Table 3.

Empirical Type I error rates when the multiple traits were correlated with a CS structure with correlation coefficient r. An independence working correlation structure was used in GEE.

									GEE
						MDMR						SPU(γ)
r	SNP	#traits	Average	MultiPhen	TATES	L ₁	L ₂	MANOVA	Wald	Score	UminP	γ = 1	2	3	4	5	6	∞	aSPU
0.3	1	5	0.043	0.051	0.048	0.040	0.048	0.051	0.056	0.051	0.046	0.038	0.049	0.050	0.045	0.048	0.049	0.049	0.050
		10	0.053	0.060	0.055	0.059	0.058	0.060	0.076	0.060	0.053	0.049	0.057	0.051	0.049	0.047	0.052	0.046	0.051
		20	0.058	0.062	0.046	0.052	0.046	0.064	0.094	0.062	0.046	0.054	0.048	0.046	0.049	0.051	0.049	0.046	0.047
		30	0.049	0.034	0.047	0.059	0.052	0.036	0.102	0.034	0.042	0.051	0.049	0.051	0.052	0.049	0.045	0.045	0.049
		40	0.053	0.055	0.059	0.055	0.058	0.061	0.165	0.054	0.059	0.053	0.059	0.061	0.061	0.062	0.064	0.057	0.054

0.3	2	5	0.051	0.058	0.059	0.054	0.051	0.059	0.066	0.058	0.056	0.050	0.049	0.051	0.048	0.053	0.050	0.053	0.050
		10	0.050	0.046	0.043	0.044	0.048	0.047	0.061	0.046	0.047	0.050	0.042	0.047	0.046	0.048	0.046	0.050	0.045
		20	0.048	0.049	0.048	0.048	0.048	0.049	0.078	0.049	0.048	0.049	0.054	0.053	0.051	0.053	0.055	0.046	0.053
		30	0.041	0.048	0.045	0.041	0.039	0.050	0.102	0.048	0.045	0.045	0.041	0.042	0.039	0.041	0.042	0.050	0.043
		40	0.058	0.051	0.044	0.056	0.059	0.053	0.153	0.049	0.051	0.055	0.055	0.055	0.051	0.050	0.046	0.049	0.052

0.5	1	5	0.043	0.052	0.050	0.044	0.045	0.051	0.056	0.051	0.045	0.038	0.041	0.046	0.049	0.046	0.047	0.047	0.048
		10	0.053	0.060	0.045	0.049	0.049	0.060	0.076	0.060	0.048	0.047	0.049	0.054	0.053	0.050	0.048	0.051	0.048
		20	0.058	0.062	0.048	0.057	0.051	0.064	0.094	0.062	0.055	0.055	0.053	0.049	0.048	0.050	0.047	0.052	0.048
		30	0.049	0.034	0.045	0.055	0.055	0.036	0.102	0.034	0.055	0.054	0.048	0.050	0.054	0.054	0.053	0.062	0.055
		40	0.053	0.055	0.048	0.055	0.060	0.061	0.165	0.054	0.051	0.055	0.058	0.060	0.059	0.058	0.056	0.054	0.055

0.5	2	5	0.051	0.059	0.054	0.055	0.050	0.059	0.066	0.058	0.049	0.050	0.052	0.050	0.050	0.049	0.045	0.049	0.051
		10	0.050	0.046	0.045	0.047	0.053	0.047	0.061	0.046	0.047	0.050	0.048	0.045	0.049	0.046	0.046	0.047	0.046
		20	0.048	0.049	0.046	0.045	0.048	0.049	0.078	0.049	0.048	0.049	0.051	0.050	0.055	0.056	0.054	0.049	0.048
		30	0.041	0.048	0.043	0.042	0.037	0.050	0.102	0.048	0.046	0.043	0.040	0.040	0.039	0.041	0.042	0.051	0.046
		40	0.058	0.051	0.040	0.059	0.057	0.053	0.153	0.049	0.046	0.056	0.058	0.057	0.054	0.054	0.054	0.048	0.051