Table 1. Virulence and metabolic genes carried by the 20 cryptic clade strains.

Strain	Clade	Virulence gene	fuc operon	glgA	mal genes	aggR	aap	aat	pduC	yegX	eut operon
FE5E1	V	/	K, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
FE5E3	V	astA, kpsMTII	K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
FE5E7	III	astA, kpsMTII	/	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
PE10i1	V	kpsMTII	K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
PE11i3	V	kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
PE11E1	V	astA, fyuA	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
PE11E2	V	astA, kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
CF12i2	V	astA	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
CF12i9	V	astA, kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
CF12i12	V	astA, kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
PE9i1	V	kpsMTII	K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
PE9i5	V	kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
PE9i15	V	astA, kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
PE9i21	V	/	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S
PE9i22	V	astA, kpsMTII	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
PE9i36	IV	iutA, iroN, kpsMTII	/	+	F, P, Q	−	−	−	−	+	A, B, E, L, P, S
PR15E9	V	astA	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
PR15i10	V	astA, fyuA	P, K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	−	+	A, B, E, L, P, S
PR16E3	V	astA, fyuA, aer, iroN	K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	−	A, B, E, L, P, S
PR17E3	V	kpsMTII	K, R, U	+	F, P, Q	−	−	−	+	+	A, B, E, L, P, S