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. Author manuscript; available in PMC: 2014 Sep 2.
Published in final edited form as: Vector Borne Zoonotic Dis. 2004 Winter;4(4):334–342. doi: 10.1089/vbz.2004.4.334

Table 1. Tick Species, Genbank Accession Numbers Of Sequence Data Used To Design Diagnostic Primers, and Alignment Of Priming Region For Each Species.

Species Origin Accession number 16sDvF primer (nt 334–360) Reference
Dermacentor AATGA-TTATTTGA-GAAAAATAC
D. albipictus CA, USA AF001231 .....-.......-..-....... Crosbie et al., 1998
D. albipictus WA, USA AF001232 . G...-. C.....-.. A....... Crosbie et al., 1998
D. albipictus WA, USA AF001233 .....-. A.....-.. A....... Crosbie et al., 1998
D. albipictus VA, USA AY676458 .....-. A..... G. G-....... Unpublisheda
D. andersoni KS, USA L34299 .....-. A......- TA....... Black & Piesman, 1994
D. halli TX, USA AF001247 .....-........ A.-....... Crosbie et al., 1998
D. hunteri CA, USA AF001246 .....-.... C...- A-....... Crosbie et al., 1998
D. imitans Venezuela AF001248 .....-. A......-. A....... Crosbie et al., 1998
D. marginatus unknown Z97879 .....-.... A...-......... Mangold et al., 1997
D. nitens ID, USA AF001249 . T...-. A. C.... A......... Crosbie et al., 1998
D. occidentalis CA, USA AF001252 .....-. A...... A.-....... Crosbie et al., 1998
D. variabilis KS, USA L34300 .....-..........-....... Black & Piesman, 1994
D. variabilis CA, USA AY010235 .....-. A.....-.. A....... de la Fuenta et al., 2001
D. variabilis FL, USA AY010237 .....-..........-....... de la Fuenta et al., 2001
D. variabilis VA, USA AY010241 .....-. C........-....... de la Fuenta et al., 2001
D. variabilis ID, USA AY010238 .....-. A..... G.. A....... de la Fuenta et al., 2001
Haemaphysalis
H. cretica Iseral L34308 .....-.. T. A...-. A....... Black & Piesman, 1994
H. inermis Slovak Rep U95872 .....-.... A... TT--...... Norris, et al., 1999
H. leporispalustris Georgia L34309 .....-........-. T....... Black & Piesman, 1994
H. punctata unknown Z97880 .....- A.. AA...-. T....... Mangold et al., 1997
Rhipicephalus
R. appendiculatus UK L34301 .....-... AA...--........ Black & Piesman, 1994
R. bursa unknown AJ002956 .....-.... A...-.-....... Marquez et al., 1997
R. pusillus unknown AJ002957 .....-... CA.. T--- T...... Marquez et al., 1997
R. sanguineus Iseral L34302 .....-.... A.. T--- T...... Black & Piesman, 1994
R. sanguineus unknown Z97884 .....-.... A.. T--- T...... Mangold et al., 1997
R. turanicus Isreal L34303 .....-.... A.. T--- T...... Black & Piesman, 1994
Amblyomma .. C. G- AC. C... G.-........
A. americanum KS, USA L34313 .. C. G- AC. C... G.-........ Black & Piesman, 1994
A. americanum TX, USA L34314 . GC. G-. A. A... G- T........ Black & Piesman, 1994
A. cajennesse OK, USA L34317 .... G-. A. AA...-......... Black & Piesman, 1994
A. glauerti Australia U95853 . T.. G-........ A......... Norris et al., 1999
A. maculatum OK, USA AY676459 . T.. G-.................. Unpublisheda
A. macuatum OK, USA L34318 . T.. G-... GA...- T........ Black & Piesman, 1994
A. ovale Paraguay AF541255 . T.. G-... AA... AT........ Guglielmone et al., 2003
A. tuberculatum GA, USA U95856 Norris, et al., 1999
Ixodes . GA..-... AA...-.........
Ixodes scapularis NC, USA L43863 .....-.......-..-....... Black & Piesman, 1994
16sAmR Primer (nt 339–360)
Amblyomma CGG-ACACTTGG-AAAAAATAC
A. americanum Brazil AF541254 G..- TA. AA.. A-TC....... Guglielmone et al., 2003
A. americanum KS, USA L34313 ...-........-......... Black & Piesman, 1994
A. americanum TX, USA L34314 ...-........-......... Black & Piesman, 1994
A. cajennesse OK, USA L34317 ...- TA. A....- T........ Black & Piesman, 1994
A. glauerti Australia U95853 T..- TA. AA.. A--........ Norris, et al., 1999
A. maculatum OK, USA AY676459 T..- TT. T... A--G....... Unpublisheda
A. macuatum OK, USA L34318 T..- TT.T... A--........ Black & Piesman, 1994
A. ovale Paraguay AF541255 T..- TT. GA.. A.AT....... Guglielmone et al., 2003
A. tuberculatum GA, USA U95856 T..- TT. AA.. AA.T....... Norris, et al., 1999

Species in bold were tested in this analysis. nt, nucleotide position based on the full-length 16S rRNA fragment.

a

Newly sequenced tick isolate used to optimize the PCR primers for the multiplex PCR analysis.