TABLE 1.
Primers used in RT and PCR cloning of 3′UTRs
| Gene/application | Primera | Sequence (5′–3′) |
|---|---|---|
| MCS-oligo(dT)18NN | RT | CTGCAGACGCGTGCTAGCTCGAGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTNN |
| Universal R | PCR-R | TAGACGCGYGCTAGCTCGAGATCTT |
| ORF-K1 | PCR-F | TCTTGGTACCCTACACGATTTGTGCACGGAAGAC |
| ORF4 | PCR-F | GCGGGTACCAAACAACACAGTTGCCATCCACTAAT |
| ORF6 | PCR-F | ATTAGGTACCCCCAGAAGAGCCTTGCCTTATCCA |
| ORF9 | PCR-F | TCTTCTCGAGCTTACCGGGGTGGATATAGCAAG |
| ORF10 | PCR-F | TTTTGGTACCGTGGCGGTGGACCTGTACTTCGAC |
| ORF11 | PCR-F | TCTTGGTACCGTTTACGCAGACTGACTCGCT |
| ORF-K2 | PCR-F | AAAGTTACCGCGGTGCGTGTTTTGGACTCTATCCC |
| ORF2 | PCR-F | AGAGGTACCGACGTGTTTCTCTCGCATGATAGCTT |
| ORF-K3 | PCR-F | TCTCGGTACCGCGGGTTGAAGTGTTTCCATATAG |
| ORF70 | PCR-F | AGAGGTACCTACTGCCCGCATCCTACCATTCGTAT |
| ORF-K4 | PCR-F | AAAGGTACCACACCAAGGGCATCCTGCTCGTCGCT |
| ORF-K5 | PCR-F | AATGGTACCGTCGCCTCTGGAGACAAAGAACGTGA |
| ORF-K6 | PCR-F | TTTGGTACCCAGCGGCTGCCTGCCATAGCTTAGA |
| ORF-K7 | PCR-F | TTTGGTACCTACAGTCACCCCTTGCGGGTTATTG |
| ORF16 | PCR-F | TCTGTTACCCACTATATTGGCAGCGGTCGCGATGA |
| ORF17 | PCR-F | TTTGGTACCCAAGATGTTCTGCGAGGAGCTCCTGA |
| ORF18 | PCR-F | TTTGGTACCGCTGGCCTACCTTGGTGCGTTTAACA |
| ORF19 | PCR-F | TTTACCGGTCGGCGATGACTACGATAGAGCGTACT |
| ORF21 | PCR-F | TCTACCGGTGGCTATTAAACCCAGGGCCATCAACT |
| ORF22 | PCR-F | TCTACCGGTTGGCCTGCAGTCTCTCATGTATGTCA |
| ORF23 | PCR-F | TCTACCGGTGAGGTGCTCGGATTTCTTGCCAAGTA |
| ORF24 | PCR-F | TCTACCGGTTTGTCCGTCACGCCATTCGCAAACTA |
| ORF25 | PCR-F | TTTACCGGTTTGAAGAGGTGGCGCCGATGAAGAGA |
| ORF26 | PCR-F | TTTACCGGTAATCTTGGCCCCAGACTGCACGTGTA |
| ORF27 | PCR-F | TCTACCGGTAATCTATCCACCCCTCCCTTGATTCT |
| ORF29b | PCR-F | TCTGAGCTCGTGTGCTGATGATTCCGATGATTCA |
| ORF30 | PCR-F | TTTGAGCTCCTCGGTCTCGCTGACTCTCTATGTC |
| ORF31 | PCR-F | TCTGGTACCTGCACGTTATCGTCTCCATCTATTC |
| ORF32 | PCR-F | TCTGGTACCGTGTTACCTGGGGGTTTTGCTATTA |
| ORF33 | PCR-F | TCTACCGGTGTCTTCTGTTCGATCCCATTGTCCA |
| ORF34 | PCR-F | TTTACCGGTGTCCAACTACGGGCGACTATCTAAT |
| ORF35 | PCR-F | TTTACCGGTTTCGGAGATCAAGGACACAATCGTC |
| ORF36 | PCR-F | TTTACCGGTCTGGCGTTTCAGAAGCAGTGCTATT |
| ORF37 | PCR-F | TTTACCGGTTGCTAATCGTAACCCCCGTCTACTT |
| ORF38 | PCR-F | TTTACCGGTTGCTAATCGTAACCCCCGTCTACTT |
| ORF39 | PCR-F | TTTACCGGTGCGCCAAAGTGAAGGACATATCGAC |
| ORF40 | PCR-F | TTTACCGGTCCCACGCCTGTCACTGACATTAATA |
| ORF41 | PCR-F | AAAACCGGTGCCCTAAACATGCCTCCCGACACTTC |
| ORF42 | PCR-F | TTTACCGGTACAAACCTGCGCGGACCCAGTAAAC |
| ORF43 | PCR-F | TTTACCGGTGACTGACTGGAGTGCCAATGAGTAC |
| ORF44 | PCR-F | TCTACCGGTACCGCAATATCAGAGCCAGTCTAGT |
| ORF45 | PCR-F | TCTACCGGTCCCTGTGTGGAAACGGTGCATATAA |
| ORF46 | PCR-F | TCTGAGCTCCCAGGGCTGTAATCACTTTAACCTA |
| ORF47 | PCR-F | TCTGAGCTCCGAAGTTTGACGGCCTATACTGTAG |
| ORF48 | PCR-F | TCTGAGCTCGTGTGCTGATGATTCCGATGATTCA |
| ORF49 | PCR-F | TTTGAGCTCTAGGTTCCGCGGCTTTGGTCAAGTA |
| ORF50 | PCR-F | AAAGGTACCACGAGGTACAGGAGTCCGGCACACT |
| ORF-K8 | PCR-F | ACAGGTACCCAAGAGGACCACACATTTCGCAACA |
| ORF52 | PCR-F | TCTGAGCTCCCTGAAGGGACTTTCGCTTAGAATC |
| ORF53 | PCR-F | TCTGAGCTCACTACCCCAGGATTCTATGACGTTG |
| ORF54 | PCR-F | TTTACCGGTGGTAGCCGCATATGCCAGATTGTGT |
| ORF55 | PCR-F | AAAACCGGTGGCGTCAGACGACTCGGTAATATGG |
| ORF56 | PCR-F | TCTGAGCTCCTTCATTCCATTAGGGTGAGCGAAGT |
| ORF57 | PCR-F | TTTGAGCTCGCTGCTCTTGGCCTTTGTCCTAACTA |
| ORF-K9 | PCR-F | TCTGGTACCCCGACGAGGATATTTAACCCGAATAC |
| ORF-K10 | PCR-F | TTTGGTACCAGCAGCTGTTCAACACCGCGCGATAC |
| ORF-K10.5 | PCR-F | TTTGAGCTCGACGCTTGCCAGGTGAAGAGTACGAG |
| ORF58 | PCR-F | TTTGGTACCGCAATGGGGGTCGAGATTCAGCTAAT |
| ORF59 | PCR-F | TTTGGTACCCAGGAGGCAGCCGGAATTGGAGTCTC |
| ORF60 | PCR-F | TCTGGTACCTTGAGCGAGACAATTCTGATTACACC |
| ORF61 | PCR-F | TCTGGTACCAGAGTCAGGAATGCGAGCTATCTTAG |
| ORF62 | PCR-F | TCTGAGCTCTGCCTGTACTGGTGTTTGCGAACTTT |
| ORF64 | PCR-F | AAAGGTACCCGTGGTGCCCATGCCCCATCCAATTA |
| ORF65 | PCR-F | AAAGGTACCCACTGGGGGTCTCGGGAAGCAGTATA |
| ORF66 | PCR-F | ATTGGTACCGCCCTTGCCATTCGAGACCTAGATCA |
| ORF67 | PCR-F | ATCGGTACCTGAAGTCGCTGCTGGAGACAGTGTAC |
| ORF69 | PCR-F | AAAGAGCTCCGCACTTGTCAACGCCCTATAACCTC |
| ORF-K12 | PCR-F | TTTGAGCTCGTTTGTGGCAGTTCATGTCCCGGATG |
| ORF71 | PCR-F | TTTGAGCTCCTCTTGCGCGACCTGCTTCACTTAGA |
| ORF72 | PCR-F | GGTGGTACCGATCTGCGCATTCTGGACAGCTATTA |
| ORF73 | PCR-F | ATAGGTACCCCAGACCAGTCGCCCATAACTTATTG |
| ORF-K14 | PCR-F | TAAGAGCTCCGTGAGGCTGCCGCGTGGGGATAATA |
| ORF74 | PCR-F | GGCGAGCTCTTGTGTTTTGCTTCCCTTACCACGTA |
| ORF75 | PCR-F | AAAGAGCTCAGACCCTGCCAGCCAGACACTATCCC |
| PHB | PCR-F | ATCTTTGACTGCCGTTCTCGACC |
a
RT, reverse transcription; PCR-F, forward PCR primer; PCR-R, reverse PCR primer.