Table 1.

AUC by data type and marker count.

Marker Set Size	SNP			mRNA			CNV			microRNA			Protein
8	RFE	ET	0.8598	RFE	ET	0.9585	RFE	LR	0.7198	RFE	RF	0.8352	RFE	ET	0.9426
	RFE	RF	0.8591	RFE	RF	0.9554	ET	LR	0.7115	RFE	SVM	0.8352	ET	ET	0.9394
	RFE	SVM	0.8321	RFE	SVM	0.9521	RF	LR	0.71	RFE	KNN	0.8295	RFE	RF	0.9382
	ET	ET	0.8295	RFE	LR	0.951	RFE	ET	0.691	RFE	ET	0.8275	RF	ET	0.9376
				RFE	KNN	0.9467	RFE	RF	0.6802	Anova	SVM	0.8089	ET	RF	0.9312
										Anova	LR	0.8051	RF	RF	0.9272
										RF	ET	0.8028
										RF	RF	0.8027
										RFE	LR	0.8021
										RF	LR	0.802
16	RFE	ET	0.922	RFE	ET	0.972	ET	LR	0.7616	RFE	SVM	0.8758	RFE	ET	0.9666
	RFE	RF	0.9162	RFE	LR	0.9709	RFE	LR	0.7607	RFE	KNN	0.8704	ET	ET	0.9582
	RFE	SVM	0.9111	RFE	RF	0.9681	RF	LR	0.7468	RFE	RF	0.8671	RFE	RF	0.9565
	RFE	KNN	0.9033	RFE	SVM	0.968				RFE	ET	0.8597
	ET	ET	0.8997	RFE	Cos	0.9663				RFE	LR	0.8535
	RFE	LR	0.897							Anova	SVM	0.8496
	RF	ET	0.896
	ET	RF	0.8914
32	RFE	LR	0.9685	RFE	LR	0.9759	RFE	LR	0.8194	RFE	KNN	0.8806	RFE	ET	0.9792
	RFE	SVM	0.9674	RFE	ET	0.9757				RFE	RF	0.8801
	RFE	KNN	0.966	RF	LR	0.9747				RFE	ET	0.8717
	RFE	ET	0.9646	RFE	Cos	0.9736				RFE	SVM	0.8679
	RFE	RF	0.9577	RFE	RF	0.9734				RFE	LR	0.866
				RFE	SVM	0.9734
64	RFE	KNN	0.9911	RF	LR	0.9789	RFE	LR	0.8379	RFE	KNN	0.8746	RFE	ET	0.979
	RFE	LR	0.9892	RFE	LR	0.9777				RFE	LR	0.8688	RFE	LR	0.9782
	RF	LR	0.9862	RFE	Cos	0.977				RFE	RF	0.8682	RF	LR	0.9731
	RFE	SVM	0.9843	RFE	ET	0.976				RF	LR	0.8595	RFE	KNN	0.9727
	ET	LR	0.9837	RFE	RF	0.9757				RF	Corr	0.8585
				RF	RF	0.9755				RFE	ET	0.8578
				ET	LR	0.9741				RF	KNN	0.8574
				RF	ET	0.9737				RFE	SVM	0.8568
				RFE	SVM	0.9733				Anova	KNN	0.8564
				ET	RF	0.9728				Anova	LR	0.8557
				RFE	Corr	0.9709				ET	LR	0.8539
										RFE	Corr	0.8537
										ET	Corr	0.8536
										ET	KNN	0.852
										RFE	Cos	0.8492
96	RFE	KNN	0.9933	RF	LR	0.9808	RFE	LR	0.847	RFE	LR	0.8697	RF	LR	0.979
	RF	LR	0.9918	RFE	LR	0.9787	ET	LR	0.8292	RF	KNN	0.8657	RFE	LR	0.9779
	RFE	LR	0.9916	RF	RF	0.9774				RF	LR	0.8643	ET	LR	0.9768
	ET	LR	0.9909	RFE	Cos	0.977				ET	LR	0.8634	RFE	ET	0.9765
				RFE	RF	0.9762				RFE	RF	0.8633	ET	ET	0.9734
				ET	LR	0.9761				RF	Corr	0.863	RF	ET	0.973
				ET	RF	0.9758				ET	Corr	0.8629
				RF	ET	0.9746				RFE	KNN	0.8628
				RFE	ET	0.9744				ET	KNN	0.8613
										Anova	KNN	0.8596
										Anova	LR	0.8573
										RFE	SVM	0.853
										ET	RF	0.8483
										RFE	Corr	0.8477
										RF	SVM	0.8474

Table of AUC for top performing models for each data type and grouped by marker set size.