Table 1.

SNPs with minor allele frequencies (MAF) determined through STRUCTURE analysis

		K = 2			K = 3
Chromosome	Position	Allele 1	Allele 2	MAF* Pop1	MAF* Pop2	ΔMAF	MAF* Pop1	MAF* Pop2	MAF* Pop3	ΔMAF (1,2)	ΔMAF (1,3)	ΔMAF (2,3)
chr1	9589467	G	A	0.154	0.272	0.117	0.146	0.198	0.298	0.052	0.152	0.100
chr1	62765400	C	T	0.265	0.357	0.092	0.190	0.483	0.254	0.293	0.063	0.230
chr1	112321563	C	T	0.530	0.417	0.112	0.547	0.496	0.376	0.05	0.171	0.120
chr1	114484199	G	A	0.290	0.202	0.088	0.261	0.326	0.147	0.065	0.114	0.179
chr1	128959247	C	G	0.367	0.359	0.008	0.363	0.436	0.288	0.073	0.075	0.148
chr1	197826522	G	A	0.361	0.261	0.101	0.425	0.216	0.293	0.210	0.132	0.078
chr1	215456600	A	G	0.164	0.208	0.044	0.156	0.206	0.198	0.051	0.042	0.008
chr2	20855998	T	C	0.292	0.342	0.050	0.272	0.395	0.283	0.123	0.011	0.112
chr2	34182166	G	C	0.351	0.498	0.147	0.262	0.627	0.381	0.366	0.119	0.246
chr2	87829723	G	A	0.256	0.085	0.172	0.337	0.117	0.055	0.221	0.282	0.062
chr2	90581348	T	C	0.290	0.169	0.121	0.349	0.167	0.173	0.181	0.176	0.005
chr2	97192885	G	A	0.180	0.154	0.026	0.195	0.096	0.209	0.100	0.014	0.113
chr2	133230027	A	T	0.388	0.341	0.046	0.413	0.304	0.376	0.109	0.037	0.072
chr2	134823729	T	C	0.338	0.352	0.014	0.363	0.278	0.397	0.085	0.034	0.120
chr2	136472042	G	T	0.118	0.116	0.002	0.150	0.049	0.152	0.101	0.003	0.103
chr3	95549222	T	C	0.469	0.470	0.001	0.471	0.478	0.461	0.007	0.010	0.017
chr3	164081759	A	G	0.215	0.336	0.121	0.168	0.358	0.300	0.190	0.132	0.058
chr3	192188304	A	G	0.441	0.404	0.037	0.434	0.414	0.418	0.020	0.016	0.004
chr4	46479393	G	A	0.150	0.571	0.421	0.118	0.211	0.746	0.093	0.628	0.535
chr4	46834407	C	T	0.189	0.571	0.382	0.163	0.207	0.765	0.044	0.602	0.559
chr4	47617528	A	C	0.487	0.272	0.215	0.528	0.419	0.189	0.109	0.338	0.229
chr4	116987652	T	G	0.209	0.324	0.115	0.178	0.330	0.295	0.152	0.117	0.035
chr4	131253869	C	T	0.417	0.384	0.033	0.388	0.429	0.382	0.041	0.006	0.047
chr5	96690554	C	T	0.177	0.263	0.085	0.134	0.291	0.234	0.157	0.100	0.057
chr5	178329879	T	C	0.149	0.316	0.167	0.122	0.326	0.251	0.204	0.128	0.076
chr6	72896506	T	C	0.468	0.266	0.202	0.507	0.309	0.283	0.198	0.224	0.026
chr6	86863653	C	T	0.414	0.347	0.067	0.463	0.334	0.346	0.128	0.116	0.012
chr6	145047256	C	A	0.132	0.240	0.108	0.107	0.203	0.250	0.096	0.143	0.047
chr7	30401169	C	G	0.351	0.375	0.024	0.348	0.407	0.335	0.059	0.013	0.072
chr7	53553308	C	T	0.427	0.209	0.219	0.468	0.263	0.222	0.205	0.246	0.042
chr7	59074588	T	G	0.147	0.145	0.002	0.155	0.133	0.151	0.022	0.004	0.018
chr7	87206195	T	A	0.410	0.322	0.088	0.436	0.355	0.305	0.081	0.131	0.050
chr7	101174441	G	C	0.272	0.309	0.037	0.262	0.246	0.364	0.015	0.102	0.118
chr7	144144421	G	C	0.456	0.357	0.099	0.487	0.301	0.432	0.186	0.055	0.131
chr7	154450353	G	T	0.521	0.438	0.083	0.551	0.413	0.473	0.138	0.078	0.060
chr7	162987878	G	A	0.231	0.280	0.049	0.178	0.317	0.269	0.139	0.091	0.049
chr7	168414331	C	T	0.164	0.136	0.028	0.189	0.158	0.105	0.031	0.084	0.053
chr8	28713522	G	A	0.294	0.241	0.053	0.301	0.246	0.255	0.055	0.046	0.009
chr8	38422084	C	T	0.319	0.276	0.044	0.337	0.220	0.336	0.118	0.001	0.116
chr8	55827375	G	A	0.331	0.326	0.005	0.293	0.293	0.401	0.001	0.108	0.107
chr8	67208693	A	G	0.259	0.471	0.212	0.193	0.446	0.459	0.253	0.267	0.013
chr8	143859237	G	A	0.153	0.193	0.040	0.111	0.262	0.143	0.151	0.032	0.119
chr9	25787241	A	G	0.187	0.229	0.042	0.189	0.180	0.258	0.009	0.069	0.077
chr9	90272749	T	C	0.054	0.268	0.214	0.030	0.265	0.192	0.235	0.162	0.073
chr9	132778054	T	C	0.361	0.513	0.151	0.299	0.549	0.463	0.251	0.164	0.086
chr10	10319647	C	G	0.510	0.385	0.125	0.538	0.408	0.395	0.130	0.142	0.013
chr10	38608009	G	A	0.144	0.271	0.127	0.119	0.319	0.185	0.200	0.066	0.133
chr10	87110837	C	T	0.293	0.153	0.140	0.316	0.251	0.101	0.065	0.215	0.150
chr10	90566608	A	G	0.131	0.243	0.112	0.085	0.304	0.170	0.219	0.086	0.134
chr11	7005631	C	G	0.275	0.531	0.256	0.190	0.519	0.503	0.329	0.313	0.016
chr11	13375736	G	T	0.147	0.127	0.020	0.167	0.087	0.159	0.080	0.008	0.072
chr11	99848243	G	A	0.195	0.396	0.202	0.146	0.412	0.333	0.266	0.186	0.079
chr11	123966677	C	T	0.384	0.467	0.083	0.380	0.416	0.482	0.036	0.102	0.066
chr12	94765925	G	A	0.600	0.307	0.294	0.672	0.405	0.280	0.267	0.392	0.125
chr12	94964954	C	G	0.180	0.418	0.237	0.136	0.291	0.475	0.156	0.339	0.183
chr12	100440950	G	A	0.234	0.220	0.014	0.240	0.230	0.212	0.010	0.027	0.017
chr13	49122594	G	A	0.282	0.362	0.080	0.233	0.370	0.364	0.137	0.130	0.007
chr13	125692849	C	G	0.251	0.420	0.169	0.181	0.468	0.356	0.287	0.175	0.112
chr13	133631999	A	G	0.234	0.348	0.114	0.205	0.399	0.269	0.194	0.064	0.130
chr13	134111985	G	A	0.155	0.084	0.071	0.188	0.073	0.098	0.115	0.090	0.025
chr14	451418	C	T	0.179	0.302	0.123	0.135	0.378	0.210	0.243	0.075	0.167
chr14	3231322	A	G	0.220	0.253	0.033	0.219	0.202	0.290	0.017	0.071	0.088
chr14	10137714	A	G	0.233	0.160	0.074	0.296	0.134	0.160	0.162	0.136	0.025
chr14	44393953	A	G	0.138	0.222	0.085	0.091	0.274	0.175	0.183	0.084	0.099
chr14	52927439	G	A	0.442	0.503	0.060	0.435	0.497	0.487	0.062	0.052	0.010
chr14	57078000	A	G	0.395	0.379	0.016	0.424	0.370	0.369	0.054	0.055	0.002
chr14	65934862	C	A	0.304	0.196	0.108	0.373	0.147	0.229	0.226	0.145	0.082
chr14	69046745	G	A	0.233	0.062	0.172	0.327	0.048	0.064	0.280	0.263	0.017
chr14	71412148	C	T	0.404	0.220	0.184	0.513	0.169	0.254	0.344	0.259	0.085
chr14	91544113	C	T	0.407	0.493	0.086	0.338	0.494	0.517	0.157	0.179	0.023
chr14	103525965	G	A	0.052	0.202	0.150	0.037	0.173	0.175	0.136	0.138	0.002
chr14	117290848	C	T	0.301	0.293	0.009	0.340	0.188	0.364	0.152	0.023	0.175
chr15	8694018	C	G	0.390	0.388	0.002	0.395	0.371	0.401	0.024	0.006	0.030
chr15	37923113	C	T	0.395	0.381	0.015	0.420	0.313	0.432	0.107	0.012	0.119
chr15	85452749	T	C	0.452	0.442	0.009	0.471	0.400	0.469	0.071	0.002	0.069
chr16	69710848	G	A	0.184	0.216	0.032	0.175	0.260	0.166	0.085	0.009	0.094
chr16	77232074	C	T	0.187	0.319	0.132	0.113	0.238	0.405	0.124	0.292	0.168
chr16	77856955	C	T	0.357	0.432	0.076	0.269	0.379	0.534	0.110	0.265	0.155
chr17	77388581	A	G	0.254	0.226	0.028	0.274	0.146	0.299	0.128	0.025	0.154
chr17	79668813	G	A	0.440	0.426	0.014	0.444	0.429	0.426	0.015	0.018	0.003
chr18	53659440	G	A	0.509	0.463	0.046	0.507	0.451	0.500	0.055	0.006	0.049
chr18	70696212	C	A	0.124	0.171	0.048	0.096	0.168	0.179	0.072	0.083	0.011
chr19	3035008	G	A	0.229	0.269	0.040	0.207	0.291	0.248	0.084	0.042	0.043
chr19	6802211	T	C	0.164	0.188	0.024	0.118	0.277	0.131	0.159	0.013	0.146
chr19	9916169	G	A	0.445	0.474	0.029	0.413	0.449	0.514	0.036	0.102	0.065
chr19	13840476	G	A	0.127	0.214	0.087	0.076	0.308	0.126	0.232	0.050	0.182
chr19	14183472	G	A	0.519	0.206	0.313	0.523	0.468	0.090	0.055	0.432	0.377
chr19	14337213	T	C	0.472	0.350	0.122	0.496	0.269	0.469	0.227	0.027	0.200
chr19	15160971	A	C	0.325	0.509	0.184	0.302	0.486	0.466	0.184	0.164	0.020
chr19	47366874	G	A	0.183	0.230	0.048	0.175	0.189	0.257	0.014	0.082	0.068
chr19	52125587	C	T	0.489	0.386	0.104	0.532	0.405	0.375	0.127	0.157	0.030
chr19	52960498	G	A	0.287	0.198	0.089	0.358	0.131	0.239	0.227	0.119	0.108
chr19	53650389	C	G	0.397	0.421	0.024	0.364	0.412	0.451	0.047	0.086	0.039
chr20	18839854	T	C	0.203	0.330	0.126	0.172	0.376	0.252	0.204	0.080	0.124
chr20	19030347	A	G	0.412	0.466	0.054	0.400	0.451	0.467	0.051	0.067	0.016
chr20	56038933	C	T	0.073	0.078	0.005	0.079	0.107	0.041	0.028	0.038	0.066

Data for two (K = 2) and three (K = 3) subpopulations is shown. Some SNPs failed to differentiate between the subpopulations and are emphasized; given a K of 2, ΔMAF values less than 1% are highlighted in dark grey and ΔMAF values between 1% and 2% are highlighted in light grey. Minor allele designation is made relative to the population as a whole; some subpopulations may have minor allele frequencies greater than 0.5. ΔMAF: Difference in minor allele frequencies between subpopulations.