Table 3. Residence time (in ns) of Mg2+ for different atoms in the nucleic acid structures.
Mg2+ residence times (ns) | |||||||||||||||
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B-DNA | N4 | O6 | N7 | O3′ | O5′ | OP1 | OP2 | ||||||||
2.04 | 9.43 | 2.21 | 0.79 | 0.52 | 1.20 | 0.93 | |||||||||
Z-DNA | O2 | O6 | N2 | N7 | O3′(C) | O3′(G) | O5′(C) | O5′(G) | OP1(C) | OP1(G) | OP2(C) | OP2(G) | |||
1.08 | 0.57 | 1.04 | 0.59 | 2.61 | 0.56 | 1.37 | 1.15 | 2.15 | 7.00 | 1.24 | 5.62 | ||||
A-RNA | N4 | O6 | N7 | O2′ | O3′ | O5′ | OP1 | OP2 | |||||||
2.20 | 2.42 | 1.13 | 0.42 | 0.75 | 0.82 | 2.25 | 2.10 | ||||||||
Z-RNA | N4 | O2 | O6 | N2 | N7 | O2′(C) | O2′(G) | O3′(C) | O3′(G) | O5′(C) | O5′(G) | OP1(C) | OP1(G) | OP2(C) | OP2(G) |
0.71 | 1.89 | 0.90 | 1.02 | 0.96 | 6.04 | 0.57 | 4.93 | 0.48 | 0.96 | 0.95 | 1.73 | 7.61 | 0.85 | 4.99 |
These results are for 0.2-M salt concentration, using a cutoff of 5 Å.