Table 9.

Empirical power when the multiple traits were correlated with a CS(0.3) structure; the first five traits were associated with a causal SNP with log-ORs β_j ~ U(0.8, 1), while all others had β_j = 0. An independence working correlation structure was used in GEE.

							GEE
									SPU(γ)
n	SNP	#Strait	Average	MultiPhen	TATES	MANOVA	Score	UminP	γ = 1	2	3	4	5	6	∞	aSPU
500	2	5	0.610	0.369	0.534	0.370	0.366	0.509	0.604	0.598	0.580	0.563	0.557	0.542	0.505	0.577
		10	0.316	0.389	0.427	0.393	0.386	0.419	0.318	0.528	0.507	0.530	0.514	0.510	0.479	0.495
		20	0.126	0.273	0.338	0.281	0.269	0.328	0.127	0.386	0.373	0.451	0.446	0.463	0.439	0.405
		30	0.089	0.209	0.291	0.229	0.208	0.280	0.090	0.261	0.279	0.390	0.380	0.417	0.412	0.370
		40	0.071	0.188	0.256	0.203	0.186	0.250	0.067	0.191	0.207	0.318	0.299	0.356	0.361	0.333
200	2	5	0.306	0.144	0.254	0.146	0.144	0.237	0.312	0.298	0.291	0.285	0.280	0.273	0.249	0.287
		10	0.160	0.151	0.197	0.163	0.149	0.182	0.155	0.235	0.230	0.247	0.237	0.243	0.225	0.229
		20	0.087	0.104	0.145	0.117	0.102	0.135	0.087	0.159	0.163	0.198	0.201	0.209	0.199	0.180
		30	0.066	0.070	0.122	0.089	0.068	0.116	0.066	0.104	0.121	0.155	0.158	0.168	0.163	0.146
		40	0.054	0.063	0.087	0.091	0.060	0.077	0.053	0.081	0.089	0.123	0.121	0.140	0.139	0.122