Skip to main content
. Author manuscript; available in PMC: 2015 Aug 1.
Published in final edited form as: Neuroimage. 2014 Apr 1;96:309–325. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.061

Table 4.

Empirical power when the multiple traits were correlated with a CS structure with correlation coefficient r; the first five traits were associated with a causal SNP with log-ORs βj ~ U(0.8, 1), while all others had βj = 0. An independence working correlation structure was used in GEE.

GEE
MDMR
 SPU(γ)
r SNP #trait Average MultiPhen TATES L 1 L 2 MANOVA Score UminP γ = 1 2 3 4 5 6 ∞ aSPU
0.3 2 5 0.888 0.683 0.823 0.878 0.883 0.683 0.682 0.815 0.889 0.880 0.868 0.862 0.851 0.843 0.812 0.865
10 0.567 0.685 0.727 0.786 0.826 0.686 0.684 0.708 0.567 0.830 0.777 0.819 0.796 0.807 0.772 0.795
20 0.218 0.613 0.665 0.616 0.729 0.615 0.611 0.657 0.223 0.724 0.667 0.787 0.756 0.792 0.762 0.757
30 0.116 0.528 0.607 0.435 0.574 0.531 0.528 0.591 0.117 0.577 0.541 0.725 0.695 0.742 0.738 0.703
40 0.084 0.424 0.536 0.262 0.442 0.435 0.424 0.534 0.084 0.432 0.445 0.644 0.609 0.680 0.678 0.639
0.3 3 5 0.334 0.178 0.292 0.328 0.330 0.178 0.177 0.281 0.331 0.327 0.321 0.315 0.312 0.305 0.289 0.320
10 0.184 0.167 0.203 0.240 0.269 0.167 0.167 0.197 0.182 0.273 0.260 0.282 0.267 0.273 0.244 0.249
20 0.092 0.138 0.179 0.149 0.189 0.141 0.137 0.173 0.090 0.188 0.191 0.242 0.246 0.257 0.242 0.229
30 0.074 0.121 0.143 0.107 0.120 0.127 0.119 0.146 0.079 0.128 0.141 0.185 0.184 0.203 0.204 0.181
40 0.058 0.105 0.132 0.088 0.113 0.109 0.104 0.134 0.062 0.112 0.118 0.161 0.168 0.179 0.188 0.168
0.5 2 5 0.829 0.602 0.784 0.821 0.822 0.604 0.601 0.763 0.832 0.821 0.811 0.806 0.800 0.793 0.769 0.806
10 0.424 0.725 0.694 0.629 0.729 0.728 0.725 0.685 0.430 0.734 0.714 0.766 0.750 0.765 0.737 0.723
20 0.163 0.665 0.624 0.344 0.524 0.666 0.662 0.634 0.161 0.534 0.567 0.697 0.695 0.725 0.722 0.694
30 0.093 0.570 0.549 0.186 0.318 0.577 0.570 0.570 0.093 0.319 0.440 0.593 0.609 0.666 0.707 0.653
40 0.067 0.484 0.487 0.119 0.203 0.496 0.483 0.508 0.072 0.202 0.333 0.518 0.544 0.612 0.654 0.613
0.5 3 5 0.291 0.149 0.270 0.288 0.290 0.150 0.148 0.259 0.290 0.294 0.293 0.285 0.284 0.279 0.263 0.287
10 0.129 0.181 0.209 0.171 0.207 0.182 0.180 0.201 0.126 0.203 0.223 0.245 0.249 0.255 0.245 0.223
20 0.077 0.138 0.160 0.098 0.130 0.139 0.136 0.168 0.075 0.131 0.158 0.196 0.212 0.220 0.228 0.205
30 0.067 0.117 0.129 0.077 0.092 0.121 0.117 0.139 0.065 0.091 0.118 0.144 0.156 0.166 0.195 0.181
40 0.055 0.110 0.113 0.071 0.078 0.116 0.109 0.129 0.054 0.079 0.105 0.134 0.148 0.163 0.190 0.166