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. 2004 Jun;24(11):4781–4790. doi: 10.1128/MCB.24.11.4781-4790.2004

TABLE 1.

Primers for PCR amplification of bisulfite-modified DNA segments from the human MAGE-A1 gene locusa

DNA segment Amplified strand First PCR
Nested PCR
Primer 5′ position Primer 5′ position
SA Lower CRTCCTATAAATTACTCAATCATA −20559 CCCAAACTAAAATACAATAAC −20476
TYGGTGAAAGGTTAGATGTTAATT −20182 GTGGTGGTTTATGTTTGTAAT −20225
SB/SC Upper GTAGAAGGTTTTTATAGAGGTAAT −2777 GTTTGAAATTAATATATGAGGTTb −2719
CATATTTTAAAAAACTACCTCAAACTA −1919 CCCTCTATCTACCAAACTAAb −2431
GGAGTATAGTATATTTATTGATGAc −2343
CCATTTTATCAACTACAATCTAAc −1984
SD Lower ACAACTACCTACATATATCCTTAA −1676 ACCCACRCTAAAATTCAATAA −1583
TAGTTAGAGTTATATTTGGTAAAT −1292 GTAATATGTTTTATTTTTAGGTA −1330
SE Upper GAGATGGTAGAAATAGTATTTTT −1155 GGAAGATTTTGGTAATGTTAT −1010
CTCAATCCTCCCTCAACATA −507 TTACCTCCTTACAAAACCTAA −532
SG Upper GGTTAGGATAGATGTTTTAGTTGGAT +846 TAGGGTAATTTGTAGTTATAGTT +906
CCCCTAAAACCCTATTCAAA +1230 CCTCCATCAACCCTAAATAA +1203
SH Lower CCCAAAACCAAAACACTAAAA +2085 CCCCAAAAAACATAAACTAAA +2142
TATGATAAGGAATGGAAGGAT +2417 GGGGATAAATATTTGGTTAT +2395
SI Upper TTTGGAGGAGGTGTTTATTGT +3215 TTAGAGTTTTTAGGGAGTTTT +3254
CRCCCTCCATTACAATCATAA +3708 CCCAACAAACCATCATAAAA +3640
SJ Lower CAACCAACCCAACRTAACACTA +17125 AAACTACAACATAAAACCRAAAC +17187
GATGGTATGTAATTTGTGATTTT +17674 GAAGGTGTATTTTTTGGTATT +17570
SK Lower CTAATTATAAAACCCACTCCAATA +51865 CTTAACRCTAAAAACTTTCTCCTAA +51956
GGGATTTGGGTTGTGTTTATT +52307 GAGYGGTTTTGGGTTTTTAT +52407
SL Upper GGTTGGTTAAGATAGTATGGATT −1872 GTGGGTGAGAAATTGTGTTTT −1814
CTTACACCTAAAAACRAAATTTAC −1522 AAATCRTACCATTAAACTCTAAC −1555
a

Positions are expressed relative to the transcription start site of MAGE-A1.

b

SB segment.

c

SC segment.