Table 1.

Proportion of significant SNPs for genes in the mammary development pathway and number of SNPs significantly (P < 0.05) associated with each trait

Gene	Chr	Start	Stop	Nb SNPs	Fat	Fat %	Milk	Protein	Prot %
ADAM17	11	87798074	88040943	84	0.51	0.10	0.06	0.48	0.14
AREGB	6	91026256	91238391	53	0.42	0.60	0.55	0.62	0.64
BMP4	10	66651296	66855026	51	0.10	0.45	0.22	0.20	0.24
BMPR1A	28	41717915	41975988	55	0.00	0.02	0.20	0.31	0.04
CSN2	6	87079502	87288025	58	0.40	0.59	0.83	0.78	0.90
CCND1	29	47444380	47653820	43	0.35	0.35	0.16	0.12	0.44
DKK1	26	6752970	6955647	48	0.50	0.13	0.58	0.58	0.25
EDAR	11	44351547	44567795	31	0.26	0.13	0.23	0.39	0.23
EGF	6	16465618	16768065	103	0.08	0.09	0.12	0.12	0.00
EGFR	22	792005	1169280	81	0.23	0.05	0.11	0.16	0.05
ESR1	9	89869586	90355801	103	0.21	0.19	0.33	0.38	0.13
FGF1	7	55408007	55701836	65	0.60	0.15	0.11	0.58	0.80
FGF10	20	30510292	30719199	30	0.03	0.50	0.50	0.00	0.63
FGFR1	27	33150508	33400219	43	0.14	0.21	0.19	0.47	0.19
GH1	19	48668618	48872014	73	0.08	0.16	0.32	0.26	0.34
GHR	20	31790736	32299996	97	0.62	0.93	0.84	0.54	0.96
GLI2	2	72877209	73268370	82	0.16	0.10	0.11	0.27	0.05
GLI3	4	79344243	79858476	71	0.23	0.20	0.38	0.32	0.25
IGF1	5	66432877	66704734	49	0.37	0.24	0.31	0.24	0.18
IGF1R	21	8108822	8368093	61	0.07	0.05	0.11	0.10	0.07
IRS1	2	115690540	115894253	22	0.18	0.32	0.14	0.41	0.09
IRS2	12	88564525	88769181	64	0.28	0.02	0.55	0.28	0.64
LEF1	6	18235031	18550774	59	0.25	0.08	0.20	0.31	0.00
MFGE8	21	20789913	21004968	52	0.21	0.42	0.37	0.33	0.29
MMP14	10	21706054	21914533	43	0.19	0.02	0.12	0.19	0.00
MMP2	18	23728638	23955657	94	0.12	0.11	0.12	0.10	0.55
MMP3	15	5928011	6134595	52	0.06	0.23	0.15	0.13	0.02
MMP9	13	75366513	75573824	45	0.33	0.04	0.56	0.53	0.04
MSX1	6	105961463	106165759	56	0.43	0.61	0.46	0.38	0.50
MSX2	20	6260600	6465489	39	0.05	0.49	0.41	0.18	0.54
NRG1	27	27523938	27933470	79	0.18	0.24	0.29	0.30	0.15
NRG3	28	38201492	38451092	66	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00
NTN1	19	28984419	29369338	87	0.36	0.23	0.37	0.34	0.31
PGR	15	8004485	8322755	64	0.48	0.13	0.38	0.48	0.06
PCBD1/TCF1	28	27126795	27331724	67	0.34	0.30	0.13	0.16	0.19
PRL	23	35005135	35213759	53	0.19	0.04	0.11	0.19	0.36
PRLR	20	38973246	39237480	56	0.48	0.61	0.50	0.25	0.82
PTHLH	5	82146522	82358858	30	0.30	0.50	0.47	0.33	0.33
PTH1R	22	53061302	53324114	48	0.40	0.15	0.13	0.35	0.23
PTH	15	39628332	39830868	31	0.23	0.06	0.58	0.19	0.26
TNFRSF11A	24	61139109	61375194	65	0.15	0.08	0.03	0.02	0.18
TNFSF11	12	12641069	12882474	73	0.33	0.56	0.05	0.08	0.51
RELN	4	44792394	45389293	131	0.60	0.07	0.69	0.34	0.47
SIRPA	13	53567570	53810792	80	0.70	0.09	0.46	0.73	0.48
SLIT2	6	41136589	41740789	145	0.09	0.18	0.17	0.19	0.46
SOCS1	25	9875299	10075970	56	0.30	0.00	0.16	0.32	0.00
SOCS2	5	23423981	23628860	46	0.28	0.67	0.59	0.52	0.67
SOCS3	19	54358856	54559555	62	0.44	0.21	0.18	0.40	0.50
STAT5A	19	42933597	43154075	59	0.36	0.85	0.61	0.75	0.80
STAT5B	19	42860226	43096671	60	0.10	0.83	0.78	0.55	0.80
TBX2	19	11843185	12051411	81	0.11	0.15	0.14	0.17	0.41
TBX3	17	62252245	62463636	45	0.27	0.20	0.33	0.18	0.29
TCF3	7	45499593	45730734	34	0.44	0.00	0.41	0.50	0.21
TCF4	24	54956409	55261459	73	0.03	0.14	0.19	0.23	0.05
TGFA	11	13772149	14086616	65	0.42	0.26	0.40	0.55	0.11
TGFB1	18	50671354	50885924	55	0.42	0.58	0.49	0.71	0.65
TGFBR1	8	64470093	64741796	64	0.23	0.33	0.33	0.27	0.41
TGFBR2	22	5041232	5333083	92	0.14	0.13	0.15	0.12	0.07
WAP	4	77111371	77312672	35	0.26	0.20	0.17	0.23	0.31
WNT10B	5	30913104	31114446	44	0.14	0.91	0.91	0.09	0.86
WNT11	15	56284700	56504335	51	0.37	0.35	0.22	0.31	0.12
WNT3	19	45921803	46171153	55	0.11	0.36	0.13	0.11	0.78
WNT5A	22	45996228	46212683	45	0.02	0.02	0.09	0.18	0.33
WNT6	2	107444683	107656681	64	0.34	0.52	0.56	0.44	0.34
N = 64				3968	1079	1034	1247	1249	1350

Bold values indicate where >50% of SNPs in a gene region were significant.