Table 2.

Top SNPs associated with plumage coloration

rs	CHR	Position	Min /Maj1	Freq	Beta	SE	p value	Q value*	gG SNP**	Gene	Location
rs15304667	1	70248953	G/A	0.0623	1.221	0.230	2.66E-07	0.014	0.143	STK38L	Intron
rs15408789	1	125252900	G/A	0.115	0.548	0.116	3.58E-06	0.186	0.112	AP1S2	Intergenic
GGaluGA172731	2	149522175	G/A	0.421	1.180	0.244	2.43E-06	0.126	0.575	ENSGALG000 00018081	Intergenic
rs14339964	3	36327458	A/C	0.210	1.186	0.194	4.70E-09	0.000	0.394	AKT3	Intron
GGaluGA239670	3	110847381	G/A	0.206	1.366	0.241	4.50E-08	0.002	0.447	TFAP2B	Intergenic
rs15616451	4	75015502	A/G	0.053	0.597	0.125	3.30E-06	0.171	0.060	ENSGALG000 00020136	Intergenic
rs16445392	4	85858579	A/C	0.025	0.908	0.186	1.85E-06	0.096	0.044	MXD4	Intron
rs15790835	6	19031740	A/C	0.132	1.087	0.227	2.89E-06	0.150	0.249	ENSGALG000 00005969	Intergenic
rs14641648	8	12987908	A/G	0.115	1.165	0.239	2.06E-06	0.107	0.237	PAP2	Intron
rs15047928	19	5092926	A/G	0.329	1.325	0.251	2.87E-07	0.015	0.585	FAM211A	Intron
GGaluGA193591	24	5696828	G/A	0.121	1.162	0.240	2.38E-06	0.123	0.247	DDX6	Intron
GGaluGA344987	E22C19 W28	705798	G/A	0.287	1.110	0.222	1.12E-06	0.058	0.454	KRT7	Intergenic

¹Minor allele/Major allele.

^*Adjusted p value.

^**Estimated variance.