Table 3.

Linkage disequilibrium (LD) measures in autosomal chromosomes using pairs of SNPs that are distanced within 100 Kb and 5 Mb

CFAa	100 Kb between SNPs						5 Mb distance between SNPs
	Sap134b			Sap60b			Sap134b			Sap60b
	n	r2	D′	n	r2	D′	n	r2	D′	n	r2	D′
1	570	0.12	0.59	14,035	0.15	0.70	5,405	0.07	0.51	135,695	0.11	0.63
2	288	0.11	0.60	8,575	0.15	0.70	2,616	0.07	0.50	77,137	0.10	0.62
3	462	0.13	0.62	12,776	0.17	0.70	4,494	0.07	0.49	124,260	0.11	0.61
4	373	0.13	0.60	9,890	0.16	0.72	3,350	0.07	0.50	95,411	0.12	0.65
5	388	0.12	0.57	10,192	0.16	0.70	3,653	0.07	0.49	93,254	0.11	0.62
6	305	0.11	0.59	9,212	0.16	0.70	2,905	0.07	0.49	81,648	0.11	0.61
7	379	0.11	0.61	10,065	0.16	0.70	3,690	0.07	0.51	94,366	0.11	0.63
8	272	0.12	0.61	7,203	0.17	0.70	2,672	0.07	0.50	68,456	0.11	0.62
9	251	0.12	0.63	5,782	0.15	0.70	1,968	0.07	0.52	53,236	0.11	0.63
10	308	0.12	0.57	8,013	0.15	0.69	2,944	0.06	0.47	75,968	0.09	0.59
11	315	0.11	0.56	6,719	0.15	0.70	2,731	0.07	0.49	61,190	0.10	0.61
12	328	0.12	0.60	9,331	0.14	0.69	2,632	0.07	0.51	86,870	0.10	0.61
13	366	0.11	0.59	8,147	0.16	0.70	3,034	0.07	0.50	77,424	0.12	0.63
14	232	0.12	0.63	6,908	0.15	0.68	2,554	0.07	0.50	64,981	0.11	0.62
15	287	0.11	0.59	7,968	0.16	0.69	2,495	0.07	0.48	74,810	0.11	0.61
16	264	0.11	0.59	7,740	0.15	0.67	2,641	0.07	0.48	72,492	0.09	0.58
17	354	0.11	0.58	8,222	0.16	0.69	3,396	0.07	0.49	77,955	0.10	0.60
18	178	0.10	0.57	6,490	0.16	0.69	1,670	0.07	0.50	57,179	0.10	0.60
19	267	0.12	0.62	6,579	0.15	0.69	2,398	0.07	0.49	63,658	0.10	0.59
20	246	0.15	0.61	5,973	0.17	0.71	2,080	0.07	0.53	51,562	0.12	0.62
21	301	0.10	0.55	7,318	0.14	0.69	2,397	0.07	0.48	66,089	0.09	0.60
22	252	0.11	0.58	6,401	0.16	0.72	2,040	0.07	0.50	58,410	0.12	0.64
23	388	0.12	0.61	7,257	0.15	0.69	3,422	0.06	0.50	70,489	0.10	0.60
23	304	0.13	0.61	6,300	0.16	0.70	2,719	0.07	0.50	60,028	0.11	0.61
25	288	0.12	0.57	7,458	0.16	0.67	2,883	0.07	0.50	72,548	0.10	0.58
26	196	0.14	0.60	5,257	0.17	0.71	1,615	0.07	0.50	42,076	0.10	0.59
27	178	0.11	0.60	5,628	0.14	0.68	1,787	0.07	0.51	47,172	0.10	0.62
28	257	0.12	0.60	4,536	0.17	0.71	2,042	0.07	0.48	42,146	0.11	0.60
29	208	0.09	0.59	4,651	0.15	0.70	1,821	0.07	0.49	43,795	0.10	0.61
30	188	0.13	0.61	5,346	0.15	0.67	1,937	0.07	0.49	47,916	0.09	0.56
31	166	0.10	0.58	5,381	0.15	0.69	1,673	0.06	0.48	45,250	0.09	0.59
32	165	0.12	0.61	5,232	0.15	0.69	1,636	0.07	0.49	47,742	0.10	0.59
33	161	0.12	0.62	3,683	0.17	0.71	1,522	0.06	0.48	34,370	0.09	0.57
34	218	0.12	0.58	6,054	0.16	0.70	2,050	0.06	0.48	53,411	0.09	0.59
35	164	0.11	0.58	4,246	0.14	0.68	1,467	0.06	0.45	37,795	0.08	0.53
36	116	0.10	0.54	4,306	0.13	0.66	1,009	0.06	0.46	38,095	0.08	0.56
37	129	0.15	0.62	2,913	0.21	0.73	1,135	0.07	0.49	25,834	0.10	0.60
38	138	0.10	0.64	3,484	0.14	0.68	1,259	0.05	0.47	30,795	0.08	0.55
Allc	10,250	0.12	0.59	265,271	0.16	0.69	93,742	0.07	0.49	2,451,513	0.10	0.60

^aCFA = Canine chromosome.

^bTwo sets of SNP panels with the Illumina CanineSNP20K chips (Sap134), CanineHD 170K BeadChip (Sap60), using 134 and 60 individuals, respectively. n = Total number of SNP pairs. D' = Standardized LD; r² = Squared correlation coefficient between a paire of SNPs.

^cAverage values across chromosomes and standard error of the estimates were lower than 0.0001 (data not shown).