Table 4.
Free energy of binding for protease-PI complexes obtained in silico
| Inhibitor | 1GNO-Ligand kcal/mol | Mutant protease with major drug resistance mutation kcal/mol | Multiple mutant kcal/mol | Mutant protease with emergent mutations L5F/D29V/L63G/L63H/L63R/L63S/P79L/T91V kcal/mol |
|---|---|---|---|---|
| Amprenavir |
-8,5(-8,4) |
-8,4(-7,9)/I50V -8,2(-8,12)/I84V |
-8,0(-7,66) |
-8,8(-8,38)/-8,7(-8,28) /-8,8(-8,44)/ -8,8(-8,3)/ -8,8(-8,48)/ -8,7(-8,28)/ -8,8(-8,32)/-8,8(-8,48) |
| Atazanavir |
-8,3(-8,1) |
-7,3(-6,94)/I50L-8,5(-8,14)/I84V -8,2(-7,98)/N88S |
-7,1(-6,86) |
-7,9(-7,82)/ -8,2(-8,14)/ -8(-7,62)/-8,1(-7,96)/ -8,2(-8,04)/-8,2(-8,06)/-9(-8,8)/-8,2(-8) |
| Darunavir |
-9,3(-8,96) |
-9(-8,54)/I47V -9,3(-8,86)/I50V-9,4(-8,84)/I54M -9,1(-8,86)/ I84V |
-8,1(-7,9) |
-9,4(-9)/ -8,8(-8,56)/-9,4(-8,9)/-9,4(-8,92)/ -9,4(-8,92)/-9,4(-8,88) /-9,4(-8,86)/-9,4(-8,88) |
| Indinavir |
-10,4(-10,02) |
-10,8(-10,5)/M46I -10,8(10,4)/V82A-10,5(-10,28)/I84V |
-10,7 (-10,26) |
-10,4(-10,18)/-10,1(-9,92)/-10,8(-10,48)/-10,4(-10)/ -10,4(-10,18)/-10,4(-9,8)/-10,4(-10,02)/-10,7(-10,46) |
| Lopinavir |
-10,3(-9,84) |
-9,9(-9,56)/V32I -9,4(-8,92)/I47V -9,5(-8,62)/L76V -9,7(-9,24)/V82A |
-9,7(-9,14) |
-9,9(-9,56) /-9,7(-9,18) /-9,6(-9,24)/-9,3(-8,86)/ -9(-8,32)/-9,6(-9)/-9,5(-9,2)/-9,6(-9,42) |
| Nelfinavir |
-10,3(-9,46) |
-10(-9,44)/D30N -10,1(-9,8)/L90M |
-9,9(-9,46) |
-10,1(-9,62) /-10,4(-9,8)/-10,1(-9,74)/-10(-9,84)/ -10,1(-9,72)/-10,1(-9,74) /-10(-9,78)/-10,1(-9,7) |
| Saquinavir |
-10,9(-10,46) |
-10,9(-10,6)/G48V -10,4(-10,2)/L90M |
-10,9 (-10,54) |
-9,9(-9,64)/-10,3(-9,62) /-10,4(-10,06)/-10,6(-10,44)/ -10,6(-10,42)/-10,6(-10,42)/ -10,6(-10,5)/-10,5(-10,2) |
| Tipranavir |
-10,6(-10,1) |
-10,4(-9,8)/I47V -10,3(-10,04)/Q58E -10,2(-10,0)/T74P -10,4(-9,9)/V82L -10,2(-9,6)/N83D -10,6(-10,12)/I84V |
-9,9(-9,64) |
-10,2(-9,62) /-10,1(-9,92) /-10,3(-9,98)/-10,2(-9,88)/ -10,2(-9,72)/-10,3(-9,72)/-10,3(-9,72)/-10,2(-9,78) |
| Ritonavir | -8,0(-7,85) | -7,82(-7,44)/I47V -7,8(-7,56)/I50V -7,4(-6,94)/V82L -7,87(-7,58)/I84V -7.9(-7,72)/L90M | -7,26(-6,69) | -8,3(-7,93)/-7,85(-7,54)/ -7,75(-7,52)/-7,9(-7,76)/ -8,3(-8,14)/-8,2(-8,09)/-8,4(-8,8)/-7,79(-7,52) |
The average value of the five conformations with less free energy of binding of the protease-PI complex is presented in parentheses. Values that do not correspond to decreasing order of free energy of binding are presented in boldface type.