Table 2.
Total reads | 12230124(100%) | 11875055(100%) | 11764630(100%) | 12511454(100%) | 12167879(100%) | 12420918(100%) |
---|---|---|---|---|---|---|
Total mapped reads |
9770169(79.89 %) |
9493222(79.94 %) |
9411269(80 %) |
9969428(79.68 %) |
9867697(81.1 %) |
10150382(81.72 %) |
Perfect match |
6659597(54.45 %) |
6469378(54.48 %) |
6478583(55.07 %) |
6778488(54.18 %) |
6721125(55.24 %) |
6954849(55.99 %) |
<=2 bp mismatch |
3110572(25.43 %) |
3023844(25.46 %) |
2932686(24.93 %) |
3190940(25.5 %) |
3146572(25.86 %) |
3195533(25.73 %) |
Unique match |
6853979(56.04 %) |
6623521(55.78 %) |
6692373(56.89 %) |
7004728(55.99 %) |
7165038(58.88 %) |
7483020(60.25 %) |
Multi-position match |
2916190(23.84 %) |
2869701(24.17 %) |
2718896(23.11 %) |
2964700(23.7 %) |
2702659(22.21 %) |
2667362(21.47 %) |
Total unmapped reads | 2459955(20.11 %) | 2381833(20.06 %) | 2353361(20 %) | 2542026(20.32 %) | 2300182(18.9 %) | 2270536(18.28 %) |
Note: 1: KV1/D; 2: XH/D; 3: ZKV1/V; 4:XH/V; 5:KV1/U; and 6: XH/U.