Table 1. Superfamily assignment.
| HLA Allele | No. of Complex | This Study | Sidney et al. [28] | Hertz & Yanover [29] | Lund et al. [20] | Doytchinova et al. [24] | ||
| Peptide∧ | BS* | COMSIA | MIF | |||||
| A * 0101 | 310 | A1 | A1 | A1 | A1 | A1 | A3 | A3 |
| A * 2601 | 153 | A1 | A1 | A1 | A26 | A26 | A2 | A3 |
| A * 2602 | 67 | A1 | A1 | A1 | A26 | A26 | A2 | A3 |
| A * 2603 | 23 | A1 | A1 | A2 | A26 | A26 | A2 | A3 |
| A * 2902 | 349 | A1 | A1 A24 | B44 | A1 | outlier | A3 | A3 |
| A * 3002 | 243 | A1 | A1 | A1 | A1 | A1 | A3 | A3 |
| A * 8001 | 65 | A1 | A1 | – | – | A1 | A3 | A3 |
| A * 2501 | 47 | outlier | A1 | – | – | A1 | A2 | A3 |
| A * 3201 | 310 | outlier | A1 | – | – | A1 | A3 | A3 |
| A * 0201 | 2775 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 0202 | 752 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 0203 | 785 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 0205 | 6 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 0206 | 694 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 0207 | 6 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 0211 | 88 | A2 | A2 | – | – | – | A2 | A2 |
| A * 0212 | 102 | A2 | A2 | – | – | – | A2 | A2 |
| A * 0216 | 34 | A2 | A2 | – | – | – | A2 | A2 |
| A * 0219 | 47 | A2 | A2 | – | – | – | A2 | A2 |
| A * 2301 | 192 | A24 | A24 | – | – | A24 | A24 | A24 |
| A * 2402 | 822 | A24 | A24 | A24 | A24 | A24 | A24 | A24 |
| A * 2403 | 59 | A24 | A24 | – | – | A24 | A24 | A24 |
| A * 0301 | 865 | A3 | A3 | A3 | A1 | A3 | A3 | A3 |
| A * 0302 | 6 | A3 | A3 | – | – | – | A3 | A3 |
| A * 1101 | 1161 | A3 | A3 | A3 | A1 | A3 | A3 | A3 |
| A * 3001 | 438 | A3 | A1 A3 | A1 | A1 | A1 | A3 | A3 |
| A * 3101 | 514 | A3 | A3 | A3 | – | A3 | A3 | A3 |
| A * 3301 | 215 | A3 | A3 | A3 | A3 | A3 | A3 | A3 |
| A * 6801 | 578 | A3 | A3 | A3 | A3 | A3 | A3 | A3 |
| A * 6802 | 497 | A6X | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| A * 6901 | 86 | A6X | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 | A2 |
| B * 1402 | 8 | B27 | B27 | – | – | outlier | B7 | B7 |
| B * 2705 | 76 | B27 | B27 | B27 | – | B27 | B27 | B27 |
| B * 7301 | 16 | B27 | B27 | B27 | B27 | outlier | B7 | B7 |
| B * 4001 | 133 | B44 | B44 | B7 | B44 | B44 | B27 | outlier |
| B * 4002 | 162 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 | B27 | outlier |
| B * 4402 | 91 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 |
| B * 4403 | 91 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 | B44 |
| B * 4501 | 97 | B44 | B44 | – | – | B44 | B27 | B7 |
| B * 1801 | 90 | outlier | B44 | B44 | B7 | – | B7 | B7 |
| B * 1516 | 7 | B58 | B58 | A1 | B58 | outlier | B44 | B44 |
| B * 1517 | 25 | B58 | B58 | A1 | B58 | outlier | B44 | B44 |
| B * 5701 | 29 | B58 | B58 | A1 | B58 | B58 | B44 | B44 |
| B * 5801 | 128 | B58 | B58 | A24 | B58 | B58 | B44 | B44 |
| B * 1501 | 782 | B62 | B62 | A1 | B62 | B62 | B27 | B7 |
| B * 1502 | 66 | B62 | B62 | B62 | B62 | B62 | B7 | B7 |
| B * 1503 | 349 | B62 | B27 | B62 | B27 | B62 | B27 | B7 |
| B * 1509 | 36 | B62 | B27 | B39 | B39 | B39 | B7 | B7 |
| B * 3801 | 7 | B62 | B27 | B39 | B39 | B39 | B44 | B27 |
| B * 3901 | 31 | B62 | B27 | B39 | B39 | B39 | B7 | outlier |
| B * 0702 | 470 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 |
| B * 3501 | 393 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 |
| B * 5101 | 165 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B44 | B44 |
| B * 5301 | 176 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B44 | B44 |
| B * 5401 | 129 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 | B7 |
| B * 0801 | 499 | B8 | B8 | – | – | outlier | B7 | B7 |
| B * 0802 | 34 | B8 | B8 | – | – | B8 | B44 | B44 |
| B * 0803 | 14 | B8 | B8 | – | – | – | B7 | B7 |
Comparison of our results against earlier classifications by Sidney et al. [28], Hertz and Yanover’s methods [29]; which include both peptide and binding site approaches; Lund et al. [20], and both methods by Doytchinova et al. [24]; which are based on COMSIA (Comparative Similarity Index Analysis) and MIF (Molecular Interaction Fields).
‘-’ denotes that the allele is not included for classification in the particular study.
*
Superfamily definition based on learned distance function over the binding site of the alleles.
∧
Superfamily definition based on peptide-peptide learned distance function.