Table 3.
Experimental design of microarray hybridizations
| Array Nr. | Cy3 RNA source* | Cy5 RNA source* | Array Nr. | Cy3 RNA source* | Cy5 RNA source* | Array Nr. | Cy3 RNA source* | Cy5 RNA source* |
| 1 | b | a | 24 | a | A2 | 47 | B1 | B2 |
| 2 | b | a | 25 | b | B1 | 48 | B1 | B3 |
| 3 | c | b | 26 | b | B1 | 49 | B1 | B4 |
| 4 | c | b | 27 | b | B2 | 50 | d | pla |
| 5 | ref2 | pla | 28 | b | B2 | 51 | d | pla |
| 6 | ref2 | pla | 29 | a | A3 | 52 | d | pla |
| 7 | ref2 | pla | 30 | a | A3 | 53 | d | pla |
| 8 | ref2 | d | 31 | a | A4 | 54 | D | PLA |
| 9 | ref2 | d | 32 | b | B3 | 55 | D | PLA |
| 10 | ref2 | d | 33 | b | B3 | 56 | D | PLA |
| 11 | B1 | A1 | 34 | b | B4 | 57 | D | PLA |
| 12 | B1 | A1 | 35 | b | B4 | 58 | REF1 | A1 |
| 13 | C4 | B4 | 36 | A1 | A1 | 59 | REF1 | A2 |
| 14 | C4 | B4 | 37 | A2 | A2 | 60 | REF1 | A3 |
| 15 | REF2 | PLA | 38 | A3 | A3 | 61 | REF1 | A4 |
| 16 | REF2 | PLA | 39 | A4 | A4 | 62 | REF1 | A1 |
| 17 | REF2 | PLA | 40 | B1 | B1 | 63 | REF1 | A1 |
| 18 | REF2 | D | 41 | B2 | B2 | 64 | REF1 | A2 |
| 19 | REF2 | D | 42 | B3 | B3 | 65 | REF1 | A2 |
| 20 | REF2 | D | 43 | B4 | B4 | 66 | REF1 | A3 |
| 21 | a | A1 | 44 | A1 | A2 | 67 | REF1 | A3 |
| 22 | a | A1 | 45 | A1 | A3 | 68 | REF1 | A4 |
| 23 | a | A2 | 46 | A1 | A4 | 69 | REF1 | A4 |
* lowercase letters: total RNA; capital letters: amplified RNA. A, a, B, b, C, c: RNA from human (untreated) mcf7 cell tumours induced in different SCID mice; D, d: adriamycin-treated mcf7 cell tumours grown in a SCID mouse. PLA, pla: human placenta; REF1, ref1, REF2, ref2: different pools of a, b and c.