Table 2.

Relative abundances of predominant OTUs (percentage) in the 16S rRNA gene libraries from faecal methanogens of Meishan and Yorkshire piglets¹.

OTUs	Yorkshire				Meishan				SEM2	Effect (P value)			Closest reference strain
	D1	D3	D7	D14	D1	D3	D7	D14		Breed	Age	Breed × age
OTU2	0.53	0.69	20.63	5.79	0.20	0.83	1.39	32.0	17.0	0.741	0.046	0.034	M. smithii
OTU6	6.89	1.20	0.09	0.00	10.16	0.68	3.41	0.08	5.07	0.293	0.001	0.679	M. thaueri
OTU7	3.19	1.31	0.03	0.00	9.87	3.92	2.97	0.26	4.50	0.024	0.012	0.392	M. thaueri
OTU10	3.64	1.57	0.02	0.00	6.14	3.22	1.60	0.10	3.23	0.157	0.011	0.860	M. woesei
OTU14	2.26	0.60	0.02	0.00	2.80	2.38	1.33	0.14	1.78	0.108	0.028	0.731	M. thaueri
OTU17	2.56	2.22	0.01	0.01	0.74	2.39	0.17	0.16	1.76	0.547	0.017	0.508	M. millerae
OTU19	2.12	0.45	0.00	0.00	2.52	1.51	1.19	0.11	1.37	0.097	0.004	0.738	M. thaueri
OTU20	0.20	0.64	3.26	2.57	0.20	0.03	0.12	0.22	1.88	0.015	0.204	0.217	M. smithii
OTU21	2.89	0.35	0.02	0.00	3.23	0.03	0.00	0.01	1.98	0.997	0.002	0.984	M. gottschalkii
OTU26	0.10	0.25	1.21	0.61	0.05	0.22	0.13	2.00	0.88	0.812	0.005	0.010	M. smithii
OTU27	1.49	1.49	0.08	0.01	0.98	0.19	0.24	0.02	1.03	0.223	0.049	0.403	M. alcaliphilum
OTU30	0.67	1.09	0.03	0.00	1.15	1.21	0.14	0.03	0.93	0.560	0.032	0.956	M. thaueri
OTU38	0.08	0.34	0.53	0.66	0.12	0.17	0.40	0.86	0.36	0.864	0.001	0.542	M. smithii
OTU39	0.03	0.19	0.55	1.00	0.03	0.12	0.41	0.52	0.53	0.324	0.026	0.756	M. smithii
OTU40	1.21	0.54	0.02	0.00	0.75	0.04	0.22	0.02	0.69	0.409	0.019	0.594	M. thaueri
OTU44	0.66	0.49	0.02	0.00	1.06	0.20	0.11	0.02	0.55	0.750	0.005	0.544	M. millerae
OTU48	0.15	0.34	0.53	0.40	0.06	0.09	0.16	0.61	0.28	0.134	0.010	0.083	M. millerae
OTU52	0.56	0.05	0.01	0.00	1.00	0.40	0.19	0.02	0.53	0.139	0.012	0.796	M. thaueri
OTU63	0.42	0.20	0.01	0.00	0.80	0.17	0.09	0.01	0.30	0.077	0.000	0.088	M. thaueri
OTU69	0.59	0.20	0.02	0.00	0.51	0.06	0.20	0.01	0.27	0.875	0.000	0.299	M. thaueri
OTU71	0.26	0.31	0.00	0.00	0.68	0.14	0.14	0.01	0.31	0.285	0.005	0.146	M. millerae
OTU73	0.08	0.13	0.60	0.35	0.01	0.08	0.03	0.25	0.27	0.016	0.038	0.067	M. smithii
OTU74	0.41	0.63	0.00	0.00	0.08	0.35	0.00	0.00	0.40	0.243	0.035	0.697	M. olleyae
OTU77	1.00	0.03	0.02	0.00	0.36	0.01	0.00	0.00	0.48	0.219	0.003	0.278	M. millerae
OTU78	0.38	0.15	0.02	0.00	0.51	0.09	0.20	0.02	0.23	0.263	0.000	0.487	M. thaueri
OTU82	0.28	0.14	0.01	0.00	0.33	0.07	0.40	0.05	0.21	0.075	0.010	0.047	M. thaueri
OTU85	0.25	0.13	0.00	0.00	0.39	0.35	0.10	0.02	0.26	0.175	0.047	0.862	M. thaueri
OTU86	0.17	0.16	0.02	0.00	0.44	0.16	0.29	0.00	0.20	0.024	0.010	0.153	M. thaueri
OTU88	0.33	0.04	0.00	0.00	0.49	0.20	0.12	0.00	0.25	0.143	0.002	0.845	M. thaueri
OTU91	0.67	0.07	0.00	0.00	0.33	0.00	0.04	0.01	0.35	0.399	0.006	0.572	M. millerae
OTU93	0.51	0.24	0.00	0.00	0.18	0.17	0.00	0.00	0.29	0.291	0.045	0.570	M. millerae
OTU103	0.04	0.04	0.17	0.32	0.02	0.04	0.10	0.21	0.15	0.277	0.002	0.821	M. smithii
OTU104	0.26	0.10	0.00	0.00	0.24	0.22	0.10	0.00	0.17	0.338	0.010	0.706	M. thaueri
OTU107	0.16	0.06	0.00	0.00	0.47	0.05	0.14	0.00	0.18	0.007	0.000	0.017	M. thaueri
OTU109	0.16	0.38	0.03	0.00	0.20	0.04	0.03	0.02	0.19	0.217	0.038	0.073	M. millerae
OTU110	0.22	0.18	0.04	0.00	0.27	0.08	0.04	0.02	0.17	0.892	0.018	0.786	M. millerae

¹OTUs: the abundances that were significantly affected by pig breed, age, or the interaction between breed and age are shown in this table.

²SEM: standard error of means, n = 4.