TABLE 3.
Distribution of isolates of Salmonella Enteritidis based on comparative analysis of single nucleotide polymorphism (SNP)-PCR, phage typing, and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) subtyping procedures
| Phage type | Frequency | Rank | No. of isolates in SNP type group (clade) |
Total | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | ||||
| 1b | 2 | 2 | |||||||||||||
| 2 | 1 | 1 | |||||||||||||
| 4 | 1 | 1 | |||||||||||||
| 4a | 1 | 1 | |||||||||||||
| 8 | 17 | 1st | 7 | 1 | 2 | 2 | 1 | 1 | 3 | ||||||
| 10 | 1 | 1 | |||||||||||||
| 13 | 7 | 3rd | 4 | 3 | |||||||||||
| 13a | 4 | 3 | 1 | ||||||||||||
| 23 | 8 | 2nd | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | ||||||||
| 51 | 5 | 5th | 3 | 1 | 1 | ||||||||||
| 58a | 1 | 1 | |||||||||||||
| Atypical | 7 | 3rd | 7 | ||||||||||||
| Total | 9 | 3 | 7 | 4 | 5 | 3 | 5 | 2 | 4 | 5 | 2 | 6 | 55 | ||
| PFGE | |||||||||||||||
| SENXAI.0001 | 1 | 1 | |||||||||||||
| SENXAI.0003 | 28 | 1st | 1 | 7 | 4 | 5 | 1 | 4 | 1 | 5 | |||||
| SENXAI.0006 | 6 | 2nd | 5 | 1 | |||||||||||
| SENXAI.0007 | 1 | 1 | |||||||||||||
| SENXAI.0009 | 4 | 4th | 1 | 2 | 1 | ||||||||||
| SENXAI.0025 | 2 | 2 | |||||||||||||
| SENXAI.0026 | 1 | 1 | |||||||||||||
| SENXAI.0038 | 5 | 3rd | 5 | ||||||||||||
| SENXAI.0076 | 3 | 3 | |||||||||||||
| SENXAI.0214 | 4 | 4th | 4 | ||||||||||||
| Total | 9 | 3 | 7 | 4 | 5 | 3 | 5 | 2 | 4 | 5 | 2 | 6 | 55 | ||