Table 1.

Genotypic and allelic frequency of the Tsp509I alleles (g.-139G>T) across the Indian riverine, swamp and hybrid population/breeds.

	Breeds	Sample no.	Genotype frequency			Allele frequency 139G>T
			GG	GT	TT	G	T
Swamp	MZ	16	0.00	0.00	1.00	0.00	1.00
	MN	25	0.08	0.00	0.92	0.08	0.92
	NG	35	0.03	0.23	0.74	0.14	0.86
	ASD	25	0.08	0.16	0.76	0.16	0.84
	ASS	28	0.25	0.07	0.68	0.29	0.71
	Total	129	0.10	0.12	0.78	0.16	0.84
Hybrid	Total	4	0.75	0.00	0.25	0.75	0.25
Riverine	AS	56	0.66	0.16	0.18	0.74	0.26
	CH	25	0.72	0.12	0.16	0.78	0.22
	KH	10	0.90	0.10	0.00	0.95	0.05
	DR	27	0.59	0.30	0.11	0.74	0.26
	BD	29	0.83	0.17	0.00	0.91	0.09
	TD	46	0.78	0.13	0.09	0.85	0.15
	SK	48	0.79	0.21	0.00	0.90	0.10
	PN	18	0.94	0.06	0.00	0.97	0.03
	SR	9	1.0	0.0	0.0	1.0	0.0
	MT	36	0.81	0.14	0.06	0.88	0.13
	JF	35	0.97	0.03	0.00	0.99	0.01
	MH	48	0.77	0.23	0.00	0.88	0.12
	BN	28	0.83	0.17	0.00	0.91	0.09
	NR	70	0.82	0.16	0.03	0.89	0.11
	MU	49	0.83	0.10	0.06	0.89	0.11
	Total	534	0.82	0.14	0.05	0.89	0.12
Male	Swamp	26	0.27	0.00	0.73	0.27	0.73
	Assamese	24	0.83	0.00	0.17	0.83	0.17
	Riverine	36	0.94	0.00	0.06	0.94	0.06
	Total	86	0.68	0.0	0.32	0.68	0.32
	Hybrid	2	0.5	0.00	0.5	0.5	0.5