiangxiensis AB450792; N. nova/GQ496102.