Skip to main content
. 2014 Jan;88(1):377–392. doi: 10.1128/JVI.02689-13

TABLE 1.

Primers used in RT and PCR cloning of 3′UTRs

Gene/application Primera Sequence (5′–3′)
MCS-oligo(dT)18NN RT CTGCAGACGCGTGCTAGCTCGAGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTNN
Universal R PCR-R TAGACGCGYGCTAGCTCGAGATCTT
ORF-K1 PCR-F TCTTGGTACCCTACACGATTTGTGCACGGAAGAC
ORF4 PCR-F GCGGGTACCAAACAACACAGTTGCCATCCACTAAT
ORF6 PCR-F ATTAGGTACCCCCAGAAGAGCCTTGCCTTATCCA
ORF9 PCR-F TCTTCTCGAGCTTACCGGGGTGGATATAGCAAG
ORF10 PCR-F TTTTGGTACCGTGGCGGTGGACCTGTACTTCGAC
ORF11 PCR-F TCTTGGTACCGTTTACGCAGACTGACTCGCT
ORF-K2 PCR-F AAAGTTACCGCGGTGCGTGTTTTGGACTCTATCCC
ORF2 PCR-F AGAGGTACCGACGTGTTTCTCTCGCATGATAGCTT
ORF-K3 PCR-F TCTCGGTACCGCGGGTTGAAGTGTTTCCATATAG
ORF70 PCR-F AGAGGTACCTACTGCCCGCATCCTACCATTCGTAT
ORF-K4 PCR-F AAAGGTACCACACCAAGGGCATCCTGCTCGTCGCT
ORF-K5 PCR-F AATGGTACCGTCGCCTCTGGAGACAAAGAACGTGA
ORF-K6 PCR-F TTTGGTACCCAGCGGCTGCCTGCCATAGCTTAGA
ORF-K7 PCR-F TTTGGTACCTACAGTCACCCCTTGCGGGTTATTG
ORF16 PCR-F TCTGTTACCCACTATATTGGCAGCGGTCGCGATGA
ORF17 PCR-F TTTGGTACCCAAGATGTTCTGCGAGGAGCTCCTGA
ORF18 PCR-F TTTGGTACCGCTGGCCTACCTTGGTGCGTTTAACA
ORF19 PCR-F TTTACCGGTCGGCGATGACTACGATAGAGCGTACT
ORF21 PCR-F TCTACCGGTGGCTATTAAACCCAGGGCCATCAACT
ORF22 PCR-F TCTACCGGTTGGCCTGCAGTCTCTCATGTATGTCA
ORF23 PCR-F TCTACCGGTGAGGTGCTCGGATTTCTTGCCAAGTA
ORF24 PCR-F TCTACCGGTTTGTCCGTCACGCCATTCGCAAACTA
ORF25 PCR-F TTTACCGGTTTGAAGAGGTGGCGCCGATGAAGAGA
ORF26 PCR-F TTTACCGGTAATCTTGGCCCCAGACTGCACGTGTA
ORF27 PCR-F TCTACCGGTAATCTATCCACCCCTCCCTTGATTCT
ORF29b PCR-F TCTGAGCTCGTGTGCTGATGATTCCGATGATTCA
ORF30 PCR-F TTTGAGCTCCTCGGTCTCGCTGACTCTCTATGTC
ORF31 PCR-F TCTGGTACCTGCACGTTATCGTCTCCATCTATTC
ORF32 PCR-F TCTGGTACCGTGTTACCTGGGGGTTTTGCTATTA
ORF33 PCR-F TCTACCGGTGTCTTCTGTTCGATCCCATTGTCCA
ORF34 PCR-F TTTACCGGTGTCCAACTACGGGCGACTATCTAAT
ORF35 PCR-F TTTACCGGTTTCGGAGATCAAGGACACAATCGTC
ORF36 PCR-F TTTACCGGTCTGGCGTTTCAGAAGCAGTGCTATT
ORF37 PCR-F TTTACCGGTTGCTAATCGTAACCCCCGTCTACTT
ORF38 PCR-F TTTACCGGTTGCTAATCGTAACCCCCGTCTACTT
ORF39 PCR-F TTTACCGGTGCGCCAAAGTGAAGGACATATCGAC
ORF40 PCR-F TTTACCGGTCCCACGCCTGTCACTGACATTAATA
ORF41 PCR-F AAAACCGGTGCCCTAAACATGCCTCCCGACACTTC
ORF42 PCR-F TTTACCGGTACAAACCTGCGCGGACCCAGTAAAC
ORF43 PCR-F TTTACCGGTGACTGACTGGAGTGCCAATGAGTAC
ORF44 PCR-F TCTACCGGTACCGCAATATCAGAGCCAGTCTAGT
ORF45 PCR-F TCTACCGGTCCCTGTGTGGAAACGGTGCATATAA
ORF46 PCR-F TCTGAGCTCCCAGGGCTGTAATCACTTTAACCTA
ORF47 PCR-F TCTGAGCTCCGAAGTTTGACGGCCTATACTGTAG
ORF48 PCR-F TCTGAGCTCGTGTGCTGATGATTCCGATGATTCA
ORF49 PCR-F TTTGAGCTCTAGGTTCCGCGGCTTTGGTCAAGTA
ORF50 PCR-F AAAGGTACCACGAGGTACAGGAGTCCGGCACACT
ORF-K8 PCR-F ACAGGTACCCAAGAGGACCACACATTTCGCAACA
ORF52 PCR-F TCTGAGCTCCCTGAAGGGACTTTCGCTTAGAATC
ORF53 PCR-F TCTGAGCTCACTACCCCAGGATTCTATGACGTTG
ORF54 PCR-F TTTACCGGTGGTAGCCGCATATGCCAGATTGTGT
ORF55 PCR-F AAAACCGGTGGCGTCAGACGACTCGGTAATATGG
ORF56 PCR-F TCTGAGCTCCTTCATTCCATTAGGGTGAGCGAAGT
ORF57 PCR-F TTTGAGCTCGCTGCTCTTGGCCTTTGTCCTAACTA
ORF-K9 PCR-F TCTGGTACCCCGACGAGGATATTTAACCCGAATAC
ORF-K10 PCR-F TTTGGTACCAGCAGCTGTTCAACACCGCGCGATAC
ORF-K10.5 PCR-F TTTGAGCTCGACGCTTGCCAGGTGAAGAGTACGAG
ORF58 PCR-F TTTGGTACCGCAATGGGGGTCGAGATTCAGCTAAT
ORF59 PCR-F TTTGGTACCCAGGAGGCAGCCGGAATTGGAGTCTC
ORF60 PCR-F TCTGGTACCTTGAGCGAGACAATTCTGATTACACC
ORF61 PCR-F TCTGGTACCAGAGTCAGGAATGCGAGCTATCTTAG
ORF62 PCR-F TCTGAGCTCTGCCTGTACTGGTGTTTGCGAACTTT
ORF64 PCR-F AAAGGTACCCGTGGTGCCCATGCCCCATCCAATTA
ORF65 PCR-F AAAGGTACCCACTGGGGGTCTCGGGAAGCAGTATA
ORF66 PCR-F ATTGGTACCGCCCTTGCCATTCGAGACCTAGATCA
ORF67 PCR-F ATCGGTACCTGAAGTCGCTGCTGGAGACAGTGTAC
ORF69 PCR-F AAAGAGCTCCGCACTTGTCAACGCCCTATAACCTC
ORF-K12 PCR-F TTTGAGCTCGTTTGTGGCAGTTCATGTCCCGGATG
ORF71 PCR-F TTTGAGCTCCTCTTGCGCGACCTGCTTCACTTAGA
ORF72 PCR-F GGTGGTACCGATCTGCGCATTCTGGACAGCTATTA
ORF73 PCR-F ATAGGTACCCCAGACCAGTCGCCCATAACTTATTG
ORF-K14 PCR-F TAAGAGCTCCGTGAGGCTGCCGCGTGGGGATAATA
ORF74 PCR-F GGCGAGCTCTTGTGTTTTGCTTCCCTTACCACGTA
ORF75 PCR-F AAAGAGCTCAGACCCTGCCAGCCAGACACTATCCC
PHB PCR-F ATCTTTGACTGCCGTTCTCGACC
a

RT, reverse transcription; PCR-F, forward PCR primer; PCR-R, reverse PCR primer.

HHS Vulnerability Disclosure