Table 1.

Performance evaluation and comparison of SITPR, PCC, MI, CLR, ARACNE, GENIE3 and TIGRESS for networks of three different sizes

Method	Node Size	SN	SP	ACC	F-measure	MCC	AUC
SITPR	10	0.886 ± 0.090	0.971 ± 0.069	0.943 ± 0.667	0.925 ± 0.070	0.875 ± 0.144	0.966 ± 0.069
	50	0.775 ± 0.089	0.635 ± 0.088	0.670 ± 0.054	0.690 ± 0.039	0.358 ± 0.062	0.703 ± 0.037
	100	0.690 ± 0.080	0.478 ± 0.101	0.530 ± 0.079	0.557 ± 0.080	0.147 ± 0.110	0.573 ± 0.071
PCC	10	0.400 ± 0.241	0.486 ± 0.125	0.457 ± 0.133	0.398 ± 0.204	-0.112 ± 0.293	0.596 ± 0.082
	50	0.495 ± 0.157	0.453 ± 0.167	0.463 ± 0.124	0.444 ± 0.105	-0.043 ± 0.189	0.557 ± 0.038
	100	0.534 ± 0.084	0.526 ± 0.057	0.528 ± 0.045	0.525 ± 0.050	0.052 ± 0.045	0.517 ± 0.027
MI	10	0.243 ± 0.243	0.679 ± 0.097	0.533 ± 0.092	0.293 ± 0.256	-0.101 ± 0.255	0.567 ± 0.062
	50	0.590 ± 0.145	0.527 ± 0.106	0.543 ± 0.065	0.542 ± 0.036	0.103 ± 0.072	0.574 ± 0.027
	100	0.539 ± 0.063	0.569 ± 0.079	0.561 ± 0.050	0.547 ± 0.030	0.095 ± 0.052	0.568 ± 0.024
CLR	10	0.400 ± 0.148	0.543 ± 0.096	0.495 ± 0.068	0.441 ± 0.081	-0.055 ± 0.143	0.540 ± 0.059
	50	0.565 ± 0.133	0.510 ± 0.090	0.523 ± 0.061	0.520 ± 0.072	0.064 ± 0.107	0.539 ± 0.066
	100	0.568 ± 0.130	0.543 ± 0.102	0.549 ± 0.059	0.538 ± 0.044	0.098 ± 0.084	0.550 ± 0.039
ARACNE	10	0.500 ± 0.168	0.643 ± 0.181	0.595 ± 0.117	0.532 ± 0.105	0.151 ± 0.213	0.577 ± 0.084
	50	0.620 ± 0.118	0.508 ± 0.119	0.535 ± 0.067	0.539 ± 0.0275	0.114 ± 0.062	0.547 ± 0.043
	100	0.576 ± 0.112	0.525 ± 0.108	0.537 ± 0.062	0.531 ± 0.039	0.089 ± 0.062	0.554 ± 0.050
GENIE3	10	0.429 ± 0.252	0.521 ± 0.147	0.490 ± 0.163	0.443 ± 0.21	-0.050 ± 0.345	0.609 ± 0.057
	50	0.565 ± 0.116	0.444 ± 0.228	0.473 ± 0.157	0.444 ± 0.162	-0.007 ± 0.187	0.529 ± 0.041
	100	0.512 ± 0.093	0.544 ± 0.062	0.536 ± 0.043	0.520 ± 0.050	0.049 ± 0.077	0.521 ± 0.033
TIGRESS	10	0.629 ± 0.168	0.586 ± 0.171	0.600 ± 0.127	0.583 ± 0.135	0.205 ± 0.233	0.586 ± 0.122
	50	0.490 ± 0.152	0.463 ± 0.105	0.470 ± 0.09	0.461 ± 0.095	-0.041 ± 0.167	0.536 ± 0.067
	100	0.554 ± 0.127	0.507 ± 0.083	0.519 ± 0.058	0.515 ± 0.070	0.053 ± 0.105	0.549 ± 0.033

For fairness of comparison when evaluating the performances, all the methods are assigned the same task (that is, identify the activated regulatory relationships for a given background network).