Table 5. Minor allele frequencies of 107 selected genetic polymorphisms (106 SNPs and 1 insertion/deletion polymorphism) by study area.

Gene	Polymorphism	rs number	Minor allele frequency by study area											Pa
			Total	Chiba	Shizuoka	Okazaki	ACC	Takashima	Kyoto	Tokushima	Fukuoka	Saga	Amami
ABCA1	C-565T	rs2422493	0.402	0.371	0.429	0.406	0.426	0.401	0.394	0.468	0.404	0.405	0.355	0.005
ABCA1	G-191C	rs1800976	0.402	0.370	0.429	0.406	0.425	0.403	0.403	0.468	0.408	0.405	0.356	0.006
ABCA1	G-17C	rs2740483	0.301	0.363	0.296	0.300	0.271	0.294	0.300	0.247	0.313	0.313	0.271	0.0002
ABCA1	Val825Ile (G/A)	rs2066715	0.356	0.354	0.358	0.331	0.354	0.350	0.347	0.353	0.360	0.358	0.389	0.51
ABCA1	Val771Met (G/A)	rs2066718	0.066	0.067	0.060	0.067	0.059	0.061	0.034	0.047	0.073	0.068	0.088	0.041
ABCA1	Arg1587Lys (G/A)	rs2230808	0.391	0.393	0.391	0.384	0.392	0.394	0.347	0.326	0.369	0.388	0.441	0.027
ACE	Insertion/Deletion (I/D)	rs1799752	0.365	0.373	0.369	0.346	0.363	0.365	0.313	0.353	0.357	0.341	0.425	0.003
ADD1	Trp460Gly (T/G)	rs4961	0.451	0.454	0.436	0.424	0.455	0.430	0.463	0.463	0.429	0.464	0.509	0.006
ADH1B	His47Arg (A/G)	rs1229984	0.239	0.220	0.232	0.200	0.247	0.220	0.250	0.184	0.266	0.223	0.318	<0.0001
ADH1C	Arg272Gln (C/T)	rs1693482	0.075	0.053	0.068	0.054	0.178	0.056	0.053	0.058	0.065	0.053	0.072	<0.0001
ADIPOQ	C-11377G	rs266729	0.251	0.245	0.239	0.254	0.238	0.252	0.300	0.279	0.257	0.250	0.255	0.60
ADIPOQ	Gly15Gly (T/G)	rs2241766	0.290	0.285	0.304	0.285	0.309	0.301	0.316	0.295	0.287	0.284	0.251	0.18
ADIPOQ	G276T	rs1501299	0.262	0.290	0.284	0.282	0.147	0.266	0.263	0.289	0.286	0.308	0.236	<0.0001
ADIPOQ	IVS-3971A/G	rs822396	0.061	0.053	0.049	0.069	0.057	0.079	0.050	0.047	0.073	0.057	0.056	0.063
ADIPOR1	G-8503A	rs6666089	0.032	0.029	0.040	0.034	0.028	0.027	0.044	0.026	0.029	0.024	0.040	0.29
ADIPOR1	C5843T	rs1342387	0.483	0.484	0.473	0.476	0.481	0.480	0.478	0.426	0.495	0.483	0.504	0.78
ADIPOR1	C10224G	rs7539542	0.216	0.226	0.230	0.201	0.202	0.223	0.219	0.263	0.233	0.215	0.194	0.21
ADRB2	Gln27Glu (C/G)	rs1042714	0.065	0.073	0.051	0.061	0.066	0.093	0.081	0.079	0.072	0.063	0.039	0.0001
ADRB3	Trp64Arg (T/C)	rs4994	0.195	0.184	0.173	0.195	0.184	0.195	0.147	0.168	0.193	0.218	0.240	0.001
AGT	Thr174Met (C/T)	rs4762	0.105	0.104	0.106	0.101	0.106	0.092	0.094	0.095	0.123	0.105	0.115	0.68
AGT	Thr235Met (C/T)	rs699	0.187	0.181	0.183	0.208	0.189	0.195	0.219	0.211	0.173	0.178	0.170	0.31
AGTR1(ATR1)	A1166C (at 3′UTR)	rs5186	0.087	0.089	0.093	0.083	0.088	0.076	0.081	0.089	0.080	0.082	0.104	0.61
ALDH2	Glu487Lys (G/A)	rs671	0.254	0.232	0.274	0.316	0.298	0.254	0.226	0.300	0.269	0.267	0.112	<0.0001
APOA1	Ala61Thr (C/T)	rs12718465	0.055	0.051	0.049	0.056	0.061	0.055	0.088	0.016	0.046	0.043	0.079	0.0005
APOA1	Arg184Pro (G/C)	rs5078	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
APOA5	T-1131C	rs662799	0.345	0.355	0.336	0.322	0.337	0.326	0.338	0.342	0.342	0.337	0.412	0.002
APOA5	Gly185Cys (G553T)	rs2075291	0.069	0.084	0.062	0.057	0.073	0.068	0.063	0.074	0.064	0.079	0.065	0.36
APOE	T-203G	rs405509	0.305	0.289	0.297	0.294	0.302	0.256	0.306	0.295	0.318	0.308	0.383	<0.0001
APOE	Arg158Cys (C/T) (at exon2)	rs7412	0.043	0.045	0.048	0.048	0.035	0.042	0.050	0.042	0.044	0.048	0.030	0.49
APOE	Cys112Arg (T/C) (at exon4)	rs429358	0.101	0.105	0.105	0.101	0.123	0.101	0.078	0.068	0.109	0.102	0.075	0.026
ARNTL(BMAL1)	A/G	rs7950226	0.404	0.424	0.405	0.420	0.395	0.402	0.391	0.347	0.427	0.431	0.344	0.002
ART4(DOK1)	Leu208Leu (G/A)	rs3088189	0.107	0.114	0.114	0.130	0.084	0.113	0.078	0.068	0.105	0.108	0.109	0.022
ART4(DOK1)	Asp265Asn (G/A)	rs11276	0.107	0.114	0.113	0.130	0.084	0.113	0.078	0.068	0.105	0.108	0.109	0.023
BHMT	Arg239Gln (G742A)	rs3733890	0.221	0.235	0.236	0.241	0.229	0.203	0.209	0.226	0.243	0.217	0.164	0.0005
CBS	Tyr233Tyr (C699T)	rs234706	0.024	0.027	0.033	0.026	0.020	0.021	0.028	0.011	0.034	0.017	0.017	0.073
CD14	T-260C/T-159C	rs2569190	0.462	0.460	0.467	0.467	0.439	0.499	0.428	0.395	0.468	0.448	0.471	0.088
CDKAL1	G/C	rs7754840	0.407	0.428	0.390	0.430	0.392	0.411	0.363	0.374	0.424	0.435	0.367	0.009
CDKN2A/B	T/C	rs10811661	0.451	0.465	0.450	0.466	0.446	0.470	0.453	0.411	0.441	0.452	0.419	0.42
CETP	A-629C	rs1800775	0.445	0.445	0.463	0.442	0.436	0.441	0.469	0.405	0.462	0.422	0.458	0.52
CETP	Ile405Val (A/G)	rs5882	0.492	0.537	0.376	0.452	0.523	0.498	0.509	0.458	0.495	0.556	0.506	<0.0001
CETP	TaqIB (C/T)	rs708272	0.405	0.404	0.401	0.419	0.419	0.384	0.375	0.363	0.378	0.443	0.398	0.067
CETP	G/T	rs3764261	0.233	0.183	0.340	0.295	0.203	0.188	0.209	0.158	0.204	0.223	0.240	<0.0001
CHRNB2	G-42A	rs2072658	0.204	0.236	0.214	0.185	0.215	0.222	0.203	0.253	0.202	0.203	0.140	<0.0001
CHRNB2	C/T (at 3′UTR)	rs2072660	0.243	0.258	0.225	0.264	0.224	0.241	0.216	0.237	0.214	0.233	0.292	0.001
COMT	Val158Met (G/A)	rs4680	0.336	0.310	0.328	0.336	0.323	0.359	0.303	0.295	0.336	0.315	0.406	<0.0001
CYP1A1	Ile462Val (A/G)	rs1048943	0.239	0.222	0.235	0.256	0.222	0.244	0.250	0.268	0.222	0.225	0.274	0.069
CYP1A2	A734C	rs762551	0.358	0.336	0.349	0.356	0.344	0.367	0.352	0.384	0.351	0.363	0.391	0.38
CYP11B2	T-344C	rs1799998	0.331	0.334	0.318	0.339	0.289	0.294	0.346	0.284	0.329	0.325	0.434	<0.0001
CYP17A1	T-34C	rs743572	0.466	0.453	0.460	0.449	0.485	0.492	0.500	0.353	0.467	0.452	0.482	0.018
ESR1	IVS1-351A/G (Xba I)	rs11155816	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
ESR1	IVS1-397T/C (Pvu II)	rs2234693	0.425	0.436	0.422	0.422	0.416	0.452	0.334	0.421	0.430	0.438	0.415	0.062
ESR2	Val328Val (G1082A) (Rsa I)	rs1256049	0.284	0.268	0.281	0.297	0.272	0.308	0.272	0.284	0.314	0.293	0.250	0.054
FTO	T/A	rs9939609	0.201	0.172	0.195	0.220	0.190	0.188	0.169	0.158	0.206	0.186	0.277	<0.0001
GCK	G-30A	rs1799884	0.189	0.193	0.179	0.183	0.186	0.182	0.138	0.147	0.304	0.173	0.159	<0.0001
GCKR	A/G	rs780094	0.449	0.428	0.436	0.440	0.439	0.425	0.350	0.453	0.450	0.445	0.562	<0.0001
GCKR	Leu446Pro (T/C)	rs1260326	0.445	0.430	0.434	0.439	0.438	0.416	0.353	0.421	0.447	0.432	0.559	<0.0001
GNAS1	T393C	rs7121	0.428	0.448	0.427	0.408	0.463	0.422	0.469	0.342	0.454	0.418	0.391	0.002
IGF2BP2	G/T (at intron)	rs4402960	0.303	0.328	0.306	0.292	0.298	0.296	0.309	0.268	0.300	0.304	0.306	0.81
IL-1B	T-31C	rs1143627	0.462	0.444	0.463	0.477	0.439	0.454	0.491	0.484	0.477	0.462	0.475	0.52
IL-2	T-330G	rs2069762	0.329	0.330	0.336	0.316	0.311	0.323	0.309	0.305	0.350	0.321	0.365	0.21
IL-4	T-33C	rs2070874	0.338	0.317	0.337	0.315	0.333	0.291	0.313	0.284	0.336	0.337	0.457	<0.0001
IL-6	C-634G	rs1800796	0.244	0.247	0.206	0.250	0.234	0.226	0.225	0.232	0.223	0.240	0.338	<0.0001
IL-8	T-251A	rs4073	0.320	0.334	0.321	0.318	0.320	0.304	0.331	0.266	0.339	0.329	0.306	0.56
IL-10	T-819C	rs1800871	0.346	0.329	0.346	0.320	0.340	0.313	0.356	0.268	0.354	0.359	0.425	<0.0001
IL-13	C-1111T	rs1800925	0.183	0.182	0.178	0.197	0.185	0.178	0.213	0.158	0.172	0.190	0.176	0.73
KCNJ11	Glu23Lys (C/T)	rs5219	0.366	0.386	0.364	0.382	0.343	0.374	0.363	0.316	0.361	0.366	0.368	0.52
LCAT/SLC12A4	Ser232Thr (T/A)	rs4986970	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
LIPC	T-514C	rs1800588	0.490	0.522	0.478	0.496	0.484	0.497	0.522	0.484	0.502	0.503	0.429	0.006
LIPC	Val95Met (G/A)	rs6078	0.234	0.232	0.229	0.221	0.269	0.259	0.247	0.237	0.208	0.253	0.182	<0.0001
MPO	G-463A	rs2333227	0.106	0.107	0.105	0.107	0.102	0.113	0.100	0.100	0.106	0.093	0.119	0.84
MTHFD1	Arg134Lys (C401T)	rs1950902	0.218	0.214	0.216	0.218	0.212	0.229	0.184	0.195	0.217	0.239	0.215	0.66
MTHFD1	Arg653Gln (G1958A)	rs2236225	0.283	0.271	0.273	0.269	0.265	0.280	0.284	0.279	0.278	0.301	0.331	0.036
MTHFR	Ala222Val (C677T)	rs1801133	0.382	0.387	0.402	0.388	0.411	0.393	0.375	0.442	0.410	0.364	0.288	<0.0001
MTHFR	Glu429Ala (A1298C)	rs1801131	0.184	0.195	0.189	0.202	0.193	0.193	0.225	0.191	0.147	0.222	0.105	<0.0001
MTR	Asp919Gly (A/G)	rs1805087	0.201	0.188	0.210	0.186	0.183	0.179	0.184	0.232	0.193	0.176	0.299	<0.0001
MTRR	Ile22Met (A66G)	rs1801394	0.310	0.292	0.314	0.298	0.315	0.296	0.306	0.337	0.318	0.297	0.346	0.24
NOS3	T-786C	rs2070744	0.106	0.111	0.125	0.117	0.112	0.098	0.119	0.122	0.109	0.102	0.068	0.004
PPARD	T-842C (at exon3)	rs2267668	0.195	0.175	0.199	0.201	0.183	0.205	0.213	0.221	0.192	0.190	0.210	0.55
PPARD	T-48444C (at exon3)	rs6902123	0.020	0.015	0.020	0.030	0.025	0.017	0.019	0.016	0.019	0.019	0.012	0.15
PPARD	Asn163Asn (A65G) (at exon7)	rs2076167	0.215	0.190	0.212	0.231	0.206	0.221	0.225	0.234	0.209	0.205	0.236	0.30
PPARG	Pro12Ala (C/G)	rs1801282	0.031	0.031	0.027	0.028	0.037	0.047	0.022	0.011	0.029	0.032	0.025	0.064
PPARG	His477His (C161T)	rs3856806	0.152	0.153	0.159	0.143	0.149	0.167	0.159	0.147	0.177	0.166	0.099	0.0002
PPARGC1A	Thr394Thr (C/T)	rs2970847	0.219	0.229	0.223	0.237	0.219	0.222	0.209	0.237	0.208	0.243	0.168	0.005
PPARGC1A	Gly482Ser (G/A)	rs8192678	0.460	0.472	0.447	0.444	0.431	0.448	0.463	0.442	0.471	0.438	0.538	<0.0001
PRKAA2	IVS4+961T/C	rs1418442	0.231	0.216	0.228	0.232	0.206	0.217	0.184	0.237	0.205	0.237	0.318	<0.0001
PRKAA2	IVS7+81T/C	rs932447	0.231	0.216	0.228	0.232	0.207	0.218	0.184	0.237	0.205	0.239	0.318	<0.0001
PRKAA2	A/T (at 3′UTR)	rs1342382	0.221	0.238	0.220	0.200	0.250	0.225	0.204	0.211	0.233	0.197	0.212	0.072
PTGS2(COX2)	G-765C	rs20417	0.029	0.028	0.033	0.031	0.033	0.027	0.025	0.053	0.026	0.030	0.017	0.22
PTGS2(COX2)	C-163G	rs5270	0.016	0.017	0.023	0.017	0.020	0.015	0.009	0.011	0.009	0.011	0.016	0.32
PTPN11	G33861A	rs2301756	0.195	0.194	0.199	0.172	0.167	0.185	0.184	0.205	0.173	0.159	0.320	<0.0001
RETN	C-420G	rs1862513	0.348	0.351	0.328	0.330	0.343	0.330	0.334	0.316	0.340	0.366	0.411	0.002
SCARB1	Val135Ile (G/A)	rs5891	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
SCARB1	Ala350Ala (C1119T)	rs5888	0.228	0.240	0.212	0.226	0.228	0.225	0.253	0.205	0.240	0.240	0.213	0.59
SCARB1	G/A (at intron)	rs3782287	0.234	0.225	0.223	0.243	0.227	0.249	0.297	0.189	0.207	0.219	0.263	0.008
SERPINC1	C/G	rs677	0.219	0.220	0.197	0.209	0.238	0.223	0.238	0.211	0.220	0.227	0.217	0.58
SHMT1	Leu435Phe (C1420T)	rs1979277	0.089	0.072	0.089	0.071	0.093	0.092	0.084	0.095	0.084	0.091	0.117	0.026
SLC19A(RFC1)	His27Arg (A80G)	rs1051266	0.418	0.415	0.435	0.412	0.426	0.423	0.397	0.395	0.430	0.454	0.352	0.001
SLC30A8	Arg325Trp (C/T)	rs13266634	0.437	0.439	0.449	0.443	0.438	0.418	0.472	0.453	0.434	0.451	0.411	0.53
SRD5A2	Leu89Val (C/G)	rs523349	0.452	0.437	0.468	0.430	0.458	0.458	0.391	0.399	0.449	0.471	0.464	0.13
TAS2R38	Pro49Ala (C/G)	rs713598	0.445	0.448	0.439	0.419	0.427	0.454	0.434	0.479	0.445	0.435	0.491	0.080
TAS2R38	Ala262Val (C/T)	rs1726866	0.444	0.449	0.438	0.419	0.427	0.454	0.434	0.479	0.444	0.435	0.491	0.078
TAS2R38	Val296Ile (C/T)	rs10246939	0.444	0.448	0.438	0.419	0.427	0.454	0.434	0.479	0.444	0.435	0.491	0.079
TCF7L2	C/T (at intron)	rs7903146	0.039	0.051	0.039	0.042	0.043	0.037	0.034	0.042	0.025	0.034	0.043	0.27
TNF-A	T-1031C	rs1799964	0.166	0.175	0.148	0.165	0.157	0.153	0.153	0.237	0.151	0.180	0.188	0.024
TNF-A	C-857T	rs1799724	0.187	0.172	0.171	0.173	0.166	0.161	0.194	0.184	0.203	0.199	0.255	<0.0001
USF1	C7131T	rs3737787	0.215	0.229	0.223	0.220	0.234	0.217	0.263	0.216	0.196	0.204	0.178	0.020
VDR	Met1Thr (Fok I) (C/T)	rs2228570	0.375	0.344	0.393	0.368	0.380	0.381	0.391	0.437	0.402	0.377	0.343	0.048

Abbreviations: ACC, Aichi Cancer Center; SNP, single nucleotide polymorphism.

^aP for difference among study areas.