Table 6.

Results of association testing on RVs with a binary trait in simulation set-up 2.

		#PCs	Test	w/o pruning				with pruning				10000 pruned
				all	CV	LFVs	RVs	all	CVs	LFVs	RVs	all	CVs	LFVs	RVs
Type I	SDR	0	T1	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417	0.417
			Fp	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392	0.392
		10	T1	0.040	0.044	0.058	0.071	0.065	0.047	0.076	0.092	0.066	0.060	0.076	0.112
			Fp	0.041	0.045	0.058	0.072	0.063	0.048	0.074	0.094	0.066	0.059	0.074	0.111
		25	T1	0.087	0.064	0.071	0.090	0.074	0.081	0.146	0.123	0.071	0.066	0.075	0.113
			Fp	0.087	0.066	0.071	0.088	0.073	0.082	0.145	0.120	0.074	0.069	0.075	0.116
	PCA	10	T1	0.114	0.114	0.124	0.099	0.101	0.112	0.077	0.068	0.138	0.111	0.079	0.091
			Fp	0.116	0.114	0.126	0.103	0.101	0.113	0.078	0.065	0.141	0.115	0.078	0.091
		25	T1	0.066	0.098	0.072	0.063	0.074	0.120	0.098	0.066	0.085	0.125	0.084	0.074
			Fp	0.065	0.097	0.071	0.063	0.075	0.124	0.099	0.063	0.085	0.131	0.085	0.071
λ	SDR	0	T1	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114	6.114
			Fp	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665	5.665
		10	T1	1.009	1.025	1.122	1.246	1.161	0.988	1.297	1.470	1.237	1.098	1.309	1.669
			Fp	1.004	1.006	1.137	1.253	1.187	0.986	1.289	1.472	1.222	1.107	1.308	1.705
		25	T1	1.463	1.206	1.214	1.431	1.293	1.336	1.841	1.707	1.257	1.147	1.228	1.693
			Fp	1.459	1.198	1.202	1.440	1.284	1.334	1.844	1.731	1.212	1.170	1.238	1.701
	PCA	10	T1	1.699	1.708	1.854	1.530	1.491	1.656	1.314	1.205	2.002	1.610	1.311	1.454
			Fp	1.774	1.763	1.892	1.556	1.525	1.687	1.347	1.192	2.027	1.690	1.339	1.479
		25	T1	1.191	1.482	1.342	1.199	1.230	1.624	1.456	1.213	1.350	1.781	1.308	1.254
			Fp	1.218	1.487	1.368	1.199	1.241	1.623	1.465	1.191	1.343	1.786	1.305	1.276