Table 2.

Differentially expressed chromosomal regions.

Basal	ERBB2	Lum A	Lum B	Normal
Up-regulated
1P34, 1P32, 1P22 2P24, 2P21, 2P16 3Q21, 3Q25, 3Q27, 3Q29 6P21, 6Q23 7P15, 7Q32 10P15 11Q22 12P13, 12P12 16Q13, 16Q24 21Q22 XQ26, XQ28	2P11, 2Q37 6Q21 9Q34 12Q12 16Q13 17Q11, 17Q12, 17Q21, 17Q23 22Q11, 22Q13	1P33, 1P31, 1Q41 3P22, 3P21, 3P14 5Q11, 5Q13 8P22, 8P21 14Q24 10Q23, 10Q25 17P11	4P16 6P22 8P11, 8Q22, 8Q24 12Q13, 12Q24 16P13, 16P12, 16P11 17Q21, 17Q22, 17Q23, 17Q24, 17Q25 20P11, 20Q11, 20Q12, 20Q13	2Q32 3P22 5Q13, 5Q32 7P15 8P23, 8P21 9Q21 11Q23 15Q11 XQ13 XQ22
Down-regulated
3P22, 3P21, 3P14 4P16 5Q11, 5Q13, 5Q14, 5Q31 9Q32 10Q23, 10Q25 12Q12, 12Q13, 12Q22 14Q21, 14Q23, 14Q24, 14Q32 15Q22 16P13, 16P12 17P11, 17Q21, 17Q24	1P21 3P24 8P22, 8P21 9P24 17P11 18Q12, 18Q21	2P25, 2P12 3Q27 6P21 8Q22, 8Q24 10P15 16Q13, 16Q22, 16Q24 17Q11, 17Q23, 17Q25 20P13, 20Q11, 20Q13 22Q11, 22Q13 XQ28	1P31, 1P22 2Q32 4P15, 4Q21 5P13 6P25, 6Q21, 6Q22, 6Q23 7P15, 7Q31 9P24, 9Q21 11Q22, 11Q23, 11Q24	1Q23, 1Q41, 1Q42 2P12 6P22 8P12, 8Q22, 8Q24 10Q21 17Q25 20Q13

Note: Gene sets in bold were also significant in test data set (Mainz).