Table 4.
Ethnicity | Type of Diabetes | Sample Size | Platform and Number of SNPs | Covariates | Top SNPs | Region | Risk Allele | Odds Ratio | P-value | Gene(s) | References | |
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Cases (defined) | Controls (defined) | |||||||||||
Mexican-Americans | 2 | 103 (moderate-to-severe NPDR and PDR) | 183 (Normal to early NPDR) | Affymetrix GeneChip 100K; 421,010 SNPs (imputed) | age, gender, diabetes duration and HbA1c | rs6909083 | 6p12 | NA | NA | 2 × 10-5 | TINAG | 25 |
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rs17083119 | 6q22 | NA | NA | 3 × 10-5 | C6orf170 | |||||||
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rs2300782 | 5q22 | A | 2.64 | 6 × 10-5 | CAMK4 | |||||||
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rs10519765 | 15q13 | G | 3.33 | 6 × 10-5 | FMN1 | |||||||
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rs899036 | 11p12 | A | 3.13 | 3 × 10-4 | API5 | |||||||
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rs10501943 | 11q22 | C | 3.04 | 3 × 10-4 | CNTN5 | |||||||
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Taiwanese (Chinese) | 2 | 174 (NPDR and PDR) | 575 diabetics (no DR) and 100 nondiabetics | Illumina HumanHap550; 550K SNPs | diabetes duration and HbA1c | rs17376456 | 5q15 | A | 3.63* | 3 × 10-15† | C5orf36 | 26 |
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rs2038823 | 13q32 | C | 2.33* | 5 × 10-11† | HS6ST3 | |||||||
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rs4838605 | 10q11 | C | 1.58* | 2 × 10-9† | ARHGAP22 | |||||||
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rs12219125 | 10p12 | T | 1.62* | 9 × 10-9† | PLXDC2-NEBL | |||||||
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rs4462262 | 10q21 | C | 1.54* | 9 × 10-8† | ZWINT-MRPS35P3 | |||||||
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rs2811893 | 1p32 | T | 1.50* | 3 × 10-7† | MYSM1 | |||||||
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rs1571942 | 10p12 | C | 1.67* | 3 × 10-7† | PLXDC2 | |||||||
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rs4470583 | 4q32 | A | 1.16* | 4 × 10-7† | RPS14P7 -FSTL5 | |||||||
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Caucasians (GoKinD and EDIC) | 1 | 973 (PDR and DME) | 1856 (all others, including NPDR) | Affy 5.0 and Illumina HumanHap550; 2,543,887 SNPs (imputed) | no adjustments | rs476141 | 1q44 | A | 1.37 | 1 × 10-7 | AKT3 and ZNF238 | 27 |
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rs4787008 | 16p13 | G | 1.47 | 6 × 10-7 | RBFOX1 | |||||||
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rs13064954 | 3q25 | G | 1.02 | 7 × 10-7 | LEKR1-CCNL1 | |||||||
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rs9866141 | 3q25 | T | 1.02 | 9 × 10-7 | KRT18P34-VEPH1 | |||||||
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rs17404956 | 5q34 | A | 1.16 | 1 × 10-6 | RPLP0P9-ODZ2 | |||||||
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rs10403021 | 19q12 | C | 1.01 | 2 × 10-6 | VSTM2B-POP4 | |||||||
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rs10927101 | 1q44 | A | 1.33 | 2 × 10-6 | AKT3-ZNF238 | |||||||
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rs2696835 | 16q24 | C | 2.27 | 3 × 10-6 | IRF8-FOXF1 | |||||||
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rs1970671 | 18q21 | G | 1.37 | 3 × 10-6 | MAP1LC3P-TCF4 | |||||||
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rs2115386 | 19p13 | C | 1.12 | 3 × 10-6 | INSR | |||||||
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rs10199521 | 2p25 | T | 1.46 | 3 × 10-6 | MYT1L-TSSC1 | |||||||
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rs7772697 | 6q25 | T | 1.35 | 3 × 10-6 | UST-TAB2 | |||||||
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rs6702784 | 1p34 | C | 1.08 | 4 × 10-6 | OSCP1 | |||||||
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rs1342038 | 1q25 | G | 1.49 | 4 × 10-6 | TNFSF4-RPL26P11 | |||||||
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rs3007729 | 1p36 | T | 1.35 | 5 × 10-6 | IGSF21-KLHDC7A | |||||||
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rs10910200 | 1q42 | G | 1.35 | 6 × 10-6 | KIAA1804-KCNK1 | |||||||
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rs11867934 | 17p11 | C | 1.43 | 7 × 10-6 | TNFRSF13B-MPRIP | |||||||
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rs11765845 | 7p15 | A | 1.02 | 7 × 10-6 | CREB5 | |||||||
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rs1073203 | 5q23 | G | 1.54 | 9 × 10-6 | RPSAP37-GRAMD3 | |||||||
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Taiwanese (Chinese) | 2 | 437 (PDR) | 570 diabetics ≥8 years (no DR) | Illlumina OmniExpress; 2,166,765 (imputed) | no adjustments; age and gender | rs9565164 | 13q22.2 | C | 1.7 | 1.3 × 10-7 | TBC1D4-COMMD6-UCHL3 | 28 |
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rs1399634 | 2q31.1 | A | 1.5 | 2.0× 10-6 | LRP2-BBS5 | |||||||
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rs2380261 | 2q37.2 | T | 1.5 | 2.1× 10-6 | ARL4C-SH3BP4 |
Dominant model;
Determined by the most significant P-value from 6 genetic models (genotype, allele, trend, additive, dominant, and recessive)