TABLE 1.
Susceptibility results and acquired resistance genes identified in 98 sequenced E. coli genomes of the four major STs
| ST | Yr (n) | No. of genomes | Resistance toa: |
Acquired resistance gene(s) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AMX | CIP | CTX | CAZ | CXM | GEN | IPM | TZP | ||||
| 73 | 2001–2003 (20) | 5 | |||||||||
| 2 | sul, aadA | ||||||||||
| 1 | R | ||||||||||
| 4 | R | blaTEM-1 | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, aph(6)-Id | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, dfrA, aadA | |||||||||
| 1 | R | I | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | ||||||||
| 1 | R | blaTEM-1,sul, tet(A), aph(6)-Id | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | |||||||||
| 1 | R | blaSHV-1, sul, tet(D), aadA | |||||||||
| 1 | R | R | blaSHV-2, tet(D) | ||||||||
| 2010 (18) | 9 | ||||||||||
| 1 | aadA | ||||||||||
| 1 | sul, aadA | ||||||||||
| 1 | dfrA, aadA | ||||||||||
| 1 | R | blaTEM-1 | |||||||||
| 1 | R | I | blaTEM-1 | ||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, tet(A) | |||||||||
| 1 | R | blaSHV-1, sul, tet(D), aadA | |||||||||
| 1 | R | R | R | blaOXA-1, tet(A), aadA | |||||||
| 95 | 2001 (10) | 4 | |||||||||
| 1 | dfrA, tet(A) | ||||||||||
| 1 | R | blaTEM-1 | |||||||||
| 2 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, aph(6)-Id | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, aadA | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, aph(6)-Id | |||||||||
| 2010 (14) | 5 | ||||||||||
| 1 | sul, dfrA, aph(6)-Id, aadA | ||||||||||
| 1 | sul, dfrA, tet(A), aadA | ||||||||||
| 2 | R | blaTEM-1 | |||||||||
| 1 | R | R | blaTEM-1 | ||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, aph(6)-Id | |||||||||
| 1 | R | I | blaTEM-1 | ||||||||
| 1 | R | blaTEM-30, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1,sul, dfrA, tet(A), aadA | |||||||||
| 69 | 2001–2003 (5) | 1 | sul, dfrA, tet(A), aadA | ||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | |||||||||
| 2 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, tet(A), aph(6)-Id | |||||||||
| 2010 (9) | 2 | ||||||||||
| 1 | R | blaTEM-1 | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, dfrA | |||||||||
| 2 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, aph(6)-Id, aadA | |||||||||
| 2 | R | I | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | ||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | |||||||||
| 131 | 2001–2003 (5) | 1 | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1 | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, sul, aph(6)-Id | |||||||||
| 1 | R | blaTEM-1, tet(A) | |||||||||
| 1 | R | R | blaTEM-1, sul, dfrA, aadA | ||||||||
| 2010 (17) | 1 | R | |||||||||
| 1 | R | sul, dfrA, aadA | |||||||||
| 1 | R | R | sul, dfrA, aadA, ant(2″)-Ia | ||||||||
| 2 | R | blaTEM-1, tet(A) | |||||||||
| 1 | R | R | blaTEM-1, aac(3)-IId | ||||||||
| 1 | R | R | blaTEM-1, tet(A) | ||||||||
| 1 | R | R | R | blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aph(6)-Id, aadA | |||||||
| 1 | R | R | I | blaOXA-1, tet(A), aac(6′)-Ib-cr | |||||||
| 1 | R | R | R | R | blaCTX-M-15, sul, dfrA, aadA | ||||||
| 1 | R | R | R | R | blaCTX-M-15, blaOXA-1, sul, dfrA, aac(6′)-Ib-cr, aadA | ||||||
| 1 | R | R | R | R | I | blaCTX-M-15, blaOXA-1, sul, dfrA, aac(6′)-Ib-cr, aadA | |||||
| 2 | R | R | R | I | R | I | blaCTX-M-15, blaOXA-1, sul, dfrA, tet(A), aac(6′)-Ib-cr, aadA | ||||
| 1 | R | R | R | R | R | R | I | blaCTX-M-15, blaOXA-1, sul, dfrA, tet(A), aac(6′)-Ib-cr, aadA, aac(3)-IIa | |||
| 1 | R | R | R | R | R | I | blaCTX-M-15, blaOXA-1, blaTEM-1, tet(A), aac(6′)-Ib-cr | ||||
| 1 | R | R | R | I | R | I | blaCTX-M-15, blaOXA-1, blaTEM-1, sul, dfrA, tet(A), aac(6′)-Ib-cr, aadA | ||||
a
AMX, amoxicillin; CIP, ciprofloxacin; CTX, cefotaxime; CAZ, ceftazidime; CXM, cefuroxime; GEN, gentamicin; IMP, imipenem; TZP, piperacillin plus 4 mg/liter tazobactam; R, resistant; I, intermediate. The empty cells indicate susceptibility. Susceptibility was defined according to BSAC/EUCAST breakpoints.