Table 2.
Stability ranking of candidate reference genes.
| Analysis Tool | Ranking Order (1 being the most stable, 11 being the least stable) | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | |
| Diurnal Expression Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsSAND1 | CsCLATHRIN1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | CsUBC1 | CsPTB1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| BestKeeper | Cs18S rRNA1 | CsPTB1 | CsEF1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsGAPDH1 | CsUBC1 | CsCLATHRIN1 | CsACTIN1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| Normfinder | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsUBQ1 | CsCLATHRIN1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsPTB1 | CsUBC1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Genorm | CsGAPDH1|CsCLATHRIN1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsTIP1 | CsUBC1 | CsUBQ1 | CsPTB1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsCLATHRIN1 | CsSAND1 | Cs18S rRNA1 | CsTIP1 | CsPTB1 | CsUBQ1 | CsUBC1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Different Organs Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsPTB1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsUBC1 | CsUBQ1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| BestKeeper | Cs18S rRNA1 | CsPTB1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsUBC1 | CsGAPDH1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Normfinder | CsCLATHRIN1 | CsUBC1 | CsGAPDH1 | CsEF1 | CsTIP1 | CsPTB1 | CsSAND1 | CsUBQ1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Genorm | CsPTB1|CsSAND1 | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsCLATHRIN1 | CsUBQ1 | CsTIP1 | CsUBC1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsCLATHRIN1 | CsPTB1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsGAPDH1 | Cs18S rRNA1 | CsUBC1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Leaves with Cold and Short Photoperiod Treatment Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsCLATHRIN1 | CsGAPDH1 | CsPTB1 | CsUBQ1 | CsSAND1 | CsUBC1 | CsACTIN1 | CsEF1 | Cs18S rRNA1 | CsTIP1 | CsACTIN1 |
| BestKeeper | CsEF1 | CsSAND1 | Cs18S rRNA1 | CsGAPDH1 | CsUBC1 | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsACTIN1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| Normfinder | CsCLATHRIN1 | CsGAPDH1 | CsUBQ1 | CsPTB1 | CsSAND1 | CsUBC1 | CsACTIN1 | CsEF1 | Cs18S rRNA1 | CsTIP1 | CsACTIN1 |
| Genorm | CsCLATHRIN1|CsUBQ1 | CsGAPDH1 | CsPTB1 | CsUBC1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsACTIN1 | Cs18S rRNA1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsCLATHRIN1 | CsGAPDH1 | CsUBQ1 | CsPTB1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsUBC1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsTIP1 | CsACTIN1 |
| Shoots with Cold and Short Photoperiod Treatment Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsUBC1 | CsGAPDH1 | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsUBQ1 | CsEF1 | CsSAND1 | Cs18S rRNA1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| BestKeeper | CsPTB1 | CsGAPDH1 | CsUBC1 | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| Normfinder | CsUBC1 | CsGAPDH1 | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsUBQ1 | CsEF1 | Cs18S rRNA1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Genorm | CsUBC1|CsCLATHRIN1 | CsPTB1 | CsTIP1 | CsSAND1 | CsGAPDH1 | CsUBQ1 | CsEF1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsUBC1 | CsPTB1 | CsGAPDH1 | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsUBQ1 | CsSAND1 | CsTIP1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Auxin Antagonist Auxinole Treatment Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsUBC1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsACTIN1 | CsUBQ1 | CsTIP1 | CsGAPDH1 | CsACTIN1 | Cs18S rRNA1 |
| BestKeeper | CsPTB1 | CsUBC1 | CsCLATHRIN1 | CsACTIN1 | CsEF1 | Cs18S rRNA1 | CsSAND1 | CsACTIN1 | CsGAPDH1 | CsTIP1 | CsUBQ1 |
| Normfinder | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsUBC1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsACTIN1 | CsUBQ1 | CsTIP1 | CsGAPDH1 | CsACTIN1 | Cs18S rRNA1 |
| Genorm | CsPTB1|CsCLATHRIN1 | CsUBC1 | CsACTIN1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsEF1 | CsUBQ1 | CsGAPDH1 | CsACTIN1 | Cs18S rRNA1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsUBC1 | CsSAND1 | CsACTIN1 | CsEF1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | CsGAPDH1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 |
| Lanolin Treatment Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsPTB1 | CsUBC1 | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | CsGAPDH1 | Cs18S rRNA1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| BestKeeper | CsEF1 | CsUBC1 | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | Cs18S rRNA1 | CsGAPDH1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| Normfinder | CsPTB1 | CsUBC1 | CsCLATHRIN1 | CsSAND1 | CsEF1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | CsGAPDH1 | Cs18S rRNA1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| Genorm | CsUBC1|CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsPTB1 | CsTIP1 | CsSAND1 | CsACTIN1 | CsGAPDH1 | Cs18S rRNA1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsUBC1 | CsPTB1 | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsACTIN1 | CsGAPDH1 | Cs18S rRNA1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 |
| All Samples Ranking Order | |||||||||||
| ∆CT | CsEF1 | CsCLATHRIN1 | CsGAPDH1 | CsPTB1 | CsUBC1 | CsSAND1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| BestKeeper | CsPTB1 | CsSAND1 | CsUBC1 | CsTIP1 | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsCLATHRIN1 | Cs18S rRNA1 | CsUBQ1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Normfinder | CsCLATHRIN1 | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsUBC1 | CsPTB1 | CsUBQ1 | CsTIP1 | CsSAND1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |
| Genorm | CsPTB1|CsSAND1 | CsUBC1 | CsTIP1 | CsEF1 | CsGAPDH1 | CsCLATHRIN1 | CsUBQ1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 | |
| Recommended comprehensive ranking | CsPTB1 | CsEF1 | CsSAND1 | CsCLATHRIN1 | CsUBC1 | CsGAPDH1 | CsTIP1 | CsUBQ1 | Cs18S rRNA1 | CsACTIN1 | CsACTIN1 |