Skip to main content
. Author manuscript; available in PMC: 2015 Aug 1.
Published in final edited form as: Neuroimage. 2014 Apr 1;96:309–325. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.061

Table 5.

Empirical power when the multiple traits were correlated with a CS structure with correlation coefficient r = 0.3, and non-zero βj ~ U(0.2, 0.3). An independence working correlation structure was used in GEE.

GEE
MDMR
SPU(γ)
SNP #traits Average MultiPhen TATES L 1 L 2 MANOVA Score UminP γ = 1 2 3 4 5 6 aSPU
l 5 0.664 0.468 0.551 0.653 0.652 0.469 0.468 0.531 0.660 0.658 0.636 0.609 0.597 0.569 0.533 0.632
10 0.263 0.574 0.452 0.441 0.506 0.576 0.573 0.437 0.267 0.501 0.460 0.493 0.472 0.481 0.444 0.456
20 0.114 0.535 0.335 0.202 0.245 0.536 0.535 0.330 0.114 0.249 0.261 0.330 0.321 0.348 0.345 0.305
30 0.084 0.458 0.283 0.126 0.158 0.462 0.456 0.282 0.085 0.162 0.188 0.254 0.262 0.288 0.293 0.257
40 0.058 0.412 0.252 0.089 0.103 0.421 0.409 0.250 0.058 0.100 0.128 0.180 0.192 0.236 0.263 0.211

2 5 0.226 0.110 0.165 0.209 0.213 0.110 0.108 0.160 0.221 0.214 0.206 0.188 0.188 0.181 0.166 0.211
10 0.087 0.142 0.120 0.098 0.117 0.143 0.142 0.115 0.088 0.117 0.116 0.129 0.129 0.128 0.122 0.118
20 0.064 0.132 0.085 0.074 0.083 0.135 0.131 0.091 0.064 0.086 0.089 0.099 0.097 0.098 0.095 0.089
30 0.058 0.130 0.098 0.063 0.069 0.131 0.129 0.097 0.060 0.071 0.076 0.086 0.092 0.098 0.102 0.087
40 0.050 0.091 0.067 0.057 0.056 0.098 0.091 0.066 0.049 0.055 0.057 0.064 0.066 0.070 0.071 0.063