TABLE 3.
Sequences of oligonucleotides used for annealing and construction of the reporter constructs for viral promotersa
| Construct | Forward primer | Reverse primer |
|---|---|---|
| M7p-31bp-F | tcgaTATAATGTTTATATTTAACTGAATAAAAGAA | agctTTCTTTTATTCAGTTAAATATAAACATTATA |
| M7p-20bpF | tcgaTGTTTATATTTAACTGAATAA | agctTTATTCAGTTAAATATAAACA |
| M7p-15bpF | tcgaGTTTATATTTAACTG | agctCAGTTAAATATAAAC |
| M7p-15bpF-4A | tcgaGTTAATATTTAACTG | agctCAGTTAAATATTAAC |
| M7p-15bpF-5T | tcgaGTTTTTATTTAACTG | agctCAGTTAAATAAAAAC |
| M7p-9A10A-15bpF | tcgaGTTTATATAAAACTG | agctCAGAAAAATATAAAC |
| M7p-6A-15bpF | tcgaGTTTAAATTTAACTG | agctCAGTTAAATTTAAAC |
| ORF4-15bpF | tcgaATCTCTATTAAAGGG | agctCCCTTTAATAGAGAT |
| ORF7-15bpF | tcgaAGACAATATTATAAC | agctGTTATAATATTGTCT |
| ORF8-15bpF | tcgaGAGGGTATTTAAAGA | agctTCTTTAAATACCCTC |
| ORF17-15bpF | tcgaTAGCGTATTTAATTT | agctAAATTAAATACGCTA |
| ORF19-15bpF | tcgaCCTGATATTTAAGAG | agctCTCTTAAATATCAGG |
| ORF20-15bpF | tcgaTTGTCTATTATAGGG | agctCCCTATAATAGACAA |
| ORF22-15bpF | tcgaCCGGCTATTAAAACA | agctTGTTTTAATAGCCGG |
| ORF23-15bpF | tcgaAAAAATATTAACAGG | agctCCCTATAATAGACAA |
| ORF25-15bpF | tcgaAAGTATATTAAATTG | agctCAATTTAATATACTT |
| ORF26-15bpF | tcgaAAGAGTATTAAAGAT | agctATCTTTAATACTCTT |
| ORF27-15bpF | tcgaTTCAATATTTAATCT | agctAGATTAAATATTGAA |
| ORF29-15bpF | tcgaGCTCATATTAATTGC | agctGCAATTAATATGAGC |
| ORF32-15bpF | tcgaCATGCTATTTAAATG | agctCATTTAAATAGCATG |
| ORF33-15bpF | tcgaTTTGTTATTAAAGGA | agctTCCTTTAATAACAAA |
| ORF38-15bpF | tcgaGGGTGTATATAAAAG | agctCTTTTATATACACCC |
| ORF39-15bpF | tcgaACGATTATTAAAAAG | agctCTTTTTAATAATCGT |
| ORF42-15bpF | tcgaTAGTCTATATAACTG | agctCAGTTATATAGACTA |
| ORF45-15bpF1 | tcgaACACATATTTAACGC | agctGCGTTAAATATGTGT |
| ORF45-15bpF2 | tcgaTCTTGTATTAAAGGC | agctGCCTTTAATACAAGA |
| ORF53-15bpF | tcgaTTGTCTATTATAGGG | agctCCCTATAATAGACAA |
| ORF54-15bpF | tcgaACAGCTATAAAATAG | agctCTATTTTATAGCTGT |
| ORF64-15bpF | tcgaGCAAATATTTACACA | agctTGTGTAAATATTTGC |
| ORF65-15bpF | tcgaTGCAGTATTAAGCTG | agctCAGCTTAATACTGCA |
| K8.1p15bpF | tcgaAGCAATATTAAAGGG | agctCCCTTTAATATTGCT |
| BcLF1-15bpF | tcgaAGAATTATTAAACCG | agctCGGTTTAATAATTCT |
| BdRF1-15bpF | tcgaAGTCGTATTTAAAGG | agctCCTTTAAATACGACT |
a
The viral sequences are in uppercase, and the overhangs are in lowercase.