Table 1.
Average linkage disequilibrium (LD) in different autosomal chromosomes for SNPs at various distances
| |
Duroc |
Landrace |
Yorkshire |
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Distance | 0.5 Mb | 1 Mb | 5 Mb | 0.5 Mb | 1 Mb | 5 Mb | 0.5 Mb | 1 Mb | 5 Mb |
| Chromsome |
|||||||||
| 1 |
0.40 |
0.33 |
0.14 |
0.35 |
0.30 |
0.14 |
0.41 |
0.36 |
0.17 |
| 2 |
0.41 |
0.31 |
0.11 |
0.30 |
0.24 |
0.10 |
0.35 |
0.29 |
0.15 |
| 3 |
0.32 |
0.25 |
0.07 |
0.31 |
0.22 |
0.08 |
0.27 |
0.22 |
0.09 |
| 4 |
0.30 |
0.22 |
0.08 |
0.32 |
0.24 |
0.09 |
0.31 |
0.24 |
0.07 |
| 5 |
0.28 |
0.21 |
0.05 |
0.24 |
0.18 |
0.06 |
0.28 |
0.21 |
0.07 |
| 6 |
0.39 |
0.30 |
0.12 |
0.35 |
0.27 |
0.10 |
0.32 |
0.26 |
0.11 |
| 7 |
0.38 |
0.29 |
0.09 |
0.30 |
0.24 |
0.07 |
0.26 |
0.19 |
0.07 |
| 8 |
0.38 |
0.28 |
0.11 |
0.29 |
0.23 |
0.10 |
0.34 |
0.25 |
0.10 |
| 9 |
0.34 |
0.26 |
0.09 |
0.31 |
0.23 |
0.09 |
0.31 |
0.26 |
0.10 |
| 10 |
0.28 |
0.18 |
0.04 |
0.25 |
0.18 |
0.04 |
0.26 |
0.18 |
0.04 |
| 11 |
0.26 |
0.17 |
0.08 |
0.26 |
0.17 |
0.05 |
0.23 |
0.16 |
0.06 |
| 12 |
0.27 |
0.19 |
0.05 |
0.24 |
0.18 |
0.06 |
0.24 |
0.16 |
0.04 |
| 13 |
0.37 |
0.31 |
0.11 |
0.34 |
0.28 |
0.15 |
0.41 |
0.34 |
0.16 |
| 14 |
0.39 |
0.33 |
0.13 |
0.41 |
0.34 |
0.19 |
0.35 |
0.29 |
0.12 |
| 15 |
0.34 |
0.27 |
0.09 |
0.28 |
0.22 |
0.10 |
0.28 |
0.21 |
0.07 |
| 16 |
0.32 |
0.26 |
0.07 |
0.38 |
0.32 |
0.13 |
0.30 |
0.24 |
0.08 |
| 17 |
0.31 |
0.22 |
0.05 |
0.33 |
0.26 |
0.06 |
0.27 |
0.19 |
0.05 |
| 18 |
0.36 |
0.23 |
0.06 |
0.26 |
0.21 |
0.08 |
0.25 |
0.15 |
0.06 |
| All | 0.35 | 0.27 | 0.09 | 0.32 | 0.25 | 0.10 | 0.32 | 0.25 | 0.10 |