TABLE 1.
Accessibility of nucleotides in the Bag-1 IRES to DMS and RNase VIa
| Position | Base | Background | RNase VI | DMS | Kethoxal |
|---|---|---|---|---|---|
| 237 | C | ++ | |||
| 238 | G | ++ | |||
| 240 | C | ++ | |||
| 241 | C | ++ | |||
| 242 | C | ++ | |||
| 243 | A | + | |||
| 245 | C | ++ | |||
| 246 | A | ++ | |||
| 247 | G | ++ | |||
| 248 | G | + | ++ | ||
| 249 | G | ++ | |||
| 251 | C | ++ | |||
| 252 | G | + | ++ | ||
| 253 | C | + | |||
| 256 | C | ++ | |||
| 257 | C | ++ | |||
| 261 | G | + | ++ | ||
| 263 | C | + | |||
| 265 | C | ++ | |||
| 268 | G | + | + | ||
| 269 | C | ++ | |||
| 270 | A | ++ | |||
| 271 | G | ++ | |||
| 272 | G | ++ | |||
| 273 | C | + | ++ | ||
| 274 | C | + | ++ | ||
| 275 | G | + | ++ | ||
| 276 | C | + | |||
| 277 | G | + | |||
| 278 | G | ++ | |||
| 279 | A | ++ | |||
| 280 | U | ++ | |||
| 282 | A | + | ++ | ||
| 283 | A | + | + | ||
| 284 | G | ++ | |||
| 285 | A | + | + | ||
| 287 | G | ++ | |||
| 288 | A | ++ | |||
| 289 | A | ++ | |||
| 290 | A | + | + | ||
| 292 | C | ++ | |||
| 293 | C | + | ++ | ||
| 294 | C | ++ | |||
| 295 | G | + | ++ | ||
| 296 | G | ++ | ++ | ||
| 297 | C | + | ++ | ||
| 298 | G | + | ++ | ||
| 299 | C | + | ++ | ||
| 300 | C | ++ | |||
| 301 | G | ++ | |||
| 302 | C | ++ | |||
| 304 | C | ++ | |||
| 305 | G | + | ++ | ||
| 306 | A | ++ | ++ | ||
| 307 | C | ++ | |||
| 308 | C | + | + | ||
| 309 | C | ++ | |||
| 310 | G | ++ | ++ | ||
| 311 | G | ++ | |||
| 312 | A | ++ | |||
| 313 | G | + | + | ++ | ++ |
| 314 | C | + | |||
| 315 | G | + | ++ | ||
| 316 | A | ++ | |||
| 317 | G | + | ++ | ||
| 318 | G | ++ | |||
| 319 | A | ++ | |||
| 320 | G | ++ | ++ | ||
| 321 | U | ++ | ++ | ||
| 322 | U | ++ | ++ | ||
| 325 | C | + | + | ||
| 326 | C | ++ | |||
| 327 | C | ++ | |||
| 328 | G | ++ | |||
| 329 | G | ++ | ++ | ||
| 330 | A | ++ | ++ | ||
| 331 | G | + | ++ | ++ | |
| 332 | C | ++ | |||
| 333 | G | ++ | |||
| 334 | A | + | ++ | + | |
| 335 | G | ++ | |||
| 336 | G | + | ++ | ++ | |
| 337 | A | ++ | |||
| 338 | G | ++ | |||
| 339 | U | + | ++ | ||
| 340 | U | ++ | |||
| 341 | G | ++ | ++ | ||
| 342 | A | + | |||
| 343 | C | + | + | ++ | |
| 344 | C | ++ | ++ | ||
| 345 | C | + | ++ | ||
| 346 | U | + | ++ | ||
| 347 | G | + | ++ | ||
| 348 | A | ++ | |||
| 349 | G | + | ++ | ||
| 350 | U | ++ | |||
| 351 | G | ++ | |||
| 352 | A | + | ++ | ||
| 353 | G | + | ++ | ++ | |
| 354 | G | ++ | ++ | ||
| 355 | A | + | |||
| 356 | A | + | ++ | ||
| 357 | G | ++ | |||
| 358 | C | + | ++ | ||
| 359 | G | + | ++ | ||
| 360 | A | ++ | |||
| 361 | C | ++ | |||
| 362 | C | ++ | ++ | ||
| 363 | U | ++ | |||
| 365 | G | ++ | |||
| 367 | G | ++ | |||
| 370 | A | ++ | |||
| 371 | A | ++ | |||
| 372 | G | + | |||
| 373 | A | ++ | |||
| 374 | G | + | ++ | ||
| 377 | G | + | |||
| 379 | C | ++ | |||
| 380 | C | ++ | |||
| 382 | A | ++ | |||
| 383 | G | + | |||
| 384 | A | ++ | |||
| 386 | U | ++ | |||
| 387 | G | + | ++ | ||
| 388 | A | + | ++ | ||
| 389 | G | ++ | |||
| 390 | G | ++ | |||
| 391 | A | ++ | |||
| 392 | G | + | + | ||
| 394 | C | ++ | + | ||
| 395 | G | ++ | |||
| 396 | A | ++ | |||
| 397 | C | ++ | |||
| 398 | C | ++ | |||
| 399 | C | ++ | |||
| 400 | A | ++ | |||
| 402 | G | ++ | |||
| 404 | C | ++ | ++ | ||
| 405 | G | ++ | |||
| 407 | A | ++ |
a
RNA derived from both pSKBL and pSKδBL was probed with DMS, kethoxal, and RNase V1, and the positions of modified bases that were consistently obtained in 10 separate experiments are shown. Plus signs indicate the strength of modification seen.