Table 3.
NS1 protein positions with variable amino acids in study samples (2009–2013) with reference to A/California/07/2009 reference strain for pandemic H1N1 2009. Reference strain sequence is highlighted with bold font and study samples were arranged according to year of collection and separated with horizontal line.
| 53 | 55 | 62 | 73 | 90 | 94 | 96 | 108 | 111 | 123 | 129 | 131 | 143 | 145 | 147 | 151 | 172 | 202 | 205 | 209 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A/California/07/2009 (reference) | D | E | K | S | L | T | E | R | I | I | V | K | T | I | L | T | E | A | N | N |
|
| ||||||||||||||||||||
| A/Karnataka/001/2009 | N | · | · | · | · | · | · | K | · | V | · | · | N | · | · | · | · | · | · | D |
| A/Kerala/002/2009 | · | · | · | · | · | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | K | · | · | · |
| A/Bihar/003/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/West Bengal/004/2009 | · | · | · | · | · | · | · | K | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Uttar Pradesh/005/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Goa/006/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Punjab/007/2009 | · | · | · | · | · | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | K | · | · | · |
| A/Gujarat/008/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Rajasthan/009/2009 | N | · | · | · | · | · | · | K | · | V | · | · | N | · | · | · | · | · | · | D |
| A/Chhattisgarh/010/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Madhya Pradesh/011/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Tamil Naidu/012/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Jammu Kashmir/013/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Uttarakhand/014/2009 | · | Q | · | · | · | · | · | K | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Haryana/015/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Delhi/016/2009 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Delhi/017/2009 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Delhi/018/2009 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
|
| ||||||||||||||||||||
| A/Rajasthan/019/2010 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · |
| A/Assam/020/2010 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · |
| A/Jammu Kashmir/021/2010 | · | · | · | · | · | · | K | · | · | V | · | · | · | L | · | · | · | · | · | · |
| A/Jammu Kashmir/022/2010 | · | Q | · | · | · | · | K | · | · | V | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · |
| A/Kerala/023/2010 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · |
| A/Madhya Pradesh/024/2010 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · |
| A/Chhattisgarh/025/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Chhattisgarh/026/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Goa/027/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Haryana/028/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Haryana/029/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Punjab/030/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Punjab/031/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Uttar Pradesh/032/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Uttarakhand/033/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Goa/034/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Goa/035/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Delhi/036/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Delhi/037/2010 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Delhi/038/2010 | · | Q | R | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | P | · | · | · | D |
| A/Delhi/039/2010 | · | Q | · | T | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
|
| ||||||||||||||||||||
| A/Punjab/040/2011 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | I | · | · | · | R | · | · | · | S | · |
| A/Punjab/041/2011 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | I | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Punjab/042/2011 | · | Q | · | T | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Punjab/043/2011 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Jammu Kashmir/044/2011 | · | Q | · | T | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Jammu Kashmir/045/2011 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | I | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Goa/046/2011 | · | Q | · | T | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| A/Goa/047/2011 | · | Q | · | · | · | · | · | · | · | V | I | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Goa/048/2011 | · | Q | R | · | · | · | · | · | · | V | L | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Haryana/049/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | V | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/050/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/051/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | T | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/052/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | T | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/053/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | T | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/054/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | T | V | L | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/055/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/056/2011 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
|
| ||||||||||||||||||||
| A/Delhi/057/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/058/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/059/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/060/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/061/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/062/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/063/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/064/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/065/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/066/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/067/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/068/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/069/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Uttarakhand/070/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Goa/071/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Goa/072/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Goa/073/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Chhattisgarh/074/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Chhattisgarh/075/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Haryana/076/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Haryana/077/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | Q | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Haryana/078/2012 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | Q | · | · | · | · | · | · | S | · |
|
| ||||||||||||||||||||
| A/Haryana/079/2013 | · | Q | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Haryana/080/2013 | · | K | · | · | I | · | · | · | · | V | · | E | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Haryana/081/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | E | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Uttarakhand/082/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | E | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Uttarakhand/083/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | E | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Jammu Kashmir/084/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | P | S | · |
| A/Jammu Kashmir/085/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/086/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/087/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/088/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Delhi/089/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Uttar Pradesh/090/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |
| A/Uttar Pradesh/091/2013 | · | · | · | · | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | S | · |