Table 12.

GEE methods with various true and working correlation matrices for non-zero β_j ~ U(0.2, 0.3).

Correlation							SPU(γ)
True	Rw	r	SNP	#traits	Score	UminP	γ = 1	2	3	4	5	6	∞	aSPU
CS	CS	0.3	1	5	0.468	0.155	0.662	0.163	0.278	0.164	0.202	0.159	0.152	0.565
				10	0.594	0.374	0.294	0.595	0.385	0.513	0.375	0.447	0.375	0.536
				20	0.535	0.352	0.116	0.603	0.394	0.544	0.387	0.476	0.365	0.521
				30	0.456	0.362	0.084	0.530	0.416	0.512	0.412	0.466	0.374	0.487
			2	5	0.108	0.065	0.227	0.059	0.101	0.067	0.070	0.068	0.062	0.162
				10	0.133	0.108	0.102	0.144	0.102	0.138	0.102	0.127	0.113	0.135
				20	0.131	0.103	0.067	0.155	0.105	0.133	0.097	0.114	0.099	0.112
				30	0.129	0.123	0.060	0.138	0.109	0.144	0.119	0.133	0.122	0.120
AR1	CS	0.5	1	5	0.458	0.158	0.661	0.121	0.293	0.143	0.188	0.146	0.173	0.559
				10	0.371	0.296	0.345	0.422	0.363	0.369	0.316	0.345	0.307	0.442
				20	0.261	0.264	0.196	0.337	0.337	0.337	0.317	0.321	0.293	0.368
			2	5	0.113	0.062	0.221	0.056	0.096	0.056	0.076	0.060	0.070	0.163
				10	0.107	0.102	0.116	0.109	0.094	0.107	0.092	0.103	0.096	0.123
				20	0.080	0.094	0.065	0.124	0.113	0.115	0.099	0.106	0.100	0.121
AR1	CS	0.3	1	5	0.546	0.248	0.778	0.297	0.458	0.276	0.338	0.261	0.251	0.699
				10	0.442	0.323	0.486	0.468	0.482	0.424	0.402	0.387	0.325	0.549
				20	0.307	0.291	0.273	0.423	0.424	0.399	0.374	0.361	0.312	0.445
			2	5	0.127	0.081	0.242	0.073	0.123	0.080	0.097	0.081	0.084	0.163
				10	0.119	0.118	0.147	0.133	0.129	0.130	0.122	0.119	0.108	0.146
				20	0.085	0.084	0.080	0.126	0.111	0.116	0.095	0.103	0.088	0.125