Table 1.

Summary of POLY analyses of upstream and downstream gene-flanking sequences in Apicomplexan parasites

Organism	Fraction i				Maximum length observed N maxobs				Maximum length expected M maxexp				Proportionment ( P)				Threshold (R > 0.5)				Slope R 1
	A	C	G	T	A	C	G	T	A	C	G	T	A	C	G	T	A	C	G	T	A	C	G	T
Upstream
P.falciparum	0.43	0.06	0.07	0.44	444	9	9	43	18	5	5	19	2.44	1.80	1.80	2.26	10	3	4	10	0.31	0.72	0.74	0.29
P.knowlesi	0.30	0.19	0.18	0.31	46	17	17	47	13	9	9	13	3.54	1.89	1.89	3.62	7	5	5	7	0.46	0.49	0.48	0.44
P.vivax	0.27	0.22	0.21	0.29	35	17	16	36	12	10	10	12	2.92	1.70	1.60	3.00	6	5	5	6	0.47	0.36	0.35	0.45
P.yoelii	0.42	0.10	0.12	0.36	35	10	7	32	18	7	7	16	1.94	1.43	1.00	2.00	10	4	5	8	0.32	0.57	0.40	0.32
P.berghei	0.39	0.10	0.10	0.40	23	10	7	24	16	6	6	16	1.44	1.67	1.17	1.50	8	4	4	8	0.25	0.57	0.48	0.23
C.hominis	0.36	0.14	0.15	0.35	18	9	9	18	14	7	7	13	1.29	1.29	1.29	1.38	9	5	6	8	0.24	0.46	0.39	0.26
C.parvum	0.37	0.13	0.14	0.36	22	9	10	na2	14	7	7	na	1.57	1.29	1.43	na	9	5	5	na	0.26	0.45	0.47	na
C.muris	0.36	0.13	0.14	0.37	20	10	11	21	14	7	7	14	1.43	1.43	1.57	1.50	10	6	6	10	0.30	0.60	0.67	0.30
T.gondii	0.23	0.26	0.26	0.25	13	17	17	na	11	12	12	na	1.18	1.42	1.42	na	6	10	10	na	0.08	0.29	0.29	na
N.caninum	0.22	0.27	0.26	0.25	11	20	21	11	10	12	12	11	1.10	1.67	1.75	1.00	5	10	10	6	0.14	0.47	0.51	0.10
B.bovis	0.31	0.19	0.20	0.30	9	7	7	10	12	8	8	12	0.75	0.88	0.88	0.83	na	na	na	na	na	na	na	na
T.annulata	0.37	0.13	0.13	0.37	11	6	6	11	14	6	7	14	0.79	1.00	0.86	0.79	na	4	7	na	na	na	na	na
T.parva	0.36	0.14	0.15	0.35	9	6	6	9	14	7	7	13	0.64	0.86	0.86	0.69	na	5	na	na	na	na	na	na
Downstream
P.falciparum	0.41	0.07	0.07	0.44	43	7	8	45	17	5	5	18	2.53	1.40	1.60	2.50	10	4	4	10	0.32	0.59	0.63	0.29
P.knowlesi	0.29	0.19	0.19	0.33	42	16	16	44	12	9	8	13	3.50	1.78	2.00	3.38	6	5	5	7	0.46	0.49	0.48	0.44
P.vivax	0.26	0.23	0.22	0.29	32	15	16	32	11	10	10	11	2.91	1.50	1.60	2.91	6	5	5	6	0.50	0.39	0.40	0.45
P.yoelii	0.38	0.12	0.11	0.39	33	9	8	31	15	6	6	16	2.20	1.50	1.33	1.94	8	4	4	8	0.33	0.45	0.34	0.31
P.berghei	0.38	0.11	0.10	0.41	24	7	9	22	14	6	6	16	1.71	1.17	1.50	1.38	8	4	4	8	0.25	0.34	0.50	0.22
C.hominis	0.35	0.14	0.13	0.38	13	7	7	16	12	6	6	13	1.08	1.17	1.17	1.23	9	6	6	9	0.20	0.42	0.49	0.20
C.parvum	0.35	0.13	0.13	0.39	15	7	7	19	12	6	6	14	1.25	1.17	1.17	na	9	6	5	9	0.21	0.37	0.36	0.21
C.muris	0.37	0.12	0.12	0.39	17	6	7	18	13	6	6	14	1.31	1.00	1.17	1.29	10	5	6	11	0.30	0.65	0.50	0.26
T.gondii	0.25	0.25	0.25	0.25	11	15	17	11	11	11	11	12	1.00	1.36	1.55	na	7	10	10	7	0.06	0.43	0.47	0.01
N.caninum	0.24	0.25	0.27	0.24	11	21	24	11	11	11	12	11	1.00	1.91	2.00	1.00	6	10	10	6	0.11	0.54	0.51	0.11
B.bovis	0.30	0.19	0.19	0.31	9	7	7	8	11	8	8	11	0.82	0.88	0.88	0.73	na	na	na	na	na	na	na	na
T.annulata	0.36	0.12	0.13	0.38	10	7	6	9	13	6	6	13	0.77	1.17	1.00	0.69	na	5	na	na	na	na	na	na
T.parva	0.35	0.13	0.14	0.38	9	7	6	9	12	6	6	13	0.75	1.17	1.00	0.69	na	5	na	na	na	na	na	na

¹slope of R between threshold of overrepresentation and N_maxobs. ²na, Not available.