Table 1.
R-genes catalog and conservation in plant genomes
| Species |
Genome data |
R-genes data set |
R-genes conservation |
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nb chr. | size (Mbp) | Nb gene | Nb ortholog | Annot | Pfam | PRG db | Non-redundant R-genes* | OrthoSeq | % | |
|
Monocot |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Oryza sativa (rice) |
12 |
372 |
41046 |
Ref |
1180 |
2294 |
1316 |
2637(889;539;10;16;100;1544;214;102) |
Ref |
Ref |
|
Sorghum bicolor |
10 |
659 |
34008 |
6147(14,9%) |
570 |
1616 |
159 |
1717(516;284;2;20;98;1158;68;39) |
413(116;16;0;7;5;347;19;3) |
24,1% |
|
Zea mays (maize) |
10 |
2365 |
32540 |
4454(10,85%) |
480 |
2630 |
399 |
1867(558;140;13;15;106;1255;0;45) |
319(104;6;2;3;3;261;0;6) |
17,1% |
|
Brachypodium distachyon |
5 |
271 |
25504 |
8533(20,78%) |
467 |
1473 |
nd |
1662(435;199;2;11;80;1094;0;104) |
495(137;19;0;4;7;417;0;1) |
29,8% |
|
Monocot Total |
- |
- |
133098 |
- |
2697 |
8013 |
1874 |
7883(2398;1162;27;62;384;5051;282;290) |
1227(357;41;2;14;15;1025;19;10) |
- |
|
Eudicot |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Vitis vinifera (grape) |
19 |
302 |
21189 |
Ref |
256 |
892 |
170 |
1078(421;229;50;10;37;557;0;91) |
Ref |
Ref |
|
Arabidopsis thaliana |
5 |
119 |
33198 |
2389(11,27%) |
564 |
1407 |
1105 |
1559(436;168;125;12;73;1010;3;126) |
74(27;0;0;1;0;58;0;2) |
4,7% |
|
Populus trichocarpa (poplar) |
19 |
294 |
30260 |
4555(21,5%) |
212 |
1229 |
134 |
1297(413;122;31;24;63;930;0;32) |
122(53;4;1;4;6;89;0;2) |
9,4% |
|
Carica papaya |
9 |
234 |
19205 |
3199(15,1%) |
113 |
674 |
nd |
703(200;50;13;11;42;515;0;0) |
101(45;1;1;1;4;74;0;0) |
14,4% |
|
Glycine max (soybean) |
20 |
949 |
46164 |
4013(18,94%) |
1023 |
3104 |
318 |
3310(1097;411;166;49;179;2172;170;146) |
148(51;0;1;3;8;114;6;3) |
4,5% |
|
Malus x domestica (apple) |
17 |
742 |
58979 |
3498(16,51%) |
853 |
4135 |
243 |
4252(1638;860;340;9;123;2292;0;117) |
125(41;0;1;1;7;94;0;2) |
2,9% |
|
Lotus japonicus |
6 |
500 |
15470 |
1720(8,12%) |
nd |
664 |
26 |
668(165;77;49;0;34;443;0;5) |
46(18;1;0;0;2;36;0;1) |
6,9% |
|
Fragaria vesca (strawberry) |
7 |
240 |
34809 |
3289(15,52%) |
nd |
1452 |
1 |
1452(483;154;148;3;52;884;0;0) |
108(44;2;1;0;1;89;0;0) |
7,4% |
|
Theobroma cacao |
10 |
430 |
27814 |
4472(20,1%) |
nd |
1439 |
4 |
1439(492;220;14;4;55;934;0;0) |
149(55;3;0;1;10;113;0;0) |
10,4% |
| Eudicot Total | - | - | 265899 | - | 3021 | 14996 | 2001 | 15758(5345;2291;936;122;658;9737;173;517) | 873(334;11;5;11;38;667;6;10) | - |
*Number of non-redundant R-genes.
Nb, number.
Nd, not detected.
Numbers in bracket refers to LRR, NBS, TIR, LysM, WRKY, Pkinase, Ser/Thr and Disease resistance related genes respectively.
In bold, total non-redundant detected R-genes.
Ref, reference.