. 2014 Apr 15;7(5):2305–2311.

Table 1.

Primers used for methylation-specific PCR

Gene		Primer sequences (5’-3’)	Amplicion (bp)	Annealing temperature (°C)	Cycle number
PRDM2	Methylation primer	TCCAAACAAACAAATACCACAAT	206	55.37	35
	Methylation primer	CCCTAAAACTAAAATCCTACGTA	206	55.37	35
	Unmethylation primer	TTAGGGTAGTAAATAAATTTAGTAGTTGTG	212	55.99	35
	Unmethylation primer	CACCCTAAAACTAAAATCCTACATA	212	55.99	35
PRDM5	Methylation primer	TTTTATAGGGAGTAATGGTTTAGCG	107	56.84	35
	Methylation primer	GCTAATTAACCCGAAATTAACGAC	107	56.84	35
	Unmethylation primer	TTTATAGGGAGTAATGGTTTAGTGG	106	53.78	35
	Unmethylation primer	CACTAATTAACCCAAAATTAACAAC	106	53.78	35
PRDM16	Methylation primer	AAATCGTAGTCGTCGTTTTATTTTC	101	54.60	35
	Methylation primer	TAACCCTTTAAAAAAACATTCCGTA	101	54.60	35
	Unmethylation primer	GGAAAATTGTAGTTGTTGTTTTATTTT	103	52.68	35
	Unmethylation primer	TAACCCTTTAAAAAAACATTCCATA	103	52.68	35