Table I. Cross Validation of Protein Panel across NSCLC Tissue and Treatments.
Dose-dependent change in protein levels were measured by western blot (data shown in Figures S2 and S3) and are marked with (+) for increase, (-) for decrease, (N.C) for no change, and (~) for not detected. The cell lines have various sensitivities for gefitinib: A431, IC50 = 40 - 80 nM; HCC827, 100 nM; H1650, 1 μM; H23, 8 μM; and H1975, 12 μM. Protein level changes of the panel of proteins after treatment with selective inhibitors of MAPK (PD 98059), AKT (LY294002), erlotinib (on-axis control), and paclitaxel (off-axis control) are shown.
Tissue | A431 | HCC827 | H1650 | H23 | H1975 | A431 | A431 | A431 | A431 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
gefitinib IC50 [nM] | 0.5 | 0.1 | 1.0 | 8.0 | 12.0 | ||||
Treatment | gefitinib | gefitinib | gefitinib | gefitinib | gefitinib | AKT (A6730) | MAPK (PD98059) | erlotinib | paclitaxel |
BAG4 | + | N.C. | N.C. | + | N.C. | + | N.C. | + | N.C. |
CAD17 | + | + | + | + | N.C. | N.C. | + | + | N.C. |
CBFB | + | + | + | N.C. | N.C. | + | N.C. | + | N.C. |
Claudin 1 | + | N.C. | + | N.C. | N.C. | + | + | + | N.C. |
ELAVL-1 | + | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | + | N.C. |
EpCAM | + | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | + | N.C. |
HSPG2 | + | N.C. | + | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | + | N.C. |
PDCD4 | + | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | + | + | N.C. |
PRDX6 | + | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | + | + | N.C. |
QARS | + | + | + | N.C. | ~ | + | N.C. | + | N.C. |
S100A9 | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | + | + | N.C. |
SNX5 | - | - | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | - | N.C. |
SERPINE1 | + | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | + | + | N.C. |
TNFAIP2 | + | N.C. | + | + | N.C. | + | N.C. | + | N.C. |
TESTICAN2 | + | + | N.C. | ~ | N.C. | N.C. | + | + | N.C. |
TROP-2 | + | + | + | N.C. | N.C. | N.C. | N.C. | + | N.C. |