Table 4. The summary of the results of MK-tests.
| Modified MK (Egea et al., 2008) | Modified MK (Bhatt et al., 2010) | ||||||||
| Neutral site threshold frequency | |||||||||
| Clusters compared (N of strains in cluster) | MK (McDonald & Kreitman 1991) | low-frequency (<5%) variants excluded | 0-<1 | <0.50 | 0.05–0.75 | ||||
| EV-C96 | (12) | CVA-21 | (16) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C96 | (12) | CVA-24 | (42) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C96 | (12) | EV-C99 | (24) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C96 | (12) | EV-C95 | (2) | *** | *** | *** | * | * | * |
| CVA-21 | (16) | CVA-24 | (42) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| CVA-21 | (16) | EV-C99 | (24) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C95 | (2) | CVA-21 | (16) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C95 | (2) | EV-C99 | (24) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C95 | (2) | CVA-24 | (42) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C99 | (24) | CVA-24 | (42) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C96-A | (2) | EV-C96-B | (10) | - | - | - | - | - | - |
| EV-C96-A | (2) | EV-C96-B1 | (3) | - | - | - | - | - | - |
| EV-C96-A | (2) | EV-C96-B2 | (7) | - | - | - | - | - | - |
| EV-C96-B1 | (3) | EV-C96-B2 | (7) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-21-A | (2) | CVA-21-B | (4) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-21-A | (2) | CVA-21-C | (10) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-21-B | (4) | CVA-21-C | (10) | * | - | - | - | - | - |
| EV-C99-A | (5) | EV-C99-B/C | (19) | *** | *** | *** | *** | ** | *** |
| EV-C99-A | (5) | EV-C99-B | (8) | *** | *** | *** | *** | *** | *** |
| EV-C99-A | (5) | EV-C99-C | (10) | *** | ** | * | - | - | - |
| EV-C99-B | (8) | EV-C99-C | (10) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24 | (22) | CVA-24v | (20) | - | ** | *** | - | - | - |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24-B | (4) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24-C | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24-D | (9) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24-E | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24-F | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24v | (20) | - | - | - | - | - | * |
| CVA-24-B | (4) | CVA-24-C | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-B | (4) | CVA-24-D | (9) | - | - | - | * | - | * |
| CVA-24-B | (4) | CVA-24-E | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-B | (4) | CVA-24-F | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-B | (4) | CVA-24v | (20) | - | - | - | - | - | * |
| CVA-24-C | (2) | CVA-24-D | (9) | - | - | - | - | - | * |
| CVA-24-C | (2) | CVA-24-E | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-C | (2) | CVA-24-F | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-C | (2) | CVA-24v | (20) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-D | (9) | CVA-24-E | (2) | - | * | * | - | - | - |
| CVA-24-D | (9) | CVA-24-F | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-D | (9) | CVA-24v | (20) | * | * | ** | - | - | - |
| CVA-24-E | (2) | CVA-24-F | (2) | - | - | - | - | - | - |
| CVA-24-E | (2) | CVA-24v | (20) | - | - | - | - | - | * |
| CVA-24-F | (2) | CVA-24v | (20) | ** | - | * | ** | - | ** |
| CVA-24-A | (2) | CVA-24-B-F/v | (40) | - | - | ** | - | - | - |
| CVA-24-B/C | (6) | CVA-24-D-F/v | (35) | - | - | - | - | - | * |
| CVA-24-D-F | (15) | CVA-24v | (20) | - | - | * | - | - | - |
Statistical significance for higher than expected proportion of fixed non-synonymous substitutions (i.e. nF/nP >> sF/sP) between different clusters is shown. P-values were calculated using chi-squared test. (* 0.05>P>0.01; ** 0.01>P>0.001; *** P<0.001; - not significant).