Table 3. Simulated power under the same simulation scenarios of [7] over 1,000 replicates.

			Scenario
			I		II		III
rG	rE	MAF q	LRT	Score	LRT	Score	LRT	Score
1	0.0	0.01	0.125	0.125	0.184	0.183	0.278	0.278
		0.40	0.141	0.141	0.198	0.197	0.257	0.257
	0.3	0.01	0.127	0.129	0.185	0.185	0.184	0.183
		0.40	0.124	0.123	0.177	0.178	0.187	0.185
	0.7	0.01	0.221	0.221	0.268	0.267	0.129	0.129
		0.40	0.215	0.211	0.292	0.292	0.138	0.136
−1	0.0	0.01	—	—	0.202	0.201	0.289	0.288
		0.40	—	—	0.194	0.192	0.269	0.262
	0.3	0.01	—	—	0.267	0.266	0.344	0.344
		0.40	—	—	0.277	0.273	0.351	0.354
	0.7	0.01	—	—	0.589	0.589	0.694	0.694
		0.40	—	—	0.548	0.542	0.717	0.713

In scenario I, only phenotype 1 is associated with the SNP. rG = 1 or −1 does not affect the simulation results. Only results with rG = 1 are shown.