TABLE 1.
Primers used in RT and PCR cloning of 3′UTRs
Gene/application | Primera | Sequence (5′–3′) |
---|---|---|
MCS-oligo(dT)18NN | RT | CTGCAGACGCGTGCTAGCTCGAGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTNN |
Universal R | PCR-R | TAGACGCGYGCTAGCTCGAGATCTT |
ORF-K1 | PCR-F | TCTTGGTACCCTACACGATTTGTGCACGGAAGAC |
ORF4 | PCR-F | GCGGGTACCAAACAACACAGTTGCCATCCACTAAT |
ORF6 | PCR-F | ATTAGGTACCCCCAGAAGAGCCTTGCCTTATCCA |
ORF9 | PCR-F | TCTTCTCGAGCTTACCGGGGTGGATATAGCAAG |
ORF10 | PCR-F | TTTTGGTACCGTGGCGGTGGACCTGTACTTCGAC |
ORF11 | PCR-F | TCTTGGTACCGTTTACGCAGACTGACTCGCT |
ORF-K2 | PCR-F | AAAGTTACCGCGGTGCGTGTTTTGGACTCTATCCC |
ORF2 | PCR-F | AGAGGTACCGACGTGTTTCTCTCGCATGATAGCTT |
ORF-K3 | PCR-F | TCTCGGTACCGCGGGTTGAAGTGTTTCCATATAG |
ORF70 | PCR-F | AGAGGTACCTACTGCCCGCATCCTACCATTCGTAT |
ORF-K4 | PCR-F | AAAGGTACCACACCAAGGGCATCCTGCTCGTCGCT |
ORF-K5 | PCR-F | AATGGTACCGTCGCCTCTGGAGACAAAGAACGTGA |
ORF-K6 | PCR-F | TTTGGTACCCAGCGGCTGCCTGCCATAGCTTAGA |
ORF-K7 | PCR-F | TTTGGTACCTACAGTCACCCCTTGCGGGTTATTG |
ORF16 | PCR-F | TCTGTTACCCACTATATTGGCAGCGGTCGCGATGA |
ORF17 | PCR-F | TTTGGTACCCAAGATGTTCTGCGAGGAGCTCCTGA |
ORF18 | PCR-F | TTTGGTACCGCTGGCCTACCTTGGTGCGTTTAACA |
ORF19 | PCR-F | TTTACCGGTCGGCGATGACTACGATAGAGCGTACT |
ORF21 | PCR-F | TCTACCGGTGGCTATTAAACCCAGGGCCATCAACT |
ORF22 | PCR-F | TCTACCGGTTGGCCTGCAGTCTCTCATGTATGTCA |
ORF23 | PCR-F | TCTACCGGTGAGGTGCTCGGATTTCTTGCCAAGTA |
ORF24 | PCR-F | TCTACCGGTTTGTCCGTCACGCCATTCGCAAACTA |
ORF25 | PCR-F | TTTACCGGTTTGAAGAGGTGGCGCCGATGAAGAGA |
ORF26 | PCR-F | TTTACCGGTAATCTTGGCCCCAGACTGCACGTGTA |
ORF27 | PCR-F | TCTACCGGTAATCTATCCACCCCTCCCTTGATTCT |
ORF29b | PCR-F | TCTGAGCTCGTGTGCTGATGATTCCGATGATTCA |
ORF30 | PCR-F | TTTGAGCTCCTCGGTCTCGCTGACTCTCTATGTC |
ORF31 | PCR-F | TCTGGTACCTGCACGTTATCGTCTCCATCTATTC |
ORF32 | PCR-F | TCTGGTACCGTGTTACCTGGGGGTTTTGCTATTA |
ORF33 | PCR-F | TCTACCGGTGTCTTCTGTTCGATCCCATTGTCCA |
ORF34 | PCR-F | TTTACCGGTGTCCAACTACGGGCGACTATCTAAT |
ORF35 | PCR-F | TTTACCGGTTTCGGAGATCAAGGACACAATCGTC |
ORF36 | PCR-F | TTTACCGGTCTGGCGTTTCAGAAGCAGTGCTATT |
ORF37 | PCR-F | TTTACCGGTTGCTAATCGTAACCCCCGTCTACTT |
ORF38 | PCR-F | TTTACCGGTTGCTAATCGTAACCCCCGTCTACTT |
ORF39 | PCR-F | TTTACCGGTGCGCCAAAGTGAAGGACATATCGAC |
ORF40 | PCR-F | TTTACCGGTCCCACGCCTGTCACTGACATTAATA |
ORF41 | PCR-F | AAAACCGGTGCCCTAAACATGCCTCCCGACACTTC |
ORF42 | PCR-F | TTTACCGGTACAAACCTGCGCGGACCCAGTAAAC |
ORF43 | PCR-F | TTTACCGGTGACTGACTGGAGTGCCAATGAGTAC |
ORF44 | PCR-F | TCTACCGGTACCGCAATATCAGAGCCAGTCTAGT |
ORF45 | PCR-F | TCTACCGGTCCCTGTGTGGAAACGGTGCATATAA |
ORF46 | PCR-F | TCTGAGCTCCCAGGGCTGTAATCACTTTAACCTA |
ORF47 | PCR-F | TCTGAGCTCCGAAGTTTGACGGCCTATACTGTAG |
ORF48 | PCR-F | TCTGAGCTCGTGTGCTGATGATTCCGATGATTCA |
ORF49 | PCR-F | TTTGAGCTCTAGGTTCCGCGGCTTTGGTCAAGTA |
ORF50 | PCR-F | AAAGGTACCACGAGGTACAGGAGTCCGGCACACT |
ORF-K8 | PCR-F | ACAGGTACCCAAGAGGACCACACATTTCGCAACA |
ORF52 | PCR-F | TCTGAGCTCCCTGAAGGGACTTTCGCTTAGAATC |
ORF53 | PCR-F | TCTGAGCTCACTACCCCAGGATTCTATGACGTTG |
ORF54 | PCR-F | TTTACCGGTGGTAGCCGCATATGCCAGATTGTGT |
ORF55 | PCR-F | AAAACCGGTGGCGTCAGACGACTCGGTAATATGG |
ORF56 | PCR-F | TCTGAGCTCCTTCATTCCATTAGGGTGAGCGAAGT |
ORF57 | PCR-F | TTTGAGCTCGCTGCTCTTGGCCTTTGTCCTAACTA |
ORF-K9 | PCR-F | TCTGGTACCCCGACGAGGATATTTAACCCGAATAC |
ORF-K10 | PCR-F | TTTGGTACCAGCAGCTGTTCAACACCGCGCGATAC |
ORF-K10.5 | PCR-F | TTTGAGCTCGACGCTTGCCAGGTGAAGAGTACGAG |
ORF58 | PCR-F | TTTGGTACCGCAATGGGGGTCGAGATTCAGCTAAT |
ORF59 | PCR-F | TTTGGTACCCAGGAGGCAGCCGGAATTGGAGTCTC |
ORF60 | PCR-F | TCTGGTACCTTGAGCGAGACAATTCTGATTACACC |
ORF61 | PCR-F | TCTGGTACCAGAGTCAGGAATGCGAGCTATCTTAG |
ORF62 | PCR-F | TCTGAGCTCTGCCTGTACTGGTGTTTGCGAACTTT |
ORF64 | PCR-F | AAAGGTACCCGTGGTGCCCATGCCCCATCCAATTA |
ORF65 | PCR-F | AAAGGTACCCACTGGGGGTCTCGGGAAGCAGTATA |
ORF66 | PCR-F | ATTGGTACCGCCCTTGCCATTCGAGACCTAGATCA |
ORF67 | PCR-F | ATCGGTACCTGAAGTCGCTGCTGGAGACAGTGTAC |
ORF69 | PCR-F | AAAGAGCTCCGCACTTGTCAACGCCCTATAACCTC |
ORF-K12 | PCR-F | TTTGAGCTCGTTTGTGGCAGTTCATGTCCCGGATG |
ORF71 | PCR-F | TTTGAGCTCCTCTTGCGCGACCTGCTTCACTTAGA |
ORF72 | PCR-F | GGTGGTACCGATCTGCGCATTCTGGACAGCTATTA |
ORF73 | PCR-F | ATAGGTACCCCAGACCAGTCGCCCATAACTTATTG |
ORF-K14 | PCR-F | TAAGAGCTCCGTGAGGCTGCCGCGTGGGGATAATA |
ORF74 | PCR-F | GGCGAGCTCTTGTGTTTTGCTTCCCTTACCACGTA |
ORF75 | PCR-F | AAAGAGCTCAGACCCTGCCAGCCAGACACTATCCC |
PHB | PCR-F | ATCTTTGACTGCCGTTCTCGACC |
RT, reverse transcription; PCR-F, forward PCR primer; PCR-R, reverse PCR primer.