Table 10.

Empirical power when the multiple traits were correlated with a CS(r) structure; the first five traits were associated with a causal SNP with log-ORs β_j ~ –(–1)^jU(0.2, 0.3), while all others had β_j = 0. An independence working correlation structure was used in GEE.

						GEE
								SPU(γ)
r	SNP	#trait	Average	MultiPhen	TATES	Score	UminP	γ = 1	2	3	4	5	6	7	8	∞	aSPU
SNP 1
0.3	1	5	0.084	0.926	0.671	0.928	0.626	0.085	0.817	0.442	0.754	0.558	0.712	0.595	0.685	0.631	0.739
		10	0.075	0.854	0.541	0.851	0.512	0.073	0.684	0.356	0.644	0.463	0.598	0.482	0.569	0.529	0.586
		20	0.058	0.713	0.397	0.718	0.392	0.058	0.503	0.237	0.511	0.327	0.477	0.366	0.452	0.416	0.420
	2	5	0.060	0.272	0.173	0.289	0.168	0.063	0.188	0.137	0.179	0.156	0.177	0.163	0.175	0.169	0.140
		10	0.062	0.230	0.120	0.227	0.126	0.062	0.143	0.111	0.145	0.128	0.146	0.133	0.141	0.137	0.115
		20 0.062	0.167	0.100	0.170	0.145	0.084	0.059	0.087	0.078	0.088	0.086	0.083	0.084	0.084	0.087	0.085
–0.3	1	5	0.152	0.567	0.587	0.571	0.553	0.147	0.730	0.402	0.668	0.479	0.626	0.512	0.599	0.557	0.646
		10	0.115	0.466	0.461	0.490	0.488	0.118	0.640	0.356	0.606	0.435	0.566	0.464	0.552	0.502	0.565
		20	0.078	0.308	0.352	0.329	0.365	0.081	0.511	0.237	0.497	0.316	0.458	0.340	0.435	0.375	0.426
	2	5	0.075	0.117	0.137	0.144	0.165	0.073	0.212	0.135	0.186	0.150	0.168	0.148	0.165	0.159	0.163
		10	0.072	0.121	0.136	0.108	0.121	0.071	0.164	0.119	0.160	0.126	0.143	0.130	0.134	0.129	0.145
		20	0.057	0.091	0.118	0.080	0.076	0.055	0.113	0.069	0.096	0.072	0.092	0.071	0.085	0.074	0.087